33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3757 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3757  excisionase/Xis, DNA-binding  100 
 
 		 58 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0933  DNA binding domain protein  60.34 
 
 		 73 aa  75.9  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2507  DNA binding domain protein, excisionase family  38.46 
 
 		 100 aa  51.2  0.000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.286901  normal  0.381075 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2684  excisionase/Xis, DNA-binding  48 
 
 		 95 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0399  DNA binding domain protein  45.45 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.687205 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4091  DNA binding domain protein, excisionase family  38.46 
 
 		 151 aa  48.9  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2677  DNA binding domain protein, excisionase family  42.86 
 
 		 248 aa  46.6  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000367572  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1370  DNA binding domain protein, excisionase family  42 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3301  phage transcriptional regulator, AlpA  36.17 
 
 		 84 aa  45.8  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0230  DNA binding domain-containing protein  40.74 
 
 		 59 aa  45.8  0.0002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.016519 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4353  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 74 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2049  DNA binding domain-containing protein  42 
 
 		 95 aa  44.7  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2421  DNA binding domain-containing protein  45.45 
 
 		 137 aa  43.9  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00439934  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1809  excisionase/Xis, DNA-binding  45.45 
 
 		 137 aa  43.9  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202545  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1790  DNA binding domain-containing protein  34.04 
 
 		 155 aa  43.9  0.0007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0893  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  48.84 
 
 		 230 aa  43.5  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2705  DNA binding domain protein, excisionase family  42 
 
 		 75 aa  43.9  0.0008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0700  DNA binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 144 aa  43.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000271881  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1508  DNA binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 140 aa  43.5  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000123588 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2425  DNA binding domain-containing protein  43.18 
 
 		 137 aa  42.7  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.329887 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1532  DNA binding domain-containing protein  36.73 
 
 		 201 aa  43.5  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  unclonable  0.0000000035753  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1237  putative transcriptional regulator  28.85 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0748  excisionase/Xis, DNA-binding  41.46 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.613095 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3099  excision promoter, Xis  29.82 
 
 		 70 aa  42.4  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0363  hypothetical protein  31.37 
 
 		 147 aa  41.6  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5538  DNA binding domain-containing protein  40.38 
 
 		 64 aa  41.6  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0183  excisionase/Xis, DNA-binding  35.71 
 
 		 102 aa  41.6  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.50459 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1031  excisionase/Xis, DNA-binding  40.38 
 
 		 64 aa  41.2  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.126715 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5325  DNA binding domain-containing protein  36.54 
 
 		 61 aa  41.2  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0330031 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1829  DNA binding domain-containing protein  38.3 
 
 		 109 aa  40.8  0.006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3029  DNA binding domain protein, excisionase family  28.85 
 
 		 137 aa  40.8  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.029266 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5009  hypothetical protein  34.62 
 
 		 92 aa  40.4  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6306  DNA binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 64 aa  40.4  0.009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>