More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1115 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
298 aa  577  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.99 
 
 
298 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.731426  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  93.33 
 
 
300 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177447  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  92.67 
 
 
300 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  92.67 
 
 
300 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4341  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  95.97 
 
 
298 aa  487  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.801561  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  91.91 
 
 
298 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.85 
 
 
300 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.760179  normal  0.495505 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.56 
 
 
312 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282781  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1466  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  77.82 
 
 
300 aa  413  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0507128  normal  0.124115 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0656  ABC transporter, permease protein  83.7 
 
 
362 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1541  ABC transporter, permease protein  82.73 
 
 
347 aa  391  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1211  ABC transporter, permease protein  83.7 
 
 
362 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1408  ABC transporter, permease protein  82.73 
 
 
366 aa  391  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.907459  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0497  ABC transporter, permease protein  83.7 
 
 
362 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2833  ABC transporter, permease protein  82.61 
 
 
410 aa  388  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0920075  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1415  ABC transporter, permease protein  83.52 
 
 
366 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146328  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3075  ABC transporter, permease protein  86.42 
 
 
243 aa  358  6e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.43 
 
 
265 aa  337  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.420576  normal  0.120136 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.63 
 
 
265 aa  335  5.999999999999999e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4842  putative ABC transporter inner membrane protein  61.54 
 
 
291 aa  316  4e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.860771  normal  0.0587965 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1793  ABC transporter permease  70.73 
 
 
265 aa  312  3.9999999999999997e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.849444  normal  0.0352963 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.87 
 
 
268 aa  298  8e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0939917  normal  0.176342 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4044  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  64.14 
 
 
261 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0830657  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.75 
 
 
261 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.45 
 
 
261 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104135  normal  0.640499 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5852  molybdenum ABC transporter permease  59.92 
 
 
261 aa  285  5.999999999999999e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.581419  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.98 
 
 
262 aa  280  2e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147455  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4693  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  65.79 
 
 
264 aa  269  4e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0488  ABC transporter, permease protein  65.22 
 
 
264 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.02 
 
 
266 aa  265  7e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.92 
 
 
265 aa  262  4.999999999999999e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.840186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.96 
 
 
294 aa  262  4.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
253 aa  120  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00110867  normal  0.885774 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  39.47 
 
 
280 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  32.65 
 
 
265 aa  98.6  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.52 
 
 
262 aa  98.2  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  32.68 
 
 
281 aa  97.4  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.43 
 
 
295 aa  95.5  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102355  normal  0.118273 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7601  ABC transporter membrane spanning protein  34.02 
 
 
273 aa  95.5  9e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2156  ABC transporter, inner membrane subunit  31.95 
 
 
265 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1684  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  35.48 
 
 
300 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
265 aa  94  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.225733  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.01 
 
 
262 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.29435 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.79 
 
 
272 aa  92.4  7e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.210545  normal  0.706839 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
264 aa  92.4  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.56 
 
 
280 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.596153  normal  0.412675 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
264 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
264 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.5 
 
 
304 aa  90.9  3e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.85 
 
 
264 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.16 
 
 
279 aa  89.7  5e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.37 
 
 
262 aa  90.1  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.438917 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  30.3 
 
 
293 aa  89.4  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.34 
 
 
277 aa  89.4  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.8 
 
 
266 aa  89.4  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103333  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  32.38 
 
 
260 aa  88.6  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.65 
 
 
264 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.65 
 
 
264 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.12 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.718576  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  32.37 
 
 
264 aa  87.8  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.53 
 
 
264 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3161  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.95 
 
 
259 aa  87  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.26 
 
 
259 aa  86.3  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7195  ABC transporter permease  33.33 
 
 
271 aa  86.3  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  29.72 
 
 
266 aa  85.9  7e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.43 
 
 
257 aa  85.5  9e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1822  putative ABC transporter, permease protein  30.14 
 
 
282 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.131569  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2084  ABC transporter, permease protein  30.14 
 
 
282 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.217938  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1111  ABC transporter, permease protein  30.14 
 
 
282 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0820  ABC transporter, permease protein  30.14 
 
 
282 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.06 
 
 
272 aa  85.1  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  31.3 
 
 
287 aa  85.1  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  28.1 
 
 
266 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.62 
 
 
266 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.62 
 
 
266 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.62 
 
 
266 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.62 
 
 
266 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1784  putative ABC transport system, membrane protein  30.14 
 
 
282 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.62 
 
 
266 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0352  ABC transporter, permease protein  30.14 
 
 
282 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.734925  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  29.29 
 
 
256 aa  84.7  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0446  ABC transporter, permease protein  29.82 
 
 
282 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.62 
 
 
266 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  30.52 
 
 
269 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.46 
 
 
265 aa  84  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.63 
 
 
269 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4467  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.3 
 
 
282 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.380773  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  32.08 
 
 
256 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  28.79 
 
 
256 aa  82.8  0.000000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.83 
 
 
273 aa  82.8  0.000000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.227272  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  30.84 
 
 
288 aa  82.4  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.21 
 
 
281 aa  82.4  0.000000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.33 
 
 
265 aa  81.6  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.9 
 
 
273 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0152419  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
278 aa  82  0.00000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0163082  normal  0.45751 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.67 
 
 
279 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0828593 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  31.6 
 
 
256 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.41 
 
 
299 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.612103 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.14 
 
 
266 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>