More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1451 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1451  ferredoxin  100 
 
 		 212 aa  434  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.340001  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2803  ferredoxin  97.16 
 
 		 214 aa  424  1e-118  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.497639 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2079  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  74.75 
 
 		 218 aa  307  9e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000108627  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0865  hydrogenase subunit HymC, putative  53.93 
 
 		 197 aa  235  3e-61  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_768  hydrogenase subunit, ferredoxin-like protein  54.45 
 
 		 197 aa  236  3e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0783  ferredoxin  54.97 
 
 		 197 aa  233  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0730  [Fe] hydrogenase, HymC subunit, putative  44.75 
 
 		 222 aa  155  3e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.793468  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_636  [Fe] hydrogenase, HymC subunit  43.33 
 
 		 240 aa  149  2e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.452884  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1888  ferredoxin  34.32 
 
 		 307 aa  132  3e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0845  ferredoxin  36.02 
 
 		 272 aa  128  7.000000000000001e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0485504  normal  0.303699 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.54 
 
 		 898 aa  128  7.000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1275  ferredoxin  37.3 
 
 		 270 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.593332 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  36.54 
 
 		 573 aa  125  6e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1700  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  38.76 
 
 		 247 aa  120  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2705  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  35.12 
 
 		 355 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.223751 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1029  NADH dehydrogenase I chain G  35.44 
 
 		 358 aa  117  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  34.45 
 
 		 576 aa  117  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3132  molybdopterin oxidoreductase  32.33 
 
 		 815 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.73 
 
 		 893 aa  115  3.9999999999999997e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.1 
 
 		 917 aa  115  6e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.47 
 
 		 952 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2714  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.93 
 
 		 239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3777  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  32.2 
 
 		 310 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000710786  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  32.85 
 
 		 573 aa  112  3e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  32.37 
 
 		 573 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0835  anaerobic dehydrogenase  31.36 
 
 		 305 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0344  NADH dehydrogenase I, G subunit, putative  32.33 
 
 		 826 aa  112  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  31.88 
 
 		 573 aa  112  5e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4914  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.92 
 
 		 950 aa  112  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.263268 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0785  NADH dehydrogenase I chain G  32.91 
 
 		 353 aa  112  6e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1856  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  30.93 
 
 		 351 aa  111  9e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.18 
 
 		 893 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  33.83 
 
 		 567 aa  110  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2152  molybdopterin oxidoreductase  30.9 
 
 		 880 aa  110  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4406  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.64 
 
 		 950 aa  109  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1831  NADH dehydrogenase I chain G  35.12 
 
 		 363 aa  109  3e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4869  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.64 
 
 		 950 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0187329 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  34.78 
 
 		 582 aa  108  5e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  35.1 
 
 		 899 aa  108  5e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3829  hydrogenase, Fe-only  32.69 
 
 		 625 aa  108  6e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.19 
 
 		 905 aa  108  6e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  32.68 
 
 		 659 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02980  NADH dehydrogenase I subunit G  32.86 
 
 		 570 aa  108  7.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2684  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.38 
 
 		 951 aa  108  8.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.801873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0030  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  31.9 
 
 		 359 aa  107  9.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00062453  normal  0.73393 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0472  ferredoxin  32.22 
 
 		 240 aa  107  1e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00592357  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  33.17 
 
 		 581 aa  107  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  31.25 
 
 		 601 aa  107  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.33 
 
 		 983 aa  106  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3639  molybdopterin oxidoreductase  37.07 
 
 		 843 aa  106  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.424964  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3190  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.02 
 
 		 924 aa  106  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.523924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.92 
 
 		 984 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.76 
 
 		 984 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.74 
 
 		 984 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2383  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.88 
 
 		 959 aa  106  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  33.74 
 
 		 984 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.74 
 
 		 984 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.74 
 
 		 984 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4144  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.82 
 
 		 983 aa  106  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.74 
 
 		 984 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.49 
 
 		 900 aa  106  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0552  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.27 
 
 		 983 aa  105  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1031  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.27 
 
 		 983 aa  105  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52357  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24680  NADH:ubiquinone oxidoreductase chain G-like protein  35.29 
 
 		 251 aa  106  3e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4004  molybdopterin oxidoreductase  32.33 
 
 		 821 aa  105  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.08061e-23 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.27 
 
 		 983 aa  105  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.656443 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3920  molybdopterin oxidoreductase  32.33 
 
 		 821 aa  105  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.403816  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4998  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.58 
 
 		 953 aa  105  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217845  hitchhiker  0.000835215 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0907  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.27 
 
 		 983 aa  105  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.979482  decreased coverage  0.00925571 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  34.62 
 
 		 573 aa  105  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2100  ferredoxin  33.97 
 
 		 609 aa  105  6e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.624892  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  34.98 
 
 		 566 aa  105  7e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1538  molybdopterin oxidoreductase  30.56 
 
 		 879 aa  105  7e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  37.62 
 
 		 666 aa  104  8e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3023  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.56 
 
 		 982 aa  104  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0162015  normal  0.0152175 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2576  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.17 
 
 		 925 aa  104  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.51 
 
 		 967 aa  104  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3504  ferredoxin  30.04 
 
 		 312 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4657  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  32.54 
 
 		 238 aa  103  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0727  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.56 
 
 		 979 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0216931  normal  0.398444 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.33 
 
 		 984 aa  104  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0964  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  32.09 
 
 		 982 aa  103  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.43 
 
 		 983 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2793  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.93 
 
 		 240 aa  103  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30068  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.06 
 
 		 949 aa  103  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  33.97 
 
 		 582 aa  103  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  32.21 
 
 		 586 aa  103  2e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1366  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.93 
 
 		 235 aa  103  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.36 
 
 		 893 aa  102  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.42 
 
 		 944 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2558  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.87 
 
 		 973 aa  103  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.779669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  31.53 
 
 		 666 aa  102  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0673  molybdopterin oxidoreductase  37.07 
 
 		 822 aa  102  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.01358e-20 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  31.84 
 
 		 562 aa  102  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  28.37 
 
 		 569 aa  102  4e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  31.1 
 
 		 582 aa  102  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0509  Fe(III) reductase, alpha subunit  36.59 
 
 		 844 aa  102  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3541  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.45 
 
 		 235 aa  102  5e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2750  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.18 
 
 		 969 aa  102  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0453604 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0660  molybdopterin oxidoreductase  36.59 
 
 		 822 aa  102  5e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.672989  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>