48 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Slin_0005  CDS  NC_013730  4301  6628  2328  polymorphic outer membrane protein  YP_003384878  unclonable  7.10623e-08  normal  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0162  CDS  NC_013730  202290  202601  312  FeS assembly SUF system protein  YP_003385027  hitchhiker  7.79531e-05  unclonable  7.25464e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0163  CDS  NC_013730  202675  203118  444  Fe-S metabolism associated SufE  YP_003385028  hitchhiker  3.42799e-09  unclonable  8.26296e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0164  CDS  NC_013730  203172  203459  288  plasmid stabilization system  YP_003385029  unclonable  9.11041e-11  unclonable  6.83121e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0165  CDS  NC_013730  203444  203647  204  hypothetical protein  YP_003385030  hitchhiker  1.53136e-09  unclonable  5.76244e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0166  CDS  NC_013730  203659  204897  1239  cysteine desulfurase, SufS subfamily  YP_003385031  hitchhiker  3.85676e-08  unclonable  1.52095e-15  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0341  CDS  NC_013730  435587  436165  579  protein of unknown function DUF820  YP_003385204  unclonable  5.74884e-11  normal  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0523  CDS  NC_013730  643711  644406  696  DNA repair protein RadC  YP_003385386  unclonable  2.15475e-10  normal  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0524  CDS  NC_013730  644559  644825  267  ribosomal protein S20  YP_003385387  unclonable  4.52156e-11  normal  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0525  CDS  NC_013730  644930  645328  399  Stress responsive alpha-beta barrel domain protein  YP_003385388  unclonable  6.10518e-11  normal  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0526  CDS  NC_013730  645432  646496  1065  hypothetical protein  YP_003385389  unclonable  5.20001e-10  normal  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0961  CDS  NC_013730  1167844  1170033  2190  hypothetical protein  YP_003385811  unclonable  4.66384e-08  normal  0.0803995  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_0962  CDS  NC_013730  1170301  1173483  3183  TonB-dependent receptor plug  YP_003385812  unclonable  1.04088e-06  decreased coverage  0.00653561  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_1020  CDS  NC_013730  1234963  1238076  3114  acriflavin resistance protein  YP_003385870  unclonable  1.09455e-06  normal  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_1765  CDS  NC_013730  2127741  2128790  1050  hypothetical protein  YP_003386609  unclonable  4.99471e-10  normal  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_1982  CDS  NC_013730  2392453  2393106  654  hypothetical protein  YP_003386826  unclonable  1.96874e-10  normal  0.0213988  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_2108  CDS  NC_013730  2549102  2551054  1953  glycoside hydrolase family 43  YP_003386942  unclonable  1.41623e-08  normal  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_2329  CDS  NC_013730  2812470  2813501  1032  glycoside hydrolase family 43  YP_003387149  unclonable  7.53035e-10  normal  0.46134  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_2454  CDS  NC_013730  2960841  2963915  3075  TonB-dependent receptor plug  YP_003387273  unclonable  5.21114e-07  normal  0.729289  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_2652  CDS  NC_013730  3213038  3213889  852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  YP_003387467  unclonable  2.02898e-10  normal  0.140843  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_2703  CDS  NC_013730  3269838  3271964  2127  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  YP_003387518  unclonable  2.97127e-08  normal  0.375768  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_2741  CDS  NC_013730  3314617  3315684  1068  protein of unknown function UPF0118  YP_003387555  unclonable  3.51921e-10  hitchhiker  7.42293e-08  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3202  CDS  NC_013730  3878728  3880692  1965  Peptidoglycan glycosyltransferase  YP_003388012  unclonable  1.59747e-08  normal  0.0376991  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3203  CDS  NC_013730  3880852  3881880  1029  Gluconolactonase  YP_003388013  unclonable  4.99471e-10  normal  0.0664267  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3696  CDS  NC_013730  4455865  4456101  237  hypothetical protein  YP_003388497  unclonable  3.73862e-11  hitchhiker  1.50078e-05  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3697  CDS  NC_013730  4456342  4457004  663  hypothetical protein  YP_003388498  unclonable  1.54802e-10  hitchhiker  1.96583e-05  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3701  CDS  NC_013730  4462661  4465105  2445  protein of unknown function DUF214  YP_003388502  hitchhiker  7.85399e-05  unclonable  2.50396e-14  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3702  CDS  NC_013730  4465262  4465666  405  hypothetical protein  YP_003388503  decreased coverage  1.80279e-09  unclonable  3.8565e-15  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3703  CDS  NC_013730  4465675  4466148  474  RES domain protein  YP_003388504  unclonable  9.0185e-11  unclonable  3.41993e-15  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3801  CDS  NC_013730  4568471  4571983  3513  Ig family protein  YP_003388593  unclonable  2.69985e-06  normal  0.432666  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_3972  CDS  NC_013730  4770633  4772420  1788  hypothetical protein  YP_003388761  unclonable  6.48751e-09  normal  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4000  CDS  NC_013730  4811911  4812273  363  ferredoxin-like protein  YP_003388789  normal  unclonable  7.76711e-15  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4001  CDS  NC_013730  4812338  4812979  642  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  YP_003388790  normal  0.389622  unclonable  1.10236e-14  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4002  CDS  NC_013730  4813088  4814545  1458  oxidoreductase domain protein  YP_003388791  normal  0.725153  unclonable  2.0909e-14  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4122  CDS  NC_013730  4969329  4970054  726  hypothetical protein  YP_003388908  unclonable  2.243e-10  decreased coverage  9.77618e-06  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4371  CDS  NC_013730  5301145  5302830  1686  cell surface receptor IPT/TIG domain protein  YP_003389151  unclonable  4.5691e-09  normal  0.581959  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4643  CDS  NC_013730  5654750  5655835  1086  OmpA/MotB domain protein  YP_003389420  unclonable  8.15983e-10  normal  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4743  CDS  NC_013730  5777950  5778783  834  ribosomal protein S2  YP_003389520  unclonable  2.26587e-10  normal  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4846  CDS  NC_013730  5899137  5899829  693  hypothetical protein  YP_003389623  unclonable  2.31197e-10  normal  0.624648  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4860  CDS  NC_013730  5918181  5918942  762  hypothetical protein  YP_003389637  unclonable  5.63389e-10  normal  0.686099  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4938  CDS  NC_013730  6014670  6018062  3393  preprotein translocase, SecA subunit  YP_003389715  unclonable  1.92031e-06  normal  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_4968  CDS  NC_013730  6053577  6054197  621  protein of unknown function DUF820  YP_003389745  unclonable  1.67718e-10  unclonable  3.31839e-15  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_5066  CDS  NC_013730  6189913  6192918  3006  TonB-dependent receptor plug  YP_003389840  unclonable  7.78295e-07  normal  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_5254  CDS  NC_013730  6406134  6407645  1512  peptidase S41  YP_003390024  unclonable  4.38932e-09  normal  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_5412  CDS  NC_013730  6582394  6583167  774  hypothetical protein  YP_003390178  unclonable  1.78114e-10  normal  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_5895  CDS  NC_013730  7139979  7141205  1227  nuclease SbcCD, D subunit  YP_003390657  unclonable  8.40952e-10  normal  0.0299962  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_6716  CDS  NC_013731  76852  76992  141  hypothetical protein  YP_003391471  unclonable  5.93591e-12  normal  0.465298  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Slin_R0011  tRNA  NC_013730  2393386  2393462  77  tRNA-Met    unclonable  2.97005e-11  normal  0.027771  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>