39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0347 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0347  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 		 343 aa  697    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0327  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  93.59 
 
 		 343 aa  636    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000168371 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0900  endonuclease/exonuclease/phosphatase  50.9 
 
 		 354 aa  342  5.999999999999999e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0219654  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3700  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.53 
 
 		 358 aa  162  7e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0667  hypothetical protein  27.99 
 
 		 338 aa  90.9  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.906928  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0858  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.75 
 
 		 371 aa  72.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3875  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.42 
 
 		 387 aa  65.5  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.295355  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1402  AP endonuclease domain-containing protein  25.93 
 
 		 310 aa  65.5  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.326174 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3554  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.9 
 
 		 319 aa  64.7  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0656  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.15 
 
 		 348 aa  64.3  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0905047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1227  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.02 
 
 		 371 aa  63.5  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0187957  normal  0.460872 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1072  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.72 
 
 		 314 aa  62.8  0.000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.1092  normal  0.788478 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0484  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  22.01 
 
 		 370 aa  62.4  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0208  endonuclease/exonuclease/phosphatase  22.13 
 
 		 305 aa  58.5  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3661  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.6 
 
 		 356 aa  58.5  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.680606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1212  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  21.14 
 
 		 372 aa  58.2  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3419  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  25.26 
 
 		 339 aa  56.2  0.0000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4191  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.95 
 
 		 304 aa  54.3  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0935651  normal  0.0459934 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4996  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  22.53 
 
 		 334 aa  53.5  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.13807  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8349  hypothetical protein  25.46 
 
 		 334 aa  51.2  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.612911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0035  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.65 
 
 		 365 aa  51.2  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.163228  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3087  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.53 
 
 		 318 aa  50.1  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01235  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  22.03 
 
 		 325 aa  50.1  0.00006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.201786  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0544  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.77 
 
 		 344 aa  49.7  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0103771  normal  0.30561 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1778  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.4 
 
 		 362 aa  48.5  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.182404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1863  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.07 
 
 		 392 aa  48.9  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.97552  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07085  hypothetical protein  26.42 
 
 		 340 aa  48.5  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1883  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  22.13 
 
 		 357 aa  47.4  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.95616  hitchhiker  0.0000000882358 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3786  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.82 
 
 		 269 aa  47.4  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_118  endonuclease/exonuclease/phosphatase family  27.95 
 
 		 639 aa  47.4  0.0004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4997  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  21.54 
 
 		 332 aa  47  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.424253  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0757  exodeoxyribonuclease III Xth  28.19 
 
 		 279 aa  46.6  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.198669  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3447  integral membrane protein  36.96 
 
 		 200 aa  46.2  0.0007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.256503  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  26.1 
 
 		 257 aa  45.8  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0209  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.62 
 
 		 283 aa  44.7  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2670  endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.36 
 
 		 260 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.246537  normal  0.0515035 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3086  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.26 
 
 		 314 aa  43.9  0.004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0350421  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3653  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  21.48 
 
 		 249 aa  43.5  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.477132  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5005  hypothetical protein  24.15 
 
 		 245 aa  43.1  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>