151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0518 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0518  hypothetical protein  100 
 
 		 347 aa  709    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0107  proline racemase  77.97 
 
 		 345 aa  551  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0118  Proline racemase  76.81 
 
 		 345 aa  546  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3225  proline racemase  57.52 
 
 		 348 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.821364 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4845  proline racemase  55.75 
 
 		 344 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  hitchhiker  0.00976207 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5268  proline racemase  57.06 
 
 		 348 aa  380  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1587  proline racemase  53.98 
 
 		 338 aa  366  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0972711  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1045  proline racemase  42.4 
 
 		 340 aa  278  1e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4137  hypothetical protein  41.28 
 
 		 344 aa  276  5e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.583896  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47970  hypothetical protein  40.64 
 
 		 344 aa  270  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.301488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1184  proline racemase  41.81 
 
 		 342 aa  267  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3861  proline racemase  40.41 
 
 		 342 aa  262  8e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.438551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3320  proline racemase  43.36 
 
 		 336 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7022  hypothetical protein  39.53 
 
 		 342 aa  259  5.0000000000000005e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.283298  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0439  proline racemase  39.77 
 
 		 343 aa  259  6e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.116124  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0337  proline racemase, putative  39.47 
 
 		 342 aa  256  3e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0353  putative proline racemase  39.47 
 
 		 342 aa  256  3e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.928096  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3201  proline racemase  38.66 
 
 		 341 aa  249  4e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0659896  normal  0.833754 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2641  proline racemase  37.13 
 
 		 342 aa  248  8e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.104062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2117  proline racemase  38.3 
 
 		 348 aa  241  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.231531 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1529  proline racemase  37.72 
 
 		 346 aa  235  9e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0477377  normal  0.266865 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0234  proline racemase  37.5 
 
 		 350 aa  234  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4722  proline racemase  41.32 
 
 		 333 aa  228  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4111  Proline racemase  38.58 
 
 		 333 aa  225  1e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.650339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3503  Proline racemase  40.77 
 
 		 333 aa  219  7e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31580  proline racemase  39.7 
 
 		 333 aa  215  9.999999999999999e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2259  proline racemase  37.28 
 
 		 337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0755409  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6004  4-hydroxyproline epimerase  38.39 
 
 		 333 aa  210  2e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.122381  normal  0.0460941 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5915  proline racemase  38.69 
 
 		 333 aa  211  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.314959  normal  0.070905 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2594  proline racemase  34.1 
 
 		 345 aa  204  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2559  proline racemase  34.1 
 
 		 345 aa  204  2e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.659192  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2637  proline racemase  33.81 
 
 		 345 aa  204  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.204601  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2447  putative proline racemase  33.62 
 
 		 345 aa  202  5e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2643  proline racemase  33.52 
 
 		 345 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2840  putative proline racemase  33.81 
 
 		 345 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000647776 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2834  proline racemase  33.52 
 
 		 345 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0589292  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2885  putative proline racemase  33.24 
 
 		 345 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2846  putative proline racemase  33.81 
 
 		 345 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0203289  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2251  proline racemase  34.02 
 
 		 335 aa  189  5.999999999999999e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2141  proline racemase  33.93 
 
 		 351 aa  189  5.999999999999999e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2339  proline racemase  32.43 
 
 		 361 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0994  proline racemase, putative  32.44 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0989  putative proline racemase  31.85 
 
 		 331 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.0492400000000001e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1082  putative proline racemase  32.14 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0853  proline racemase  32.34 
 
 		 331 aa  179  8e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0901  proline racemase  32.34 
 
 		 331 aa  179  8e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.699009  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0460  Proline racemase  31.94 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0799  proline racemase  31.85 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0802  proline racemase  31.95 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4388  putative proline racemase  31.25 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.208598  hitchhiker  1.6490700000000002e-24 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0943  putative proline racemase  31.55 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0120446  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2863  proline racemase, putative  34 
 
