154 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
MADE_00001  CDS  NC_011138  552  689  138  hypothetical protein  YP_002124315  unclonable  2.37124e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00002  CDS  NC_011138  759  2360  1602  Chromosomal replication initiator protein dnaA  YP_002124316  unclonable  9.17685e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00003  CDS  NC_011138  2393  3493  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_002124317  unclonable  1.12219e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00004  CDS  NC_011138  3509  3622  114  hypothetical protein  YP_002124318  unclonable  1.66614e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00005  CDS  NC_011138  3691  4707  1017  Recombinational DNA repair ATPase  YP_002124319  unclonable  5.71812e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00006  CDS  NC_011138  4716  7136  2421  DNA gyrase subunit B  YP_002124320  unclonable  0.00261354  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00264  CDS  NC_011138  284644  285687  1044  rod shape-determining protein MreB  YP_002124576  unclonable  1.19217e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00510  CDS  NC_011138  541214  541729  516  shikimate kinase I  YP_002124822  unclonable  7.02686e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00628  CDS  NC_011138  652463  653179  717  ISGsu4, transposase  YP_002124940  unclonable  1.55742e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00629  CDS  NC_011138  653202  653588  387  PilT protein domain protein  YP_002124941  unclonable  3.65497e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00637  CDS  NC_011138  660900  661181  282  hypothetical protein  YP_002124949  unclonable  3.04918e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00742  CDS  NC_011138  778347  780968  2622  phosphoenolpyruvate carboxylase  YP_002125050  unclonable  0.00719358  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00938  CDS  NC_011138  988600  989310  711  transcriptional regulatory protein CpxR  YP_002125246  unclonable  2.68904e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00946  CDS  NC_011138  995138  996115  978  hypothetical protein  YP_002125254  unclonable  6.45677e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00947  CDS  NC_011138  996118  996831  714  Signal transduction histidine kinase  YP_002125255  unclonable  2.06574e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00993  CDS  NC_011138  1039557  1039997  441  transposase  YP_002125301  unclonable  4.12297e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00994  CDS  NC_011138  1040124  1040522  399  DNA-binding protein, H-NS family  YP_002125302  unclonable  2.72824e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01003  CDS  NC_011138  1052307  1054583  2277  TonB-dependent receptor  YP_002125311  unclonable  0.000984291  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01016  CDS  NC_011138  1070459  1070962  504  hypothetical protein  YP_002125324  unclonable  4.51344e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01017  CDS  NC_011138  1071033  1071149  117  hypothetical protein  YP_002125325  unclonable  1.09262e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01089  CDS  NC_011138  1153749  1153988  240  hypothetical protein  YP_002125397  unclonable  5.09385e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01208  CDS  NC_011138  1292339  1292950  612  dedD protein  YP_002125516  unclonable  6.22771e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01209  CDS  NC_011138  1293927  1294523  597  bacteriocin production protein  YP_002125517  unclonable  7.02686e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01210  CDS  NC_011138  1294910  1295761  852  site-specific recombinase, resolvase family protein  YP_002125518  unclonable  1.82945e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01283  CDS  NC_011138  1375465  1376712  1248  transposase  YP_002125591  unclonable  1.22879e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01369  CDS  NC_011138  1466581  1466778  198  hypothetical protein  YP_002125677  unclonable  1.23282e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01370  CDS  NC_011138  1466833  1467762  930  uridylyltransferase  YP_002125678  unclonable  3.45793e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01371  CDS  NC_011138  1468033  1468827  795  methionine aminopeptidase; contains a divalent metal, usually cobalt  YP_002125679  unclonable  1.90504e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01372  CDS  NC_011138  1469376  1470029  654  ribosomal protein S2  YP_002125680  unclonable  1.33785e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01418  CDS  NC_011138  1516974  1518350  1377  Transposase Tn3  YP_002125723  unclonable  1.73243e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01638  CDS  NC_011138  1761322  1761966  645  arginyl-tRNA-protein transferase  YP_002125936  unclonable  1.19762e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01652  CDS  NC_011138  1773299  1774483  1185  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  YP_002125950  unclonable  1.84002e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01659  CDS  NC_011138  1779429  1779746  318  iojap domain protein  YP_002125957  unclonable  5.04193e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01660  CDS  NC_011138  1779764  1780456  693  Nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase  YP_002125958  unclonable  