More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2079 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_2079  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  100 
 
 		 218 aa  445  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000108627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1451  ferredoxin  73.08 
 
 		 212 aa  315  4e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.340001  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2803  ferredoxin  70.89 
 
 		 214 aa  310  1e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.497639 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0783  ferredoxin  55.84 
 
 		 197 aa  238  6.999999999999999e-62  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_768  hydrogenase subunit, ferredoxin-like protein  54.82 
 
 		 197 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0865  hydrogenase subunit HymC, putative  54.31 
 
 		 197 aa  232  3e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0730  [Fe] hydrogenase, HymC subunit, putative  45.86 
 
 		 222 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.793468  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_636  [Fe] hydrogenase, HymC subunit  44.44 
 
 		 240 aa  156  3e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.452884  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.46 
 
 		 898 aa  135  4e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0344  NADH dehydrogenase I, G subunit, putative  37.75 
 
 		 826 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1888  ferredoxin  36.11 
 
 		 307 aa  126  3e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0845  ferredoxin  35.48 
 
 		 272 aa  125  7e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0485504  normal  0.303699 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  34.78 
 
 		 573 aa  122  3e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1700  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  38.33 
 
 		 247 aa  122  4e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  35.1 
 
 		 573 aa  121  7e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  33.82 
 
 		 573 aa  120  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  33.33 
 
 		 573 aa  120  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1275  ferredoxin  37.3 
 
 		 270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.593332 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3132  molybdopterin oxidoreductase  36.41 
 
 		 815 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2705  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  34.95 
 
 		 355 aa  116  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.223751 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3920  molybdopterin oxidoreductase  36.89 
 
 		 821 aa  116  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.403816  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  34.13 
 
 		 574 aa  116  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4004  molybdopterin oxidoreductase  36.89 
 
 		 821 aa  116  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.08061e-23 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4238  molybdopterin oxidoreductase  37.25 
 
 		 828 aa  114  8.999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3349  NADH dehydrogenase I, G subunit, putative  37.25 
 
 		 828 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.407234  normal  0.217544 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  36.06 
 
 		 899 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.11 
 
 		 893 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.12 
 
 		 905 aa  114  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3777  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  34.13 
 
 		 310 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000710786  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3639  molybdopterin oxidoreductase  36.59 
 
 		 843 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.424964  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0472  ferredoxin  35.2 
 
 		 240 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00592357  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1856  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  34.93 
 
 		 351 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3829  hydrogenase, Fe-only  32.21 
 
 		 625 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2720  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.98 
 
 		 238 aa  112  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  33.49 
 
 		 576 aa  112  6e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.73 
 
 		 893 aa  111  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0835  anaerobic dehydrogenase  35.1 
 
 		 305 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3022  Fe(III) reductase, alpha subunit  36.59 
 
 		 831 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4164  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  36.84 
 
 		 238 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.93 
 
 		 900 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  34.15 
 
 		 659 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2714  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  33.01 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0509  Fe(III) reductase, alpha subunit  36.1 
 
 		 844 aa  109  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  33.17 
 
 		 581 aa  109  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0030  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  33.18 
 
 		 359 aa  109  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00062453  normal  0.73393 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1029  NADH dehydrogenase I chain G  34.95 
 
 		 358 aa  109  4.0000000000000004e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.13 
 
 		 893 aa  108  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0785  NADH dehydrogenase I chain G  34.3 
 
 		 353 aa  108  5e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2152  molybdopterin oxidoreductase  32.85 
 
 		 880 aa  108  6e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  31.25 
 
 		 601 aa  108  6e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2159  hydrogenase, Fe-only  32.52 
 
 		 582 aa  108  7.000000000000001e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0552  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.25 
 
 		 983 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1031  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.25 
 
 		 983 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52357  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2185  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.58 
 
 		 960 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.602321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_85822  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 78K chain precursor, 5-prime end  32.38 
 
 		 722 aa  107  1e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.28905  normal  0.0501454 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02980  NADH dehydrogenase I subunit G  31.46 
 
 		 570 aa  107  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24680  NADH:ubiquinone oxidoreductase chain G-like protein  35.83 
 
 		 251 aa  107  1e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1309  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  33.33 
 
 		 788 aa  107  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  32.54 
 
 		 582 aa  107  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0661  molybdopterin oxidoreductase  35.61 
 
 		 808 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  33.33 
 
 		 562 aa  107  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3504  ferredoxin  33.66 
 
 		 312 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1809  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.17 
 
 		 960 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3190  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.02 
 
 		 924 aa  106  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.523924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.92 
 
 		 917 aa  106  3e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.2 
 
 		 984 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4914  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.47 
 
 		 950 aa  105  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.263268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1708  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.58 
 
 		 959 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0094  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  33.96 
 
 		 238 aa  105  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.604003 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1538  molybdopterin oxidoreductase  29.63 
 
 		 879 aa  105  5e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0097  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  33.96 
 
 		 238 aa  105  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4144  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.8 
 
 		 983 aa  105  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.2 
 
 		 984 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  33 
 
 		 666 aa  105  7e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.2 
 
 		 984 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.2 
 
 		 984 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  30.2 
 
 		 984 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.2 
 
 		 984 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.2 
 
 		 984 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.12 
 
 		 952 aa  105  8e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1017  iron hydrogenase, small subunit  36.71 
 
 		 574 aa  104  8e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1561  NADH dehydrogenase subunit G  36.59 
 
 		 689 aa  104  9e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2684  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.09 
 
 		 951 aa  104  9e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.801873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  32 
 
 		 582 aa  104  1e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  29.77 
 
 		 569 aa  104  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  33.33 
 
 		 567 aa  104  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  33.82 
 
 		 590 aa  103  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0334  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding protein  34.19 
 
 		 826 aa  103  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.41 
 
 		 967 aa  103  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2383  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.87 
 
 		 959 aa  103  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4998  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.02 
 
 		 953 aa  103  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217845  hitchhiker  0.000835215 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2793  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  33.97 
 
 		 240 aa  103  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30068  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0618  NADH dehydrogenase subunit G  34.47 
 
 		 683 aa  103  2e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.41 
 
 		 949 aa  103  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0160  NADH dehydrogenase subunit G  33.5 
 
 		 682 aa  102  3e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.34 
 
 		 983 aa  102  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.656443 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2557  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.45 
 
 		 238 aa  102  3e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.379328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.75 
 
 		 984 aa  102  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.12 
 
 		 886 aa  103  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0907  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.34 
 
 		 983 aa  102  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.979482  decreased coverage  0.00925571 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>