142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3457 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3457  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  100 
 
 		 185 aa  372  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3554  amino acid-binding ACT  74.73 
 
 		 189 aa  298  2e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0217681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4386  amino acid-binding ACT domain-containing protein  67.21 
 
 		 188 aa  258  4e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.523733  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3969  amino acid-binding ACT domain protein  61.2 
 
 		 188 aa  242  1.9999999999999999e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0100488  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4055  amino acid-binding ACT domain protein  60.11 
 
 		 188 aa  241  6e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3514  amino acid-binding ACT domain-containing protein  59.78 
 
 		 186 aa  224  4e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.160997  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0527  amino acid-binding ACT domain protein  55.68 
 
 		 185 aa  217  1e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2533  glycine cleavage system regulatory protein  58.99 
 
 		 179 aa  214  8e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0896  amino acid-binding ACT domain protein  39.89 
 
 		 173 aa  129  3e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00320944  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0493  amino acid-binding ACT domain protein  38.29 
 
 		 165 aa  115  3.9999999999999997e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3496  amino acid-binding ACT domain-containing protein  37.79 
 
 		 181 aa  114  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4707  amino acid-binding ACT domain-containing protein  39.08 
 
 		 170 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.4333  normal  0.012003 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4273  amino acid-binding ACT domain-containing protein  38.51 
 
 		 179 aa  99.4  3e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.340897  normal  0.25045 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2949  amino acid-binding ACT domain-containing protein  37.5 
 
 		 183 aa  98.2  7e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.582988 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0437  ACT domain protein  34.3 
 
 		 173 aa  89  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0599  amino acid-binding ACT domain protein  34.3 
 
 		 173 aa  89  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8574  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  31.79 
 
 		 165 aa  88.6  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2032  amino acid-binding ACT domain protein  34.29 
 
 		 178 aa  84.7  6e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0169147  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1965  ACT domain-containing protein  30 
 
 		 183 aa  82  0.000000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0479  ACT domain-containing protein  32.37 
 
 		 183 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.219232 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0621  amino acid-binding ACT domain protein  24.86 
 
 		 187 aa  71.6  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2199  amino acid-binding ACT domain-containing protein  28.99 
 
 		 175 aa  71.2  0.000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0596072  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1943  amino acid-binding ACT domain-containing protein  30.36 
 
 		 175 aa  69.7  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0826  amino acid-binding ACT domain protein  28.24 
 
 		 184 aa  68.9  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.892136  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0332  amino acid-binding ACT domain-containing protein  30.29 
 
 		 172 aa  68.9  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1739  putative glycine cleavage system transcriptional repressor  25.99 
 
 		 180 aa  68.6  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3180  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.07 
 
 		 183 aa  67  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.200609  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002792  glycine cleavage system transcriptional antiactivator GcvR  24.86 
 
 		 180 aa  67  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1847  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.86 
 
 		 184 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00121314  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2985  amino acid-binding ACT domain protein  27.75 
 
 		 204 aa  65.9  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4094  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.84 
 
 		 172 aa  64.3  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1979  amino acid-binding ACT domain-containing protein  26.11 
 
 		 178 aa  64.3  0.0000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00211865  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2002  amino acid-binding ACT domain-containing protein  29.07 
 
 		 173 aa  64.3  0.0000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.510961 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05930  ACT domain-containing regulatory protein  27.17 
 
 		 172 aa  63.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000527553  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1136  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.32 
 
 		 183 aa  64.3  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4173  formyl transferase-like  33.33 
 
 		 385 aa  63.2  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2479  amino acid-binding ACT domain-containing protein  28.74 
 
 		 183 aa  63.2  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02371  DNA-binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA  28.49 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1190  amino acid-binding ACT domain protein  28.49 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3701  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.49 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02333  hypothetical protein  28.49 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03188  glycine cleavage system transcriptional repressor  24.86 
 
 		 180 aa  62.8  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1197  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.49 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2626  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.49 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1071  amino acid-binding ACT domain protein  28.32 
 
 		 189 aa  61.6  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3703  glycine cleavage system regulatory protein-like  26.19 
 
 		 183 aa  61.6  0.000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2635  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.49 
 
 		 190 aa  60.8  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2856  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.49 
 
 		 190 aa  60.8  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2176  amino acid-binding ACT domain-containing protein  21.05 
 
