More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apre_1239 on replicon NC_013171
Organism: Anaerococcus prevotii DSM 20548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013171  Apre_1239  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
67 aa  139  1.9999999999999998e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.35 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.85 
 
 
66 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3615  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.28 
 
 
84 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00635954  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.25 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3185  cold-shock protein, DNA-binding  53.73 
 
 
92 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.937654  normal  0.149852 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2627  cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368791  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1463  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
66 aa  63.2  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.302037  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
68 aa  62.8  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  52.24 
 
 
66 aa  63.2  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  54.69 
 
 
66 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 
66 aa  63.2  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1492  cold-shock protein DNA-binding  54.69 
 
 
66 aa  63.2  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000192979  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28290  cold shock protein, CspD  48.48 
 
 
92 aa  62.8  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
66 aa  62.4  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  52.94 
 
 
311 aa  62.4  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0493  hypothetical protein  46.38 
 
 
77 aa  62.4  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0469  hypothetical protein  50.77 
 
 
77 aa  62.8  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 
68 aa  62.4  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1517  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.84 
 
 
65 aa  62.4  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
66 aa  62  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0555  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
66 aa  62  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705321  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4010  cold-shock protein CspD  48.48 
 
 
88 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0979489 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
66 aa  62  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  53.12 
 
 
66 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  53.12 
 
 
66 aa  62  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  48.53 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  53.12 
 
 
66 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  53.12 
 
 
66 aa  62  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  53.12 
 
 
66 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  48.53 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2395  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.06 
 
 
89 aa  62  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.80282  normal  0.0844989 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0384  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.53 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3186  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000014796  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  53.12 
 
 
66 aa  62  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  53.12 
 
 
66 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.53 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  53.12 
 
 
66 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30200  cold-shock protein CspD  50.77 
 
 
90 aa  62  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  54.69 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2585  cold shock domain-containing protein CspD  50.77 
 
 
90 aa  62  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.169981  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  50 
 
 
66 aa  61.2  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2223  cold-shock DNA-binding protein family  54.84 
 
 
65 aa  61.6  0.000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000339527  decreased coverage  1.60158e-22 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3414  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.69 
 
 
83 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0959818 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1817  cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 
66 aa  60.8  0.000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3355  cold shock domain family protein  49.25 
 
 
89 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196853  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
66 aa  60.8  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0972  CSD family cold shock protein  51.56 
 
 
77 aa  60.5  0.000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2895  cold shock-like protein CspD  44.93 
 
 
72 aa  60.5  0.000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00549014  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.85 
 
 
66 aa  60.5  0.000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0945  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
66 aa  60.8  0.000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000276652  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
66 aa  60.8  0.000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000200134  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.85 
 
 
66 aa  60.5  0.000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1823  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
88 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565643  normal  0.0615675 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1905  cold shock domain-contain protein  47.69 
 
 
66 aa  60.5  0.000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00000974395  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
68 aa  60.5  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2863  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  60.1  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104202  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1035  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.38 
 
 
67 aa  59.7  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000461706  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  52.31 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  52.31 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1032  cold shock protein  57.38 
 
 
67 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000608124  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  47.06 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0235  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
95 aa  60.1  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433921  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  52.31 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  52.31 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1057  hypothetical protein  53.12 
 
 
69 aa  59.7  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.85 
 
 
66 aa  59.7  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  51.61 
 
 
65 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1289  cold shock protein CspA  57.38 
 
 
67 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110281  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
66 aa  59.7  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
66 aa  59.7  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  55.74 
 
 
67 aa  59.7  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
66 aa  59.7  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  51.61 
 
 
65 aa  59.7  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.61 
 
 
65 aa  59.7  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4154  cold shock protein CspA  57.38 
 
 
67 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857883  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1584  cold-shock DNA-binding protein family  54.55 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000297873  unclonable  9.08249e-24 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  51.61 
 
 
65 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4519  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.76 
 
 
66 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.61 
 
 
65 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1185  cold shock protein CspA  57.38 
 
 
67 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00075847  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05490  putative cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
68 aa  59.3  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.94484e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.85 
 
 
66 aa  59.3  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  52.31 
 
 
66 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  52.31 
 
 
66 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  52.31 
 
 
66 aa  58.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  52.31 
 
 
66 aa  58.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
66 aa  59.3  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  52.24 
 
 
68 aa  58.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3679  cold shock protein CspB  51.61 
 
 
65 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.844549  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  52.31 
 
 
66 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  51.56 
 
 
66 aa  59.3  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1666  cold shock protein CspB  51.61 
 
 
65 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
65 aa  59.3  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
66 aa  58.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3733  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 
68 aa  58.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.613597  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
66 aa  59.3  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4749  cold-shock DNA-binding domain protein  49.21 
 
 
65 aa  58.9  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000498779  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>