More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2383 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_2383  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  100 
 
 
558 aa  1144    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.356876  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0552  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  41.35 
 
 
555 aa  423  1e-117  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0886  MutS domain-containing protein  34.99 
 
 
557 aa  327  3e-88  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.437767  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1160  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  33.03 
 
 
554 aa  300  5e-80  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2064  mismatch repair ATPase  35.77 
 
 
427 aa  245  9.999999999999999e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1660  MutS family protein  32.19 
 
 
538 aa  244  3.9999999999999997e-63  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0221998  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0305  MutS domain-containing protein  30.16 
 
 
521 aa  238  2e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.667577  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2122  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  30.91 
 
 
536 aa  236  6e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0365547  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2085  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  30.91 
 
 
536 aa  236  6e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00891152  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0300  MutS domain-containing protein  29.88 
 
 
521 aa  235  2.0000000000000002e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0706  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  33.33 
 
 
438 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.574952  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2141  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  26.8 
 
 
624 aa  141  3e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0359  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  29.7 
 
 
598 aa  140  6e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1114  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  25.94 
 
 
605 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2027  MutS-like mismatch repair protein, ATPase  32.22 
 
 
596 aa  134  3.9999999999999996e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5542  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  31.87 
 
 
610 aa  127  6e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0247  DNA mismatch repair protein MutS-like protein  24.06 
 
 
601 aa  126  9e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2411  MutS domain-containing protein  34.2 
 
 
595 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.133991  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2123  MutS domain-containing protein  34.2 
 
 
595 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2424  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  30.1 
 
 
594 aa  123  7e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.720949  normal  0.166887 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3595  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  25.6 
 
 
607 aa  121  3.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0161652  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2709  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  25.6 
 
 
590 aa  119  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0186895  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2547  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  28.64 
 
 
597 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2451  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  28.64 
 
 
597 aa  118  3e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.412357  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2469  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  30.21 
 
 
626 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0156  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  34.32 
 
 
586 aa  117  3.9999999999999997e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1070  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  28.57 
 
 
593 aa  117  6.9999999999999995e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3182  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  35.24 
 
 
618 aa  115  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1406  DNA mismatch repair protein MutS-like  29.41 
 
 
597 aa  114  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4132  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  30.49 
 
 
610 aa  114  6e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.300253 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0656  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  30.42 
 
 
604 aa  107  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0988  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  29.29 
 
 
615 aa  106  9e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.928875  normal  0.94372 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04875  DNA mismatch repair protein mutS  25.07 
 
 
601 aa  104  3e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2236  DNA mismatch repair protein  36.21 
 
 
590 aa  100  5e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7097  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  30.69 
 
 
443 aa  91.3  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000373438  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0562  DNA mismatch repair protein MutS-like  29.19 
 
 
243 aa  85.5  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK02590  mismatch repair-related protein, putative  26.16 
 
 
1205 aa  84  0.000000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.102659  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01708  protein required for mismatch repair in mitosis and meiosis (Eurofung)  25.93 
 
 
1186 aa  82  0.00000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1015  DNA mismatch repair protein MutS  29.73 
 
 
793 aa  81.6  0.00000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1760  DNA mismatch repair protein MutS  24.9 
 
 
870 aa  81.3  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1437  DNA mismatch repair protein MutS  24.9 
 
 
870 aa  81.3  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.787998  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1115  DNA mismatch repair protein MutS  29.73 
 
 
793 aa  80.9  0.00000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2065  DNA mismatch repair protein MutS  45.57 
 
 
80 aa  79.3  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2667  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  28.96 
 
 
442 aa  79  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.235578  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2347  DNA mismatch repair protein MutS  26.51 
 
 
860 aa  77.4  0.0000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.836402  normal  0.482784 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3819  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  27.76 
 
 
445 aa  77  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.081272  normal  0.267024 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3053  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  27.93 
 
 
450 aa  75.5  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_81012  Mismatch repair ATPase MSH6 (MutS family)  27.1 
 
 
1212 aa  75.5  0.000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0833152 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1159  DNA mismatch repair protein MutS  24.11 
 
 
850 aa  75.1  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0179722  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0621  DNA mismatch repair protein MutS  25.84 
 
 
859 aa  75.1  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.947929  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2087  DNA mismatch repair protein MutS  26.33 
 
 
874 aa  75.1  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.104539  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1169  DNA mismatch repair protein MutS  27.15 
 
 
864 aa  74.7  0.000000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.29255 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0335  DNA mismatch repair protein MutS  23.98 
 
 
815 aa  74.3  0.000000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.213975  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0653  DNA mismatch repair protein MutS  22.79 
 
