More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3859 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_3298  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  85.08 
 
 		 390 aa  681    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.355781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3678  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  87.17 
 
 		 383 aa  697    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0259066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2651  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  84.82 
 
 		 390 aa  681    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3859  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  100 
 
 		 390 aa  804    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5795  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  78.27 
 
 		 383 aa  638    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.821423 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3154  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  87.14 
 
 		 381 aa  694    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2829  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  78.48 
 
 		 388 aa  619  1e-176  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1371  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  74.54 
 
 		 381 aa  610  9.999999999999999e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.75122  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1331  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  75.13 
 
 		 385 aa  605  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2351  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  74.61 
 
 		 385 aa  597  1e-169  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599671  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5294  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  73.63 
 
 		 391 aa  595  1e-169  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1959  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  71.73 
 
 		 386 aa  590  1e-167  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.548069  normal  0.0478 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2879  L-lactate dehydrogenase  73.56 
 
 		 383 aa  590  1e-167  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.18663  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33860  L-lactate dehydrogenase  73.3 
 
 		 383 aa  588  1e-167  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.14557 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0360  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  77.07 
 
 		 370 aa  579  1e-164  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3178  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  72.32 
 
 		 414 aa  564  1.0000000000000001e-159  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1654  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  65.74 
 
 		 402 aa  547  1e-154  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7392  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  70.68 
 
 		 405 aa  544  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0187555  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1682  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  64.74 
 
 		 403 aa  544  1e-153  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000210752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1889  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  65.99 
 
 		 402 aa  544  1e-153  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0450886 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6648  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  70.71 
 
 		 391 aa  541  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0920  L-lactate dehydrogenase  67.82 
 
 		 381 aa  538  9.999999999999999e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1448  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  67.02 
 
 		 381 aa  538  9.999999999999999e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0862  L-lactate dehydrogenase  67.82 
 
 		 381 aa  538  9.999999999999999e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.27299  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2875  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  67.55 
 
 		 380 aa  533  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189587  normal  0.0992837 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3143  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  67.02 
 
 		 380 aa  531  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.325182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4493  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  67.12 
 
 		 378 aa  526  1e-148  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.14596 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5754  L-lactate dehydrogenase  66.93 
 
 		 386 aa  522  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.202266  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0948  L-lactate dehydrogenase  63.87 
 
 		 390 aa  518  1e-146  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0219  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  65.18 
 
 		 387 aa  519  1e-146  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6013  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  68.18 
 
 		 397 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0169115 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2872  putative L-lactate dehydrogenase  67.02 
 
 		 380 aa  511  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.279679  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1563  L-lactate dehydrogenase  67.29 
 
 		 380 aa  511  1e-144  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0374  L-lactate dehydrogenase  67.29 
 
 		 380 aa  511  1e-144  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0688982  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2990  putative L-lactate dehydrogenase  67.02 
 
 		 380 aa  511  1e-144  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181146  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1750  L-lactate dehydrogenase  67.29 
 
 		 380 aa  511  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1229  L-lactate dehydrogenase  67.29 
 
 		 380 aa  511  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0499523  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0415  L-lactate dehydrogenase  67.29 
 
 		 380 aa  511  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.596015  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4075  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  64.66 
 
 		 387 aa  510  1e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72179  normal  0.076317 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0468  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  60.94 
 
 		 390 aa  509  1e-143  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000798916  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2077  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  61.08 
 
 		 394 aa  506  9.999999999999999e-143  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0350  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  63.61 
 
 		 387 aa  497  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0673391  normal  0.934318 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0829  lactate dehydrogenase  63.09 
 
 		 387 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.967282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2487  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  63.09 
 
 		 387 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0268147  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3368  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  60.78 
 
 		 406 aa  496  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000428393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3598  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  61.26 
 
 		 387 aa  493  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4115  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  59.42 
 
 		 379 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4800  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  59.42 
 
 		 379 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3916  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  58.09 
 
 		 379 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1112  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  59.15 
 
 		 381 aa  466  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1305  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  57.78 
 
 		 379 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.304754 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1816  putative L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  57.45 
 
