76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0827 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_0827  hypothetical protein  100 
 
 		 88 aa  182  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.841992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2549  hypothetical protein  97.73 
 
 		 88 aa  178  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2839  transcriptional regulator, TraR/DksA family  96.59 
 
 		 88 aa  174  3e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00787  hypothetical protein  96.59 
 
 		 88 aa  174  3e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0952  hypothetical protein  96.55 
 
 		 88 aa  174  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2840  hypothetical protein  96.59 
 
 		 88 aa  174  3e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.940906  normal  0.101671 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0858  hypothetical protein  96.59 
 
 		 88 aa  174  3e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00770  hypothetical protein  96.59 
 
 		 88 aa  174  3e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0871  hypothetical protein  95.45 
 
 		 88 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0861  hypothetical protein  79.55 
 
 		 88 aa  152  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0920  hypothetical protein  78.41 
 
 		 88 aa  150  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0973  hypothetical protein  78.41 
 
 		 88 aa  150  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0952  hypothetical protein  78.41 
 
 		 88 aa  150  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0889  hypothetical protein  78.41 
 
 		 88 aa  150  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1292  hypothetical protein  78.41 
 
 		 88 aa  150  7e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0645642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0690  hypothetical protein  73.86 
 
 		 88 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64410  hypothetical protein  72.73 
 
 		 88 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5590  hypothetical protein  72.73 
 
 		 88 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2704  hypothetical protein  71.59 
 
 		 88 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.422967  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1738  hypothetical protein  64.77 
 
 		 88 aa  121  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00500709  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1359  transcriptional regulator, TraR/DksA family  61.36 
 
 		 88 aa  118  3e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.184128 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1233  hypothetical protein  62.5 
 
 		 88 aa  118  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2947  hypothetical protein  62.5 
 
 		 88 aa  117  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.223747 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01750  hypothetical protein  59.09 
 
 		 88 aa  117  4.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0832  hypothetical protein  59.09 
 
 		 88 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0162884 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2675  hypothetical protein  59.09 
 
 		 88 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.772557  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0374  hypothetical protein  55.68 
 
 		 88 aa  113  6.9999999999999995e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0176  hypothetical protein  55.68 
 
 		 88 aa  110  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00392065  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2541  hypothetical protein  56.82 
 
 		 88 aa  108  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1480  hypothetical protein  57.95 
 
 		 88 aa  107  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0268  hypothetical protein  59.09 
 
 		 88 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01805  hypothetical protein  57.95 
 
 		 88 aa  106  9.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2983  hypothetical protein  56.82 
 
 		 88 aa  105  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000187823  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2397  hypothetical protein  54.55 
 
 		 88 aa  104  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1167  hypothetical protein  58.43 
 
 		 87 aa  103  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3428  hypothetical protein  52.27 
 
 		 88 aa  103  9e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1690  hypothetical protein  53.41 
 
 		 88 aa  102  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2120  hypothetical protein  54.55 
 
 		 88 aa  102  2e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.40904  normal  0.833846 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0133  hypothetical protein  51.14 
 
 		 88 aa  96.7  9e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0124  hypothetical protein  51.14 
 
 		 88 aa  96.3  1e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0566  hypothetical protein  55.06 
 
 		 89 aa  95.9  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118143 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1862  hypothetical protein  58.24 
 
 		 91 aa  95.9  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00332482  normal  0.539982 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4228  hypothetical protein  51.9 
 
 		 85 aa  94.4  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312261 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0847  hypothetical protein  48.31 
 
 		 89 aa  89.4  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2787  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 75 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116228  normal  0.0228649 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3840  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.37 
 
 		 74 aa  56.2  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.297747  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0916  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  45.59 
 
 		 75 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000414298  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1463  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.690044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2758  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 68 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.421806 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0030  conjugal transfer protein TraR  43.94 
 
 		 73 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1348  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 75 aa  53.1  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0302261  normal  0.617243 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2877  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  42.65 
 
 		 75 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.8398  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3059  DksA/TraR family protein  42.65 
 
 		 75 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386172  normal  0.996544 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3507  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 73 aa  52  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0119963  normal  0.0323819 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1833  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.42 
 
 		 74 aa  52.8  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0989587  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0756  hypothetical protein  46.43 
 
 		 66 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0374591  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07970  hypothetical protein  46.43 
 
 		 66 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  2.71217e-16  hitchhiker  0.000634076 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1959  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.3 
 
 		 72 aa  47.8  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05034  DnaK suppressor protein  45.28 
 
 		 72 aa  47.4  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3162  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.24 
 
 		 74 aa  47  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1685  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 		 69 aa  45.4  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.554769  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1494  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 		 69 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0666  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.6 
 
 		 73 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.88 
 
 		 144 aa  44.7  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.55 
 
 		 213 aa  43.5  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2085  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.64 
 
 		 68 aa  43.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3778  TraR/DksA family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 79 aa  42.4  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.563726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0875  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 73 aa  42.7  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0418872  normal  0.109316 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00565405  normal  0.112196 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0478  phage TraR/DksA family protein  41.38 
 
 		 66 aa  42  0.003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.1711  normal  0.241622 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3037  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  39.29 
 
 		 72 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0965532  normal  0.257312 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0609  transcriptional regulator, TraR/DksA family  59.26 
 
 		 79 aa  41.6  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3419  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  33.82 
 
 		 75 aa  40.8  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00386497  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 149 aa  40.8  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3183  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 		 74 aa  40.8  0.007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.775887 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.94 
 
 		 114 aa  40.4  0.008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>