116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_R0048 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008009  Acid345_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0003  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0982572  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0049  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0003  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0049  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.710241  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0029  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0695798 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0007  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000441599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 96 bp  48.1  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0065  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.10378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0072  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0637954 
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.110057  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-5  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0045  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000150485  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0038  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0051  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  83.87 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0008  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0008  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.183333  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna9  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.475347  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0047  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00947013  normal  0.245138 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2302  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0031267  hitchhiker  2.33425e-18 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>