 		 378 aa  464  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5062  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  58.47 
 
 		 385 aa  427  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.926259  normal  0.580751 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0908  L-lactate dehydrogenase  43.77 
 
 		 380 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3346  L-lactate dehydrogenase  43.5 
 
 		 379 aa  331  2e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0762  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  43.94 
 
 		 400 aa  328  1.0000000000000001e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.109477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1050  L-lactate dehydrogenase  43.39 
 
 		 381 aa  327  2.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3519  L-lactate dehydrogenase  43.77 
 
 		 378 aa  326  4.0000000000000003e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578811 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3608  L-lactate dehydrogenase  44.95 
 
 		 380 aa  325  9e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.236817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2360  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.77 
 
 		 379 aa  324  1e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4638  L-lactate dehydrogenase  44.99 
 
 		 384 aa  322  6e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.76191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  43.24 
 
 		 386 aa  322  7e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3635  L-lactate dehydrogenase  42.71 
 
 		 379 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4978  L-lactate dehydrogenase  41.6 
 
 		 396 aa  319  5e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4109  L-lactate dehydrogenase  41.6 
 
 		 396 aa  319  5e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03463  L-lactate dehydrogenase, FMN-linked  41.6 
 
 		 396 aa  319  6e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0100  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.6 
 
 		 396 aa  319  6e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3817  L-lactate dehydrogenase  41.6 
 
 		 396 aa  319  6e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03414  hypothetical protein  41.6 
 
 		 396 aa  319  6e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0103  L-lactate dehydrogenase  41.6 
 
 		 396 aa  319  6e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4031  L-lactate dehydrogenase  41.6 
 
 		 396 aa  319  6e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  42.18 
 
 		 386 aa  318  1e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  41.64 
 
 		 379 aa  317  2e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3487  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.41 
 
 		 383 aa  317  2e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.323095  normal  0.958366 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3942  L-lactate dehydrogenase  41.64 
 
 		 396 aa  317  2e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4737  L-lactate dehydrogenase  43.77 
 
 		 381 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2344  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.78 
 
 		 395 aa  315  9.999999999999999e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2810  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.14 
 
 		 382 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.954761  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4736  L-lactate dehydrogenase  44.03 
 
 		 381 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000909372 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4602  L-lactate dehydrogenase  44.03 
 
 		 381 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0515412  normal  0.0177303 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1696  L-lactate dehydrogenase  41.55 
 
 		 381 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0334813 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2409  L-lactate dehydrogenase  41.55 
 
 		 381 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2506  L-lactate dehydrogenase  41.55 
 
 		 381 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0404  L-lactate dehydrogenase  42.37 
 
 		 392 aa  309  5e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0695  L-lactate dehydrogenase  43.24 
 
 		 381 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000139507 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03463  L-lactate dehydrogenase  42.59 
 
 		 388 aa  308  1.0000000000000001e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63090  L-lactate dehydrogenase  42.71 
 
 		 381 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0242094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5491  L-lactate dehydrogenase  42.71 
 
 		 381 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.316989  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3929  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.11 
 
 		 388 aa  306  5.0000000000000004e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0176319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0130  L-lactate dehydrogenase  41.56 
 
 		 395 aa  306  5.0000000000000004e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2444  FMN-dependent dehydrogenase  43.48 
 
 		 412 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1463  FMN-dependent dehydrogenase  43.48 
 
 		 440 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.675409  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0315  FMN-dependent dehydrogenase  43.48 
 
 		 440 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0990352  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0283  FMN-dependent dehydrogenase  43.48 
 
 		 412 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.130627  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0882  FMN-dependent dehydrogenase  43.48 
 
 		 412 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.726266  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2580  L-lactate dehydrogenase  43.48 
 
 		 412 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1660  FMN-dependent dehydrogenase  43.21 
 
 		 440 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.599587  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0579  FMN-dependent dehydrogenase  42.49 
 
 		 412 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3973  L-lactate dehydrogenase  41.64 
 
 		 396 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.749794 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4018  L-lactate dehydrogenase  41.64 
 
 		 396 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>