 		 312 aa  176  4e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0431348  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0642  proline racemase  33.04 
 
 		 351 aa  175  9.999999999999999e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180837 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4260  proline racemase  31.25 
 
 		 335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0800  proline racemase  31.25 
 
 		 334 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1690  proline racemase  31.45 
 
 		 335 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.420526  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5694  proline racemase  30.86 
 
 		 335 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4243  proline racemase  30.95 
 
 		 335 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000241278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1660  proline racemase  30.65 
 
 		 335 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000137069  normal  0.0715412 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0498  proline racemase  30.51 
 
 		 333 aa  169  5e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.745438  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1419  hydroxyproline-2-epimerase  33.53 
 
 		 332 aa  169  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0468879  normal  0.0760602 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3769  proline racemase  30.65 
 
 		 335 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00125754  normal  0.197113 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5994  proline racemase  31.45 
 
 		 335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4007  proline racemase  31.45 
 
 		 335 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4360  proline racemase  31.45 
 
 		 335 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.242399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1024  putative proline racemase  30.56 
 
 		 335 aa  166  8e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0744753 
 
 
-
 
NC_004310  BR1792  hydroxyproline-2-epimerase  31.19 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1726  hydroxyproline-2-epimerase  31.19 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.716077  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2058  proline racemase  30.95 
 
 		 365 aa  163  5.0000000000000005e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.272833 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4859  hydroxyproline-2-epimerase  32.54 
 
 		 334 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1478  4-hydroxyproline epimerase  30.91 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.857006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1111  hydroxyproline-2-epimerase  30.15 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.920734  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2361  proline racemase  29.61 
 
 		 346 aa  157  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000418015  normal  0.500055 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5572  hydroxyproline-2-epimerase  30.98 
 
 		 333 aa  156  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000335762  normal  0.0993584 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2065  hydroxyproline-2-epimerase  30.27 
 
 		 333 aa  156  6e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.012514  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0298  hydroxyproline-2-epimerase  30.15 
 
 		 332 aa  155  7e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.123258 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3344  proline racemase  29.46 
 
 		 335 aa  155  8e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0227164 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2317  Proline racemase  34.04 
 
 		 338 aa  155  9e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1532  putative proline racemase  30.33 
 
 		 346 aa  155  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000263181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003673  4-hydroxyproline epimerase  30.18 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5997  Proline racemase  30.9 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.720935  normal  0.0614805 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3863  hydroxyproline-2-epimerase  30.82 
 
 		 333 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.365358  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1453  putative proline racemase  30.91 
 
 		 355 aa  153  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.67245  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04640  proline racemase  31.23 
 
 		 343 aa  153  5e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.360002  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1763  proline racemase  28.88 
 
 		 346 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000615926  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4273  hydroxyproline-2-epimerase  30.36 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1530  hydroxyproline-2-epimerase  30.4 
 
 		 333 aa  147  3e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2363  hydroxyproline-2-epimerase  28.92 
 
 		 333 aa  147  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00996894  normal  0.484255 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1703  hydroxyproline-2-epimerase  28.83 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.129643  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1705  proline racemase  28.48 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.360365  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2823  hydroxyproline-2-epimerase  28.66 
 
 		 333 aa  143  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.252045  normal  0.582579 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3837  proline racemase  29.94 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3966  proline racemase  29.64 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1761  hydroxyproline-2-epimerase  27.74 
 
 		 333 aa  138  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000415144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5285  hydroxyproline-2-epimerase  28.92 
 
 		 332 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.103378  normal  0.295156 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3463  hydroxyproline-2-epimerase  30.36 
 
 		 308 aa  135  9e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0291 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1450  hydroxyproline-2-epimerase  28.72 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.273254  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2821  proline racemase  26.52 
 
 		 346 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4841  hydroxyproline-2-epimerase  27.69 
 
 		 332 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122801 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3228  hydroxyproline-2-epimerase  30.61 
 
 		 338 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.771447 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>