More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1574 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1574  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
229 aa  461  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.250643  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1094  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  70 
 
 
223 aa  281  7.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538676  hitchhiker  0.0026309 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  69 
 
 
223 aa  279  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000502279 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  71.28 
 
 
205 aa  271  4.0000000000000004e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0709  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  71.28 
 
 
205 aa  271  5.000000000000001e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0791  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  71.07 
 
 
220 aa  262  3e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277928  normal  0.560587 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2577  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  69.52 
 
 
205 aa  248  4e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829885  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0764  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.45 
 
 
203 aa  229  3e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1967  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.41 
 
 
236 aa  229  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.99 
 
 
219 aa  221  9e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.76 
 
 
219 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.22 
 
 
219 aa  211  7e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.72 
 
 
224 aa  209  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.3 
 
 
221 aa  206  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.27 
 
 
209 aa  206  2e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.23 
 
 
209 aa  205  5e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.24 
 
 
222 aa  204  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.27 
 
 
215 aa  202  5e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.67 
 
 
213 aa  201  6e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0964  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.89 
 
 
218 aa  201  8e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00597426 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2428  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.36 
 
 
220 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  hitchhiker  0.000000443644 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2557  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.36 
 
 
220 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.852464  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.69 
 
 
198 aa  199  3e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.83 
 
 
220 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.83 
 
 
220 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.36 
 
 
220 aa  198  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.25 
 
 
220 aa  197  7.999999999999999e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.36 
 
 
220 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.52 
 
 
214 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.08 
 
 
214 aa  196  3e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.5 
 
 
213 aa  195  4.0000000000000005e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1477  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.51 
 
 
200 aa  195  5.000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0236  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.61 
 
 
212 aa  194  9e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422132  normal  0.822796 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.77 
 
 
216 aa  193  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.38967  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.68 
 
 
209 aa  193  2e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002780  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46 
 
 
220 aa  193  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
222 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.74 
 
 
222 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03201  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.01 
 
 
212 aa  192  5e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.37 
 
 
220 aa  192  5e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3853  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.23 
 
 
220 aa  191  8e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.465916  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
217 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.95 
 
 
220 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1649  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.44 
 
 
197 aa  191  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.318783  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
217 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5548  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
220 aa  190  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2363  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.7 
 
 
203 aa  189  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.21 
 
 
216 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3927  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.88 
 
 
198 aa  189  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2538  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.85 
 
 
206 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1275  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.43 
 
 
198 aa  189  4e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3525  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.92 
 
 
212 aa  189  4e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0302516  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.48 
 
 
217 aa  188  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5372  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.31 
 
 
192 aa  188  5.999999999999999e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.83 
 
 
212 aa  188  7e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1512  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.71 
 
 
214 aa  187  8e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374503  normal  0.459598 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0073  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.36 
 
 
219 aa  187  1e-46  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1632  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.67 
 
 
216 aa  186  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0554809 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.06 
 
 
218 aa  186  3e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.55 
 
 
211 aa  186  4e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.226239  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.73 
 
 
194 aa  185  4e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.12 
 
 
217 aa  185  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2101  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.15 
 
 
207 aa  185  4e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.388501  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.72 
 
 
216 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2993  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.6 
 
 
212 aa  185  4e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1063  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.92 
 
 
212 aa  184  7e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.73 
 
 
194 aa  184  9e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0490  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.79 
 
 
216 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1456  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.5 
 
 
209 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.551821 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2761  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.69 
 
 
214 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1888  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
197 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00391405  normal  0.23878 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.4 
 
 
205 aa  183  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0678  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.37 
 
 
196 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.06 
 
 
221 aa  182  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.36 
 
 
212 aa  182  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1233  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.36 
 
 
212 aa  182  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3843  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.46 
 
 
199 aa  182  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0791842  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1350  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.36 
 
 
212 aa  182  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1068  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.37 
 
 
220 aa  182  3e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0913  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.73 
 
 
210 aa  182  4.0000000000000006e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1598  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.53 
 
 
217 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.718303  normal  0.398382 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1246  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.62 
 
 
216 aa  182  5.0000000000000004e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992946 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.12 
 
 
216 aa  181  6e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3437  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.21 
 
 
192 aa  181  9.000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.333291 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1699  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.15 
 
 
216 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26745  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1572  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.89 
 
 
219 aa  181  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000481989 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1570  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.89 
 
 
219 aa  181  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000536598 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1896  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.89 
 
 
219 aa  181  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2578  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.31 
 
 
214 aa  180  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0668688  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2488  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.28 
 
 
218 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.062829  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2381  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.64 
 
 
214 aa  180  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0156868  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2453  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.64 
 
 
214 aa  180  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0349529  normal  0.141715 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1595  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.84 
 
 
214 aa  180  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000272068  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2546  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.64 
 
 
214 aa  180  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000131759  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2956  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.55 
 
 
215 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.502503  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5165  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.6 
 
 
218 aa  179  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.820799  normal  0.144066 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3462  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.33 
 
 
217 aa  178  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19888  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1451  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.62 
 
 
214 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00170053  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1772  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.79 
 
 
214 aa  177  8e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000685362  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.79 
 
 
214 aa  177  8e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000874228  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>