More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_R0023 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_R0023  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000132688  unclonable  0.00000666123 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0051  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0295502  normal  0.790944 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0005  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00223739  hitchhiker  0.00317207 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2707  tRNA-Ile  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000190822  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2075  tRNA-Ile  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00411358  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2800  tRNA-Ile  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000121659  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0088  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000156507  normal  0.184684 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna57  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000350129  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna157  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0113755  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0083  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000277539  normal  0.33634 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0004  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000767494  normal  0.0118778 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna50  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.000949027  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0009  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.102248  normal  0.0119324 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0026  tRNA-Ile  96.92 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna039  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00772194  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0032  tRNA-Ile  96.92 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna079  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0722838  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03616  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00196  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00329  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00202  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03720  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0005  tRNA-Ile  98.18 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0036  tRNA-Ile  98.18 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0220813  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0002  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0046  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000007266  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0014  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0127  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000449492  normal  0.0406776 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0104  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000615074  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0059  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000373197  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0003  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000253245  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0005  tRNA-Ile  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0019  tRNA-Ile  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0045  tRNA-Ile  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.165882  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0063  tRNA-Ile  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0031  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0468  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000056688  normal  0.0165845 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4204  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000054398  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0022  tRNA-Ile  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368494 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4293  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000401395  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4265  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000229393  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0626  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000339545  normal  0.0175706 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle01  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 80 bp  97.6  4e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle02  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 80 bp  97.6  4e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0018  tRNA-Ile  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0042  tRNA-Ile  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0033  tRNA-Ile  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0017  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000136136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0058  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00171421  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0007  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000593812  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.575772  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0011  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000846583  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0057  tRNA-Ile  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.926394 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0026  tRNA-Ile  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0532408 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0049  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0040  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.111959 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0005  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000353567  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0055  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0011  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0062166  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0005  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000168156  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2506  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2772  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2212  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2459  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0033  tRNA-Ile  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0063  tRNA-Ile  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.809971 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0012  tRNA-Ile  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.428746  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0066  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0066  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0018  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.891633  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0812  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA14  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0900551  normal  0.0100999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA5  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA51  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000929539  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA73  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00020083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0029  tRNA-Ile  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.125391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6152  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0718757  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0072  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0761618  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0009  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0154814  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4845  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0555625  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0022  tRNA-Ile  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0006  tRNA-Ile  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293878 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0547  tRNA-Ile  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0008  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289136  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0118  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000845195  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0084  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0017286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0117  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000183962  hitchhiker  0.000210385 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5402  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0831781  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0007  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000911687  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0137  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000306582  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0008  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00154963  normal  0.549393 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>