100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1399 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1399  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.756645 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01870  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0061  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.686895  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0055  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00022808  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0075  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.532419 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0050  tRNA-Phe  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.849322 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0007  tRNA-Phe  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00110139 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0008  tRNA-Phe  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25110  tRNA-Phe  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34030  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.76483  normal  0.54682 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0055  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.527907 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0056  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.339254  normal  0.385258 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0004  tRNA-Phe  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.250766  normal  0.359385 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0054  tRNA-Phe  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.579409  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0007  tRNA-Met  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06160  tRNA-Phe  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.599114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0012  tRNA-Met  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000097362  normal  0.0784713 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2335  hypothetical protein  89.36 
 
 		 264 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.799503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0048  tRNA-Phe  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0016  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0171  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0022  tRNA-Phe  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.688613  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R13  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0046  tRNA-Phe  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_002950  PGt23  tRNA-Phe  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0017  tRNA-Phe  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0051  tRNA-Phe  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0676526  normal  0.132155 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0035  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0011  tRNA-Phe  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0179  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0628271  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0046  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.216228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0023  tRNA-Phe  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0738  tRNA-Phe  93.94 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t12  tRNA-Phe  93.94 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0141221  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0078  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00739535  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0111  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0238914  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0208  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0207  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0060  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.456959  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0044  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0075  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0042  tRNA-Met  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14007  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0236309 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0004  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000467453  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPhe01  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0042  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0019  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0037  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0058  tRNA-Phe  86.44 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.764492  normal  0.700955 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0075  tRNA-Phe  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0031  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0063  tRNA-Phe  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.111891  normal  0.102996 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0034  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0006  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0071  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0756979 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0067  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.687392  normal  0.586478 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0056  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.155736 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0006    91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0548782  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0060  tRNA-Phe  86.44 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.223577  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0036  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0052  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0059  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0013  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.011671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0054  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0009  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.690958  normal  0.0734418 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0051  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.271355  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0050  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA8  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0035  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0014  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0887945  normal  0.384198 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.184579  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0007  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0086  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0055  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000546221  normal  0.72027 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0036  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAPheVIMSS1309357  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0034  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0028  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0010  tRNA-His  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0037  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0043  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAPheVIMSS1309084  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.690002  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAPheVIMSS1309115  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAPheVIMSS1309181  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.118097 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAPheVIMSS1309284  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0041  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0037  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.288772  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAPheVIMSS1309159  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0030  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0857706 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0009  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>