 
881 aa  74.3  0.000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1486  DNA mismatch repair protein MutS  25.33 
 
 
867 aa  74.3  0.000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.387316  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2697  DNA mismatch repair protein MutS  28.02 
 
 
882 aa  73.6  0.000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60859  normal  0.57313 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0330  DNA mismatch repair protein MutS  23.16 
 
 
917 aa  72.8  0.00000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0632  DNA mismatch repair protein MutS  27.98 
 
 
855 aa  73.2  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0530533  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0622  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  30.63 
 
 
112 aa  72.4  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000499338  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0919  DNA mismatch repair protein MutS  25.62 
 
 
863 aa  72.4  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5394  DNA mismatch repair protein MutS  28.37 
 
 
885 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.597717  normal  0.74748 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2107  DNA mismatch repair protein MutS  28.37 
 
 
885 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.069343 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05155  putative DNA mismatch repair protein MutS  27.49 
 
 
869 aa  72.8  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1998  DNA mismatch repair protein MutS  26.67 
 
 
885 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000368418 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5989  DNA mismatch repair protein MutS  28.37 
 
 
885 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2124  DNA mismatch repair protein MutS  26.67 
 
 
886 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2088  DNA mismatch repair protein MutS  28.37 
 
 
885 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2520  DNA mismatch repair protein MutS  28.7 
 
 
894 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00821283  hitchhiker  0.000000391787 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1617  DNA mismatch repair protein MutS  28.7 
 
 
878 aa  72  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.387168 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0032  DNA mismatch repair protein MutS  26.41 
 
 
880 aa  71.6  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.317103 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1358  DNA mismatch repair protein MutS  29.57 
 
 
910 aa  71.2  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.476923  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1171  DNA mismatch repair protein MutS  29.57 
 
 
910 aa  71.6  0.00000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0214  DNA mismatch repair protein MutS  29.41 
 
 
851 aa  71.2  0.00000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.250019 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0047  DNA mismatch repair protein MutS  25.7 
 
 
908 aa  70.9  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.967716  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3734  DNA mismatch repair protein MutS  24.36 
 
 
883 aa  70.5  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648477  decreased coverage  0.000000000582755 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0458  DNA mismatch repair protein MutS  23.74 
 
 
865 aa  70.5  0.00000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.143165  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0670  DNA mismatch repair protein MutS  26.12 
 
 
902 aa  70.5  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.48055  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1186  DNA mismatch repair protein MutS  27.91 
 
 
884 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00296401 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1822  DNA mismatch repair protein MutS  26.96 
 
 
871 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0116284  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2743  DNA mismatch repair protein MutS  25.66 
 
 
868 aa  70.1  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2226  DNA mismatch repair protein MutS  26.61 
 
 
956 aa  70.1  0.0000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.137389  normal  0.561287 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1671  DNA mismatch repair protein MutS  27.98 
 
 
891 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207117  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0358  DNA mismatch repair protein MutS  25.2 
 
 
918 aa  70.1  0.0000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.613152  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1594  DNA mismatch repair protein MutS  28.8 
 
 
871 aa  70.1  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0845017  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0916  hypothetical protein  25.76 
 
 
685 aa  69.7  0.0000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0756379 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0935  DNA mismatch repair protein MutS  29.32 
 
 
874 aa  69.7  0.0000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.547997 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4380  recombination and DNA strand exchange inhibitor protein  27.97 
 
 
786 aa  69.3  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1151  DNA mismatch repair protein MutS  26.75 
 
 
882 aa  69.3  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75556  normal  0.534383 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2284  DNA mismatch repair protein MutS  27.95 
 
 
897 aa  68.9  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.339354  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2101  DNA mismatch repair protein MutS  30.6 
 
 
858 aa  69.3  0.0000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3145  DNA mismatch repair protein MutS  27.98 
 
 
939 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1537  DNA mismatch repair protein MutS  33.59 
 
 
880 aa  69.3  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1399  DNA mismatch repair protein MutS  29.3 
 
 
892 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000434224 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2559  DNA mismatch repair protein MutS  27.44 
 
 
891 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2173  DNA mismatch repair protein MutS  27.98 
 
 
939 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.01775  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2612  DNA mismatch repair protein MutS  27.44 
 
 
939 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1446  DNA mismatch repair protein MutS  27.98 
 
 
939 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.350724  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1768  DNA mismatch repair protein MutS  24.14 
 
 
846 aa  68.6  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1769  DNA mismatch repair protein MutS  24.14 
 
 
846 aa  68.6  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1913  DNA mismatch repair protein MutS  27.52 
 
 
893 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.396246  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>