44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3037 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3037  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  100 
 
 		 72 aa  148  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0965532  normal  0.257312 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3419  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  43.24 
 
 		 75 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00386497  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0756  hypothetical protein  48.48 
 
 		 66 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0374591  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07970  hypothetical protein  48.48 
 
 		 66 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  2.71217e-16  hitchhiker  0.000634076 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3980  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 72 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000000420347  normal  0.150452 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1167  hypothetical protein  51.02 
 
 		 87 aa  50.4  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0478  phage TraR/DksA family protein  43.28 
 
 		 66 aa  47.4  0.00006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.1711  normal  0.241622 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0690  hypothetical protein  39.29 
 
 		 88 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0875  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 73 aa  46.2  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0418872  normal  0.109316 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00488  conserved hypothetical protein  37.14 
 
 		 72 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5590  hypothetical protein  37.5 
 
 		 88 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64410  hypothetical protein  37.5 
 
 		 88 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00494  hypothetical protein  37.14 
 
 		 72 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3162  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.73 
 
 		 74 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1348  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 75 aa  45.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0302261  normal  0.617243 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2881  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 73 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000120273  normal  0.0538694 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0861  hypothetical protein  42.86 
 
 		 88 aa  43.9  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0920  hypothetical protein  42.86 
 
 		 88 aa  43.9  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0973  hypothetical protein  42.86 
 
 		 88 aa  43.9  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1292  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 67 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05034  DnaK suppressor protein  37.68 
 
 		 72 aa  43.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0952  hypothetical protein  42.86 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0889  hypothetical protein  42.86 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1359  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.184128 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0801  phage/conjugal plasmid C-4 type zinc finger protein  37.5 
 
 		 73 aa  42.4  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.500339  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2787  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 75 aa  42.4  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116228  normal  0.0228649 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0871  hypothetical protein  39.29 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0124  hypothetical protein  44 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0133  hypothetical protein  44 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2840  hypothetical protein  39.29 
 
 		 88 aa  42  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.940906  normal  0.101671 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00770  hypothetical protein  39.29 
 
 		 88 aa  42  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2839  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.29 
 
 		 88 aa  42  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1833  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.86 
 
 		 74 aa  41.6  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0989587  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00787  hypothetical protein  39.29 
 
 		 88 aa  42  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0858  hypothetical protein  39.29 
 
 		 88 aa  42  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0916  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.99 
 
 		 75 aa  42  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000414298  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0827  hypothetical protein  39.29 
 
 		 88 aa  41.6  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.841992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2877  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  38.16 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.8398  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3059  DksA/TraR family protein  38.16 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386172  normal  0.996544 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1036  probable rRNA transcription initiatior protein,putative phage gene  44.74 
 
 		 71 aa  41.2  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01805  hypothetical protein  40 
 
 		 88 aa  41.2  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2120  hypothetical protein  43.75 
 
 		 88 aa  40.8  0.007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.40904  normal  0.833846 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2549  hypothetical protein  39.29 
 
 		 88 aa  40.8  0.007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0952  hypothetical protein  39.29 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>