 		 179 aa  60.8  0.000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00808907  normal  0.900227 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2683  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.49 
 
 		 190 aa  60.8  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2749  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.49 
 
 		 190 aa  60.8  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2724  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.49 
 
 		 190 aa  60.8  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45408  predicted protein  26.52 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2611  glycine cleavage system transcriptional repressor  27.93 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2761  glycine cleavage system transcriptional repressor  27.93 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2851  glycine cleavage system transcriptional repressor  27.93 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2431  amino acid-binding ACT domain-containing protein  20.79 
 
 		 179 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0267912  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0411  amino acid-binding ACT domain protein  26.16 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.404844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3321  amino acid-binding ACT  27.38 
 
 		 170 aa  58.9  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06310  ACT domain-containing protein  27.33 
 
 		 171 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183389  normal  0.204088 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2975  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.82 
 
 		 186 aa  58.5  0.00000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.457313 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1246  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.55 
 
 		 189 aa  58.2  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3131  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.55 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.590147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1361  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.55 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.243595  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0481  ACT domain protein  25.88 
 
 		 172 aa  57  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000098406  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5182  ACT domain-containing protein  25.29 
 
 		 172 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000248291  normal  0.129275 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1909  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  22.86 
 
 		 175 aa  57.8  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0700677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18740  glycine cleavage system regulatory protein  30.06 
 
 		 181 aa  57.4  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.960027  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3510  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.01 
 
 		 228 aa  57  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.261645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0052  glycine cleavage system transcriptional repressor  27.4 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.824677  normal  0.630988 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2525  glycine cleavage system transcriptional repressor  25.88 
 
 		 177 aa  55.8  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2380  glycine cleavage system transcriptional repressor (Gcv operon repressor)  25.75 
 
 		 175 aa  55.8  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2229  amino acid-binding ACT domain protein  27.33 
 
 		 181 aa  56.2  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0964148 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0587  hypothetical protein  25.88 
 
 		 171 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000555119  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_92913  predicted protein  24.43 
 
 		 181 aa  54.7  0.0000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00941527  normal  0.3672 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1150  cellulose-binding family II protein  23.86 
 
 		 178 aa  53.9  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3185  glycine cleavage system transcriptional repressor  25 
 
 		 176 aa  53.1  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168662  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1878  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  25.14 
 
 		 183 aa  53.1  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1734  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  22.91 
 
 		 178 aa  53.5  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.103341  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1273  amino acid-binding ACT domain protein  27.17 
 
 		 177 aa  53.1  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0278  amino acid-binding ACT domain protein  22.86 
 
 		 196 aa  53.1  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.305725  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1470  hypothetical protein  37.65 
 
 		 112 aa  53.5  0.000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.461191  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0654  formyl transferase domain protein  37.84 
 
 		 316 aa  52.8  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2413  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.14 
 
 		 183 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.204037  hitchhiker  0.00509125 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0941  ACT domain-containing protein  32.43 
 
 		 88 aa  52  0.000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0440922  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42571  predicted protein  24.44 
 
 		 1319 aa  51.6  0.000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1863  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  22.65 
 
 		 178 aa  50.4  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000211112  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4845  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.71 
 
 		 172 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2341  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  24.58 
 
 		 183 aa  49.3  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.106946  hitchhiker  0.000000443735 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0156  hypothetical protein  35.53 
 
 		 88 aa  49.3  0.00003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.936337  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1655  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  24.58 
 
 		 183 aa  49.3  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1701  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  24.02 
 
 		 183 aa  48.5  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0560544  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2591  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.46 
 
 		 183 aa  48.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000275101  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03152  ACT domain protein  22.94 
 
 		 168 aa  47.8  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3182  hypothetical protein  34.21 
 
 		 92 aa  47.4  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.382229  hitchhiker  0.00106731 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2658  hypothetical protein  34.21 
 
 		 90 aa  47.8  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1181  hypothetical protein  33.78 
 
 		 92 aa  47  0.0001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.254415  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2553  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.46 
 
 		 183 aa  47.4  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000108497  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1791  amino acid-binding ACT domain protein  23.46 
 
 		 183 aa  47.4  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000108735  hitchhiker  0.00000000136293 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1671  hypothetical protein  33.78 
 
 		 100 aa  47  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00313942  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>