299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_R0037 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.17364  normal  0.432753 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0047  tRNA-Leu  96.47 
 
 		 85 bp  145  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0041  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0554879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0030  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000143039  normal  0.038652 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0058  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0724128 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0008  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.429157  normal  0.0709893 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11710  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.35262 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1187  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09040  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00190056  normal  0.352495 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0030  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.551474  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6036  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.510432 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0025  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.330204  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 81 bp  67.9  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 81 bp  67.9  0.0000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1215  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0031  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362907  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0047  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.279454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0052  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.888943  normal  0.34403 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0024  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0035  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0032  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0071  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.690951  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3148t  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 81 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3153t  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000997462  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0069  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202771  hitchhiker  0.000000827914 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3144t  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000564151  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0015  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.134139  normal  0.0596328 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0014  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20516  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0003  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.259027 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0003  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 81 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3146t  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000598983  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3150t  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt12  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt22  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt12  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt22  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0035  tRNA-Leu  85.29 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0015  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0008  tRNA-Leu  83.75 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.410755  normal  0.517805 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna42  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0038  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00398477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0036  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01237  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna136  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000736232  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0037  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21797  normal  0.0832006 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4321  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01233  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01239  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna148  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna133  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna144  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000990562  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0012  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.243328 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0039  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.368891  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0042  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105612  normal  0.123579 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01242  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna138  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000894739  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna140  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna146  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna142  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000867918  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna151  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000109594  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0039  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00836126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna149  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000841901  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0031  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.926824 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000588757  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0124  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141518  normal  0.195721 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>