More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0673 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0673  ribonuclease H  100 
 
 		 147 aa  300  4.0000000000000003e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1754  ribonuclease H  74.48 
 
 		 145 aa  233  7e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1744  ribonuclease H  61.81 
 
 		 146 aa  198  1.9999999999999998e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1340  Ribonuclease H  66.9 
 
 		 145 aa  197  3e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154889  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1616  ribonuclease H  61.11 
 
 		 155 aa  197  3.9999999999999996e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000113365  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0619  ribonuclease H  63.7 
 
 		 152 aa  196  1.0000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.772003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0628  ribonuclease H  60.42 
 
 		 146 aa  193  7e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.702855  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0600  ribonuclease H  60.84 
 
 		 146 aa  192  2e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.42246  normal  0.0270163 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1607  ribonuclease H  59.15 
 
 		 153 aa  191  2e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.321118 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0543  ribonuclease H  59.44 
 
 		 146 aa  188  2e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.751982 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1172  RNase HI  61.81 
 
 		 152 aa  187  2.9999999999999997e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000482938  hitchhiker  0.000107341 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0581  ribonuclease H  59.44 
 
 		 146 aa  186  7e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1987  ribonuclease H  54.11 
 
 		 159 aa  184  5e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  62.22 
 
 		 153 aa  182  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  57.14 
 
 		 162 aa  176  8e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  56.46 
 
 		 150 aa  174  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  56.16 
 
 		 161 aa  174  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  59.12 
 
 		 154 aa  174  5e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  59.12 
 
 		 154 aa  174  5e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  59.71 
 
 		 154 aa  174  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  57.53 
 
 		 155 aa  174  5e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  59.12 
 
 		 153 aa  173  7e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  61.31 
 
 		 151 aa  173  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  61.31 
 
 		 151 aa  172  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  60.58 
 
 		 154 aa  172  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  57.45 
 
 		 154 aa  171  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  58.39 
 
 		 151 aa  170  7.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2115  ribonuclease H  55.94 
 
 		 146 aa  169  1e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.111638  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1373  Ribonuclease H  53.1 
 
 		 154 aa  168  2e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000016883  hitchhiker  0.00000157044 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0263  ribonuclease H  55.24 
 
 		 146 aa  167  6e-41  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.988009  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  59.4 
 
 		 142 aa  166  1e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0761  ribonuclease H  55.94 
 
 		 146 aa  166  1e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  54.61 
 
 		 153 aa  165  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  58.09 
 
 		 146 aa  164  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  55.4 
 
 		 143 aa  164  5e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0304  ribonuclease H  55.71 
 
 		 145 aa  163  6.9999999999999995e-40  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0206259  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1837  ribonuclease H  51.02 
 
 		 153 aa  163  6.9999999999999995e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.0000000470607  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  55.15 
 
 		 160 aa  162  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1338  ribonuclease H  57.34 
 
 		 143 aa  162  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1334  ribonuclease H  57.34 
 
 		 143 aa  162  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  52.48 
 
 		 154 aa  162  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  52.78 
 
 		 147 aa  162  1.0000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  54 
 
 		 164 aa  162  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2851  ribonuclease H  57.86 
 
 		 147 aa  161  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  54.01 
 
 		 145 aa  161  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  52.48 
 
 		 151 aa  161  3e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  56.43 
 
 		 148 aa  160  4.0000000000000004e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08950  Ribonuclease H  52.41 
 
 		 269 aa  160  5.0000000000000005e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  54.74 
 
 		 145 aa  160  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0409  ribonuclease H  57.14 
 
 		 155 aa  160  6e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  53.68 
 
 		 160 aa  159  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  56.2 
 
 		 145 aa  159  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  51.8 
 
 		 163 aa  159  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0446  Ribonuclease H  54.29 
 
 		 145 aa  159  1e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  55.47 
 
 		 156 aa  158  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  51.02 
 
 		 152 aa  157  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0852  ribonuclease H  52.74 
 
 		 164 aa  157  5e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  51.43 
 
 		 156 aa  157  6e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  52.74 
 
 		 159 aa  156  8e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  53.96 
 
 		 153 aa  156  9e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  54.81 
 
 		 152 aa  155  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  53.15 
 
 		 150 aa  155  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4372  Ribonuclease H  54.01 
 
 		 163 aa  155  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  54.07 
 
 		 157 aa  155  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4434  Ribonuclease H  54.01 
 
 		 163 aa  155  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.10837 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2071  ribonuclease H  52.52 
 
 		 149 aa  154  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  55.47 
 
 		 155 aa  154  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  54.01 
 
 		 146 aa  154  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  55.47 
 
 		 155 aa  154  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  55.47 
 
 		 155 aa  154  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  55.47 
 
 		 155 aa  154  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  55.47 
 
 		 155 aa  154  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1258  ribonuclease H  55.15 
 
 		 153 aa  154  3e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  51.82 
 
 		 151 aa  154  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  52.41 
 
 		 148 aa  154  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  53.24 
 
 		 158 aa  154  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  52.41 
 
 		 148 aa  154  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  48.25 
 
 		 159 aa  154  5.0000000000000005e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  52.94 
 
 		 148 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  51.82 
 
 		 148 aa  154  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  51.82 
 
 		 148 aa  154  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  52.94 
 
 		 148 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  52.59 
 
 		 154 aa  153  6e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1619  ribonuclease H  52.52 
 
 		 155 aa  153  7e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.353009  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  53.28 
 
 		 148 aa  153  7e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  52.55 
 
 		 157 aa  153  7e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  55.22 
 
 		 170 aa  153  7e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  53.28 
 
 		 148 aa  153  8e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  53.28 
 
 		 148 aa  153  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  53.28 
 
 		 148 aa  153  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  53.28 
 
 		 148 aa  153  8e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  53.28 
 
 		 148 aa  153  8e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  53.28 
 
 		 148 aa  153  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  50.72 
 
 		 149 aa  153  9e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  54.01 
 
 		 154 aa  152  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  55.47 
 
 		 155 aa  152  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  55.47 
 
 		 155 aa  152  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  54.41 
 
 		 154 aa  152  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  55.47 
 
 		 155 aa  152  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  54.41 
 
 		 154 aa  152  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>