105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_R0056 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_R0056  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.764712  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0010  tRNA-Met  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0001  tRNA-Met  93.88 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0045  tRNA-Met  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4573  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0011  tRNA-Met  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000000297005  normal  0.027771 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0006  tRNA-Met  91.84 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.556154 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAMetVIMSS1309261  tRNA-Met  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0992753 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0013  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet02  tRNA-Met  85.33 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00802735  normal  0.195828 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt022  tRNA-Met  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000116471  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0029  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0042  tRNA-Met  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.309663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0045  tRNA-Met  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00121636  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0076  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0875686  normal  0.0411055 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0009  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.101954  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0743  tRNA-Met  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0043  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.16192 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0017  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0002  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0034  tRNA-Met  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.62589  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0039  tRNA-Met  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0033  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0263488  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0045  tRNA-Met  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00820009  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0013  tRNA-Met  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0049  tRNA-Ile  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0010  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.678705 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0018  tRNA-Met  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000031299  normal  0.0565346 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0049  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000106187  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0035  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00196  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00202  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00329  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03616  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03720  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0049  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00365867  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0056  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna157  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0113755  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna039  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00772194  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna079  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0722838  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4324  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0101134  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4348  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.265257  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4353  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.116887  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0039  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.10538  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0040  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0666979  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0045  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0022  tRNA-Met  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0717385  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0051  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0332583 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0052  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0058  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0050  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303318 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0085  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0058  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.646695 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0072  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.152177 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0003  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00132267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0047  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0090  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419074  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0053  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00198096  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0054  tRNA-Met  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00220789  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0058  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.263555  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.319712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0003  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0042  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0005  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00223739  hitchhiker  0.00317207 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0023  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000132688  unclonable  0.00000666123 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0051  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0295502  normal  0.790944 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAMetVIMSS1309092  tRNA-Met  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.164096  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAMetVIMSS1309107  tRNA-Met  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.856151  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0003  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.784686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0051  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0058  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAMetVIMSS1309166  tRNA-Met  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.862204  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0037  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.327005 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0049  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.319822 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0056  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.375989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2075  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00411358  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2707  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000190822  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0036  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.465493  normal  0.444935 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0030  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0041  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.339834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0012  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.112019  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6007  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.358731 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0060  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0054  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0013  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.105797  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0030  tRNA-Met  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0039  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0062  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0051  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000159293 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0052  tRNA-Met  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000423304 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>