2.40419e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01661  CDS  NC_011138  1780470  1781432  963  putative DNA polymerase III, delta subunit, probably ATP hydrolase  YP_002125959  unclonable  5.16884e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01662  CDS  NC_011138  1781470  1782897  1428  cell division protein FtsH  YP_002125960  unclonable  4.30091e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01673  CDS  NC_011138  1793304  1793882  579  Gamma-glutamyl phosphate reductase  YP_002125971  unclonable  1.62178e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01729  CDS  NC_011138  1854457  1854897  441  Holliday junction resolvase  YP_002126027  unclonable  1.2224e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01812  CDS  NC_011138  1947194  1947670  477  transcriptional regulator, MarR family protein  YP_002126110  unclonable  1.02979e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01813  CDS  NC_011138  1947703  1949673  1971  Choline-glycine betaine transporter  YP_002126111  unclonable  0.000594064  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01814  CDS  NC_011138  1950254  1951201  948  MscS Mechanosensitive ion channel  YP_002126112  unclonable  7.81562e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01815  CDS  NC_011138  1951248  1951802  555  restriction endonuclease  YP_002126113  unclonable  1.33785e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01849  CDS  NC_011138  1979159  1980757  1599  putative cell division protein ZipA  YP_002126147  unclonable  7.20227e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01958  CDS  NC_011138  2112540  2114414  1875  Serine/threonine protein kinase  YP_002126256  unclonable  0.000150408  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01959  CDS  NC_011138  2114407  2115273  867  Acyl-CoA thioesterase II  YP_002126257  unclonable  3.06387e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01960  CDS  NC_011138  2115421  2116842  1422  amidophosphoribosyltransferase  YP_002126258  unclonable  3.44286e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01991  CDS  NC_011138  2151139  2151288  150  hypothetical protein  YP_002126289  unclonable  4.12297e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01992  CDS  NC_011138  2151388  2152218  831  short chain dehydrogenase  YP_002126290  unclonable  6.20206e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01993  CDS  NC_011138  2152400  2153542  1143  predicted aminoglycoside phosphotransferase  YP_002126291  unclonable  1.91703e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01994  CDS  NC_011138  2153599  2153991  393  short chain dehydrogenase  YP_002126292  unclonable  9.79327e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02007  CDS  NC_011138  2166994  2168361  1368  hypothetical protein  YP_002126305  unclonable  4.21467e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02013  CDS  NC_011138  2178856  2180292  1437  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  YP_002126311  unclonable  6.64179e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02086  CDS  NC_011138  2253251  2254885  1635  excinuclease ABC subunit C  YP_002126382  unclonable  8.99057e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02093  CDS  NC_011138  2261659  2262324  666  P3 protein  YP_002126389  unclonable  2.356e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02104  CDS  NC_011138  2272109  2272480  372  sulfur relay protein TusB/DsrE  YP_002126398  unclonable  5.25154e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02113  CDS  NC_011138  2280215  2280622  408  ATPase, AAA family protein  YP_002126407  unclonable  5.14629e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02114  CDS  NC_011138  2280607  2281578  972  Alanine dehydrogenase A  YP_002126408  unclonable  5.32758e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02116  CDS  NC_011138  2282512  2285007  2496  cell division protein FtsK  YP_002126410  unclonable  0.00337191  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02117  CDS  NC_011138  2285030  2285728  699  orotidine 5-phosphate decarboxylase  YP_002126411  unclonable  1.84829e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02118  CDS  NC_011138  2285735  2286904  1170  tetratricopeptide repeat protein  YP_002126412  unclonable  1.28021e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02119  CDS  NC_011138  2286904  2287053  150  hypothetical protein  YP_002126413  unclonable  1.99811e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02120  CDS  NC_011138  2287056  2288570  1515  30S ribosomal subunit protein S1  YP_002126414  unclonable  6.18962e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02121  CDS  NC_011138  2288557  2288733  177  phosphoserine aminotransferase  YP_002126415  unclonable  2.98663e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02217  CDS  NC_011138  2377861  2378109  249  putative sodium/calcium exchange protein  YP_002126507  unclonable  2.95619e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02310  CDS  NC_011138  2495609  2496448  840  glutamyl-tRNA synthetase  YP_002126600  unclonable  3.71048e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02311  CDS  NC_011138  2496439  2496960  522  hypothetical protein  YP_002126601  unclonable  1.19762e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02324  CDS  NC_011138  2509020  2510840  1821  zinc-dependent metallopeptidase  YP_002126614  unclonable  0.000183943  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02334  