45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0933 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0933  DNA binding domain protein  100 
 
 		 73 aa  147  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3757  excisionase/Xis, DNA-binding  60.34 
 
 		 58 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2744  DNA binding domain protein, excisionase family  44.26 
 
 		 78 aa  55.1  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.587836  hitchhiker  0.00613887 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0230  DNA binding domain-containing protein  44.07 
 
 		 59 aa  51.2  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.016519 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0399  DNA binding domain protein  37.74 
 
 		 70 aa  49.3  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.687205 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2507  DNA binding domain protein, excisionase family  38.18 
 
 		 100 aa  48.9  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.286901  normal  0.381075 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0748  excisionase/Xis, DNA-binding  36.36 
 
 		 104 aa  48.1  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.613095 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0484  DNA binding domain-containing protein  42 
 
 		 67 aa  46.6  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.111356  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2059  excisionase/Xis, DNA-binding  38.6 
 
 		 105 aa  46.6  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1158  DNA binding domain protein, excisionase family  33.9 
 
 		 320 aa  45.4  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000597249  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3301  phage transcriptional regulator, AlpA  44.68 
 
 		 84 aa  45.4  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1004  DNA binding domain protein, excisionase family  42.55 
 
 		 82 aa  45.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1790  DNA binding domain-containing protein  35.59 
 
 		 155 aa  45.1  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4589  DNA binding domain protein, excisionase family  36.54 
 
 		 112 aa  44.7  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0074  DNA binding domain-containing protein  47.83 
 
 		 90 aa  44.3  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4091  DNA binding domain protein, excisionase family  33.33 
 
 		 151 aa  44.3  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0838  DNA binding domain-containing protein  47.83 
 
 		 90 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.38625  normal  0.385284 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0682  DNA binding domain-containing protein  47.83 
 
 		 84 aa  43.9  0.0007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.160899  normal  0.175021 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0669  excisionase/Xis, DNA-binding protein  47.83 
 
 		 84 aa  43.9  0.0007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.873991  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0662  DNA binding domain-containing protein  47.83 
 
 		 84 aa  43.9  0.0007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.87984 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2684  excisionase/Xis, DNA-binding  44 
 
 		 95 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0700  DNA binding domain-containing protein  34.43 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000271881  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2705  excisionase/Xis, DNA-binding  34.69 
 
 		 77 aa  43.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.34571  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0183  excisionase/Xis, DNA-binding  38.78 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.50459 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0661  DNA binding domain protein, excisionase family  48.89 
 
 		 80 aa  42.7  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1370  DNA binding domain protein, excisionase family  42 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1557  molybdate-binding protein  37.5 
 
 		 317 aa  42.4  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5764  DNA binding domain-containing protein, excisionase family  50 
 
 		 69 aa  42  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0244  DNA binding domain-containing protein  44.23 
 
 		 85 aa  41.6  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00265398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2158  DNA binding domain protein, excisionase family  41.94 
 
 		 206 aa  42  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3263  excision promoter, Xis  34.69 
 
 		 75 aa  41.2  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8339  excision promoter, Xis  36.73 
 
 		 74 aa  41.2  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0912  DNA binding domain protein, excisionase family  48.89 
 
 		 78 aa  41.6  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2049  DNA binding domain-containing protein  44 
 
 		 95 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1237  putative transcriptional regulator  32.26 
 
 		 74 aa  41.2  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3099  excision promoter, Xis  44.74 
 
 		 70 aa  41.2  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0251  excisionase family DNA binding domain-containing protein  42.31 
 
 		 67 aa  40.8  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2705  DNA binding domain protein, excisionase family  38.18 
 
 		 75 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1508  DNA binding domain-containing protein  34.78 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000123588 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4450  DNA binding domain protein, excisionase family  42.31 
 
 		 67 aa  40.8  0.007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3544  phage excisionase  33.33 
 
 		 149 aa  40.8  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.374064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0612  phage transcriptional regulator, AlpA  47.37 
 
 		 66 aa  40.4  0.007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274045  normal  0.0916726 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02760  DNA-binding protein, excisionase family  37.5 
 
 		 71 aa  40.4  0.008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10510  hypothetical protein  45.65 
 
 		 78 aa  40.4  0.009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0413  DNA binding domain-containing protein  47.37 
 
 		 69 aa  40  0.01  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229992 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>