79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0399 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0399  DNA binding domain protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.687205 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3099  excision promoter, Xis  48.78 
 
 		 70 aa  51.2  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3757  excisionase/Xis, DNA-binding  45.45 
 
 		 58 aa  49.7  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3301  phage transcriptional regulator, AlpA  45.45 
 
 		 84 aa  49.7  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0933  DNA binding domain protein  37.74 
 
 		 73 aa  49.3  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5748  excisionase/Xis, DNA-binding  47.92 
 
 		 165 aa  48.1  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0250382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8339  excision promoter, Xis  47.62 
 
 		 74 aa  48.1  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2677  DNA binding domain protein, excisionase family  41.54 
 
 		 248 aa  48.1  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000367572  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0074  DNA binding domain-containing protein  45.24 
 
 		 90 aa  47  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0662  DNA binding domain-containing protein  45.24 
 
 		 84 aa  47  0.00009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.87984 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0682  DNA binding domain-containing protein  45.24 
 
 		 84 aa  47  0.00009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.160899  normal  0.175021 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0669  excisionase/Xis, DNA-binding protein  45.24 
 
 		 84 aa  47  0.00009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.873991  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1790  DNA binding domain-containing protein  29.79 
 
 		 155 aa  46.2  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0700  DNA binding domain-containing protein  36.36 
 
 		 144 aa  46.6  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000271881  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0838  DNA binding domain-containing protein  44.19 
 
 		 90 aa  47  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.38625  normal  0.385284 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0277  DNA binding domain-containing protein  44.23 
 
 		 110 aa  46.2  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.830937  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1809  excisionase/Xis, DNA-binding  46.81 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202545  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2421  DNA binding domain-containing protein  46.81 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00439934  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0484  DNA binding domain-containing protein  39.13 
 
 		 67 aa  45.8  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.111356  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2425  DNA binding domain-containing protein  46.81 
 
 		 137 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.329887 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2705  excisionase/Xis, DNA-binding  44.19 
 
 		 77 aa  45.4  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.34571  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4353  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 74 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0251  excisionase family DNA binding domain-containing protein  50 
 
 		 67 aa  45.1  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23187  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3263  excision promoter, Xis  37.68 
 
 		 75 aa  44.7  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3029  DNA binding domain protein, excisionase family  42.22 
 
 		 137 aa  44.7  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.029266 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4450  DNA binding domain protein, excisionase family  50 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0537  hypothetical protein  50 
 
 		 67 aa  45.1  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0661  DNA binding domain protein, excisionase family  40 
 
 		 80 aa  44.3  0.0006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0230  DNA binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 59 aa  44.3  0.0006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.016519 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4091  DNA binding domain protein, excisionase family  47.73 
 
 		 151 aa  43.9  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3544  phage excisionase  47.73 
 
 		 149 aa  43.9  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.374064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2158  DNA binding domain protein, excisionase family  41.82 
 
 		 206 aa  43.9  0.0007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1184  DNA binding domain protein, excisionase family  61.29 
 
 		 56 aa  43.9  0.0008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1004  DNA binding domain protein, excisionase family  44.74 
 
 		 82 aa  43.9  0.0008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2899  DNA binding domain protein, excisionase family  41.51 
 
 		 127 aa  43.9  0.0008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0413  DNA binding domain-containing protein  47.37 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229992 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5764  DNA binding domain-containing protein, excisionase family  34.69 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1062  DNA binding domain protein, excisionase family  47.17 
 
 		 291 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2684  excisionase/Xis, DNA-binding  40.74 
 
 		 95 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02760  DNA-binding protein, excisionase family  41.46 
 
 		 71 aa  43.5  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20610  DNA-binding protein, excisionase family  42.31 
 
 		 111 aa  43.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.319293 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5007  DNA binding domain protein, excisionase family  47.37 
 
 		 67 aa  43.5  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0520811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1237  putative transcriptional regulator  43.9 
 
 		 74 aa  43.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0244  DNA binding domain-containing protein  47.37 
 
 		 85 aa  43.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00265398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1575  DNA binding domain-containing protein  45.65 
 
 		 293 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.410844  hitchhiker  0.00561125 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0612  phage transcriptional regulator, AlpA  44.74 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274045  normal  0.0916726 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4391  DNA binding domain protein, excisionase family  43.64 
 
 		 67 aa  42.7  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3348  excisionase family DNA binding domain-containing protein  43.64 
 
 		 67 aa  42.4  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.401166 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0912  DNA binding domain protein, excisionase family  47.37 
 
 		 78 aa  42.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8997  hypothetical protein  43.64 
 
 		 67 aa  42.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.944138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2751  excisionase/Xis, DNA-binding  43.64 
 
 		 67 aa  42.4  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0704152  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0183  excisionase/Xis, DNA-binding  37.93 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.50459 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0161  DNA binding domain-containing protein  50 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.177228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1370  DNA binding domain protein, excisionase family  42.59 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1059  DNA binding domain protein, excisionase family  47.17 
 
 		 292 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0170  DNA binding domain-containing protein  50 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.996607  hitchhiker  0.0018108 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10510  hypothetical protein  45.95 
 
 		 78 aa  42  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3779  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  38.78 
 
 		 232 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00106137  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0294  DNA binding domain protein, excisionase family  43.64 
 
 		 67 aa  42  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3553  phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 		 126 aa  41.2  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.654297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3794  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  34.48 
 
 		 231 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0123401  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4329  DNA binding domain-containing protein  32 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0181935  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3711  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  34.48 
 
 		 231 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.515832  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6742  DNA binding domain protein, excisionase family  43.59 
 
 		 70 aa  41.6  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7205  DNA binding domain-containing protein  44.23 
 
 		 68 aa  41.2  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0300475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01114  hypothetical protein  40.91 
 
 		 56 aa  41.2  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2705  DNA binding domain protein, excisionase family  42.55 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0099  excisionase/Xis, DNA-binding  44.23 
 
 		 68 aa  41.2  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.51311 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2744  DNA binding domain protein, excisionase family  42.22 
 
 		 78 aa  41.2  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.587836  hitchhiker  0.00613887 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2614  phage transcriptional regulator, AlpA  37.68 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1508  DNA binding domain-containing protein  40.91 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000123588 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1001  DNA-binding excisionase/Xis  45.45 
 
 		 290 aa  40.8  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0343  DNA binding domain-containing protein  44.74 
 
 		 69 aa  40.8  0.006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.683411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0748  excisionase/Xis, DNA-binding  38.64 
 
 		 104 aa  40.8  0.007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.613095 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1182  phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 		 72 aa  40.8  0.007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.592067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0301  DNA binding domain protein, excisionase family  44.23 
 
 		 67 aa  40.4  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4598  DNA binding domain protein, excisionase family  38.89 
 
 		 76 aa  40.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2049  DNA binding domain-containing protein  42 
 
 		 95 aa  40  0.01  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531029  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4676  DNA binding domain protein, excisionase family  41.3 
 
 		 80 aa  40  0.01  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.272297  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>