CDS  NC_011138  2521352  2522164  813  fatty acid/phospholipid synthesis protein  YP_002126624  unclonable  1.43732e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02335  CDS  NC_011138  2522210  2522380  171  50S ribosomal protein L32  YP_002126625  unclonable  8.4206e-08  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02358  CDS  NC_011138  2547750  2548478  729  ABC transporter ATP-binding subunit  YP_002126648  unclonable  1.06167e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02359  CDS  NC_011138  2548587  2548805  219  translation initiation factor IF-1  YP_002126649  unclonable  1.47738e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02360  CDS  NC_011138  2548986  2550056  1071  ATP-dependent specificity subunit of clpA-clpP serine protease  YP_002126650  unclonable  4.81701e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02386  CDS  NC_011138  2574653  2577313  2661  TonB-dependent receptor  YP_002126676  unclonable  0.00704542  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02502  CDS  NC_011138  2717572  2720001  2430  TonB-dependent receptor  YP_002126792  unclonable  0.00256111  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02539  CDS  NC_011138  2761057  2762421  1365  homogentisate 1,2-dioxygenase  YP_002126829  unclonable  3.65945e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02540  CDS  NC_011138  2762533  2762898  366  glyoxalase family protein  YP_002126830  unclonable  8.94381e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02541  CDS  NC_011138  2763121  2764194  1074  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  YP_002126831  unclonable  1.29405e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02542  CDS  NC_011138  2764402  2764605  204  hypothetical protein  YP_002126832  unclonable  2.32373e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02562  CDS  NC_011138  2786372  2788459  2088  elongation factor G  YP_002126852  unclonable  0.000812277  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02574  CDS  NC_011138  2797484  2798311  828  glutamyl-tRNA reductase  YP_002126864  unclonable  2.30878e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02575  CDS  NC_011138  2798324  2798599  276  outer membrane lipoprotein LolB precursor  YP_002126865  unclonable  3.04918e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02576  CDS  NC_011138  2798587  2799504  918  4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase  YP_002126866  unclonable  4.57981e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02584  CDS  NC_011138  2805979  2806776  798  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin-type  YP_002126874  unclonable  2.23944e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02585  CDS  NC_011138  2806758  2807186  429  polysaccharide biosynthesis protein  YP_002126875  unclonable  4.89173e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02681  CDS  NC_011138  2914159  2915196  1038  quinolinate synthetase  YP_002126971  unclonable  7.4326e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02682  CDS  NC_011138  2916270  2916800  531  Tetratricopeptide TPR_2  YP_002126972  unclonable  1.13893e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02683  CDS  NC_011138  2916811  2917395  585  peptidoglycan-associated lipoprotein  YP_002126973  unclonable  1.40818e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02689  CDS  NC_011138  2921594  2921716  123  hypothetical protein  YP_002126979  unclonable  1.37683e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02690  CDS  NC_011138  2921731  2922735  1005  Holliday junction DNA helicase RuvB  YP_002126980  unclonable  5.54774e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02691  CDS  NC_011138  2922804  2923424  621  Holliday junction DNA helicase motor protein  YP_002126981  unclonable  9.21844e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02692  CDS  NC_011138  2923494  2924678  1185  hypothetical protein  YP_002126982  unclonable  1.30738e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02814  CDS  NC_011138  3061363  3061719  357  TonB system biopolymer transport component  YP_002127104  unclonable  4.00014e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02820  CDS  NC_011138  3067186  3069993  2808  TonB-dependent receptor  YP_002127110  unclonable  0.00655846  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02961  CDS  NC_011138  3207551  3208330  780  putative transposase  YP_002127251  unclonable  2.74404e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02983  CDS  NC_011138  3234376  3236805  2430  ATP-dependent protease La  YP_002127273  unclonable  0.00208912  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02986  CDS  NC_011138  3238455  3238904  450  transcriptional regulator NrdR  YP_002127276  unclonable  7.84776e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03004  CDS  NC_011138  3257997  3258578  582  sigma E factor negative regulatory protein  YP_002127294  unclonable  1.04039e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03005  CDS  NC_011138  3258678  3258890  213  RNA polymerase sigma-70 factor  YP_002127295  unclonable  1.86168e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03014  CDS  NC_011138  3264731  3265069  339  GlnB  YP_002127302  unclonable  3.37232e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03033  CDS  NC_011138  3285078  3285236  159  30S ribosomal protein S20  YP_002127321  unclonable  1.7696e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>