50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3886 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3886  hypothetical protein  100 
 
 		 205 aa  388  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.652083 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2690  hypothetical protein  36.13 
 
 		 203 aa  73.2  0.000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2508  hypothetical protein  34.9 
 
 		 191 aa  72  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.305533 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1336  hypothetical protein  31.63 
 
 		 196 aa  67  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.416394  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2952  hypothetical protein  33.14 
 
 		 192 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0711734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2295  hypothetical protein  35.57 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.357303  normal  0.0308402 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2804  hypothetical protein  30.54 
 
 		 190 aa  61.6  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5837  hypothetical protein  30.13 
 
 		 181 aa  60.5  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2796  hypothetical protein  27.6 
 
 		 196 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.514284  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0203  putative HdeD protein  29.61 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4870  acid-resistance membrane protein  29.61 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.756215 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3909  acid-resistance membrane protein  29.61 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03312  hypothetical protein  29.61 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.658927  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3813  acid-resistance membrane protein  29.61 
 
 		 181 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0206  acid-resistance membrane protein  29.61 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0145817 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3997  acid-resistance membrane protein  29.61 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3713  acid-resistance membrane protein  29.61 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00199236  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03359  acid-resistance membrane protein  29.61 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.493233  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4326  hypothetical protein  36.05 
 
 		 197 aa  57.4  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0779  hypothetical protein  29.88 
 
 		 182 aa  57  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.289109  normal  0.0535205 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0566  hypothetical protein  30.9 
 
 		 182 aa  56.6  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.484223 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0311  hypothetical protein  32.48 
 
 		 207 aa  55.8  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.773139  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0131  hypothetical protein  28.05 
 
 		 186 aa  55.5  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.391144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02198  hypothetical protein  22.96 
 
 		 187 aa  54.7  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3207  hypothetical protein  31 
 
 		 208 aa  53.9  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.17097 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6139  hypothetical protein  30.36 
 
 		 174 aa  53.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2522  hypothetical protein  30.36 
 
 		 174 aa  53.1  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0904508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3372  hypothetical protein  27.07 
 
 		 185 aa  53.1  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2206  hypothetical protein  30 
 
 		 175 aa  52.4  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.224771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1205  hypothetical protein  34.83 
 
 		 208 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.39038  normal  0.418544 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0415  hypothetical protein  30.32 
 
 		 183 aa  52.4  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301102  normal  0.0386467 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1255  hypothetical protein  32.03 
 
 		 219 aa  52  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.390712 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1416  hypothetical protein  32.03 
 
 		 219 aa  52  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0892  hypothetical protein  30.34 
 
 		 182 aa  51.2  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0862368  normal  0.795998 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1522  hypothetical protein  26.53 
 
 		 200 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.546287  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0502  acid-resistance membrane protein  24.59 
 
 		 189 aa  46.6  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1092  acid-resistance membrane protein  24.59 
 
 		 189 aa  46.6  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2298  hypothetical protein  26.88 
 
 		 193 aa  47.4  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0564  acid-resistance membrane protein  24.59 
 
 		 189 aa  46.6  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0489975  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4019  hypothetical protein  28.06 
 
 		 195 aa  46.6  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.886213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1025  hypothetical protein  29.41 
 
 		 185 aa  46.6  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.531684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0149  hypothetical protein  28.22 
 
 		 185 aa  46.2  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.222637  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3859  acid-resistance membrane protein  27.42 
 
 		 189 aa  45.1  0.0007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.012771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1475  hypothetical protein  26.74 
 
 		 185 aa  43.5  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1798  hypothetical protein  26.74 
 
 		 185 aa  43.5  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1195  hypothetical protein  23.16 
 
 		 196 aa  43.5  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1322  hypothetical protein  26.7 
 
 		 187 aa  43.1  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5913  hypothetical protein  31.45 
 
 		 190 aa  41.6  0.009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897248  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00883  hypothetical protein  29.65 
 
 		 186 aa  41.6  0.009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0347503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0350  hypothetical protein  27.32 
 
 		 192 aa  41.2  0.01  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0787888  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>