More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5800 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_5800  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
469 aa  939    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.740165  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25170  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  75.05 
 
 
480 aa  690    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  66.59 
 
 
485 aa  597  1e-169  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000000125377  hitchhiker  0.0000111604 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1354  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  64.84 
 
 
507 aa  589  1e-167  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00027921 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1095  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  62.13 
 
 
473 aa  580  1e-164  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0866637 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3306  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  64.45 
 
 
484 aa  579  1e-164  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.434461  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4262  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  63.85 
 
 
479 aa  580  1e-164  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.132815  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1396  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  64.1 
 
 
507 aa  580  1e-164  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.718016 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2173  RNA modification enzyme, MiaB-family  63.44 
 
 
469 aa  564  1.0000000000000001e-159  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0795  hypothetical protein  61.52 
 
 
483 aa  555  1e-157  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2319  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  64.22 
 
 
480 aa  553  1e-156  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200937  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3939  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  62.87 
 
 
475 aa  551  1e-155  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0651  RNA modification enzyme, MiaB family  60.38 
 
 
480 aa  546  1e-154  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455802  normal  0.358579 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1484  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.76 
 
 
486 aa  543  1e-153  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0547  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  58.4 
 
 
474 aa  522  1e-147  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.028203  decreased coverage  0.00348537 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7848  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  57.53 
 
 
529 aa  523  1e-147  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.329972 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18000  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  55.69 
 
 
526 aa  520  1e-146  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0111281  normal  0.369508 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1499  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  58.15 
 
 
475 aa  517  1.0000000000000001e-145  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.549888  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3540  hypothetical protein  57.78 
 
 
523 aa  501  1e-140  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.223285 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1205  RNA modification protein  52.1 
 
 
595 aa  456  1e-127  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00267373  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.07 
 
 
487 aa  285  1.0000000000000001e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  38.58 
 
 
432 aa  284  2.0000000000000002e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.68 
 
 
442 aa  280  4e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.04 
 
 
444 aa  280  5e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  35.01 
 
 
504 aa  279  9e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.84 
 
 
446 aa  277  3e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.48 
 
 
446 aa  277  4e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  38.48 
 
 
466 aa  276  5e-73  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.19 
 
 
447 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  38.3 
 
 
472 aa  274  2.0000000000000002e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  33.99 
 
 
445 aa  274  2.0000000000000002e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.99 
 
 
445 aa  275  2.0000000000000002e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  38.33 
 
 
458 aa  272  1e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.14 
 
 
469 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.14 
 
 
469 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.33 
 
 
453 aa  269  8.999999999999999e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.1 
 
 
450 aa  268  2e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  38.2 
 
 
483 aa  267  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  34.83 
 
 
445 aa  266  5e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.88 
 
 
449 aa  266  5.999999999999999e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.03 
 
 
440 aa  265  1e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.13 
 
 
444 aa  264  2e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.2 
 
 
470 aa  265  2e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.03 
 
 
436 aa  265  2e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.71 
 
 
430 aa  261  2e-68  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  34.65 
 
 
440 aa  261  3e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.86 
 
 
450 aa  259  9e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.67 
 
 
430 aa  258  1e-67  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  35.76 
 
 
462 aa  258  2e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.75 
 
 
430 aa  258  2e-67  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.19 
 
 
450 aa  257  3e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0435  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.61 
 
 
436 aa  257  4e-67  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.73 
 
 
438 aa  256  6e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.4 
 
 
448 aa  256  8e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.76 
 
 
448 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.67 
 
 
442 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  35.57 
 
 
450 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.46 
 
 
440 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  33.63 
 
 
440 aa  254  3e-66  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.68 
 
 
440 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.97 
 
 
448 aa  253  6e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.26 
 
 
437 aa  252  1e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.55 
 
 
444 aa  249  1e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.2 
 
 
442 aa  249  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.52 
 
 
486 aa  248  1e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.76 
 
 
441 aa  248  2e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.55 
 
 
437 aa  247  3e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  30.57 
 
 
439 aa  247  3e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.61 
 
 
471 aa  245  9.999999999999999e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.12 
 
 
436 aa  245  9.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.97 
 
 
470 aa  244  1.9999999999999999e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  32.34 
 
 
441 aa  244  3e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.34 
 
 
441 aa  244  3e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.34 
 
 
441 aa  244  3e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.34 
 
 
441 aa  244  3e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  32.34 
 
 
441 aa  244  3e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.34 
 
 
441 aa  244  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.34 
 
 
441 aa  244  3e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.34 
 
 
441 aa  244  3e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.34 
 
 
441 aa  244  3e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  31.55 
 
 
454 aa  243  3.9999999999999997e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.37 
 
 
433 aa  243  6e-63  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.77 
 
 
441 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.48 
 
 
435 aa  241  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.71 
 
 
472 aa  242  1e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  34.14 
 
 
452 aa  242  1e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.77 
 
 
441 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.77 
 
 
441 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.77 
 
 
441 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07500  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  33.63 
 
 
477 aa  241  2e-62  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0247514  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  30.75 
 
 
471 aa  241  2e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1585  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.48 
 
 
444 aa  241  2.9999999999999997e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.678841  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4276  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.63 
 
 
449 aa  239  5.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.55 
 
 
441 aa  239  5.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2303  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.98 
 
 
467 aa  239  5.999999999999999e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.941264  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1606  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.19 
 
 
456 aa  239  5.999999999999999e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.132217 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4336  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.63 
 
 
449 aa  239  9e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.412924 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.56 
 
 
463 aa  238  1e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0160  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.02 
 
 
401 aa  238  2e-61  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1834  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.54 
 
 
473 aa  238  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044841  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>