More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02386 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_02386  TonB-dependent receptor  100 
 
 
886 aa  1793    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00704542  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0767  TonB-dependent receptor  68.95 
 
 
883 aa  1233    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000108797  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2650  TonB-dependent receptor, plug  36.38 
 
 
846 aa  488  1e-136  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3941  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 
792 aa  314  3.9999999999999997e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.78272 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0535  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 
808 aa  303  9e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1676  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 
875 aa  294  5e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.233734  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3168  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 
795 aa  271  4e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.43685  normal  0.501895 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3036  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 
904 aa  244  7e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.637497  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0939  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 
763 aa  204  7e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.549215  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0149  TonB-dependent receptor  25 
 
 
802 aa  196  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0289902  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2612  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 
807 aa  189  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03169  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 
797 aa  183  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0023848  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  27.38 
 
 
802 aa  179  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2328  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 
786 aa  176  9.999999999999999e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4751  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 
795 aa  173  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0405819 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2226  TonB-dependent receptor, plug  24.86 
 
 
785 aa  171  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4206  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 
752 aa  160  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.315685 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5246  TonB-dependent receptor  24.45 
 
 
762 aa  148  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.751713 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1053  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 
791 aa  141  7e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1810  TonB-dependent receptor  22.81 
 
 
862 aa  134  5e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1912  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 
969 aa  132  4.0000000000000003e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0931  TonB-dependent receptor  39.15 
 
 
747 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.171223  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0921  TonB-dependent receptor, plug  24.25 
 
 
889 aa  130  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2646  TonB-dependent receptor plug  38.03 
 
 
771 aa  126  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.994259 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4173  TonB-dependent receptor  23.83 
 
 
763 aa  125  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.000000000121747  normal  0.086797 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3795  TonB-dependent receptor  23.23 
 
 
880 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0613  TonB-dependent receptor  23.01 
 
 
808 aa  122  3e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234778  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2580  TonB-dependent receptor  32.18 
 
 
806 aa  122  3e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.531005  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0686  TonB-dependent receptor  35.27 
 
 
777 aa  120  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1463  TonB-dependent receptor, plug  38.24 
 
 
822 aa  120  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.0000224426  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  23.16 
 
 
755 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0838  TonB-dependent receptor  22.83 
 
 
784 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.543074 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2647  TonB-dependent receptor  23.21 
 
 
847 aa  119  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.492144  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2368  TonB-dependent receptor  36.08 
 
 
712 aa  120  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59256  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  23.49 
 
 
794 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4302  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 
742 aa  118  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  23.72 
 
 
783 aa  114  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4611  TonB-dependent receptor, plug  33.65 
 
 
784 aa  113  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4008  TonB-dependent receptor plug  34.45 
 
 
365 aa  110  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.139697  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0714  TonB-dependent receptor  37.24 
 
 
780 aa  110  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.116243  decreased coverage  0.000166351 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1673  TonB-dependent receptor  34.77 
 
 
757 aa  110  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1077  TonB-dependent receptor, plug  34.69 
 
 
856 aa  109  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.175922 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3241  TonB-dependent receptor  36.73 
 
 
780 aa  108  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188368  normal  0.014911 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2711  TonB-dependent receptor  36.87 
 
 
766 aa  107  8e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.918859  normal  0.60729 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2060  TonB-dependent receptor  36.22 
 
 
781 aa  107  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437498  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4738  TonB-dependent receptor  36.45 
 
 
756 aa  105  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1081  TonB-dependent receptor  30.48 
 
 
734 aa  105  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4347  TonB-dependent receptor  34.29 
 
 
795 aa  104  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  30.74 
 
 
729 aa  104  9e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1559  TonB-dependent receptor  23.01 
 
 
730 aa  104  9e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.224366  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4348  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 
755 aa  103  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2215  TonB-dependent receptor  35.82 
 
 
971 aa  103  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.169336  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0680  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 
753 aa  103  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915685  normal  0.983563 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  33.04 
 
 
792 aa  101  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  36.36 
 
 
783 aa  101  8e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6222  TonB-dependent receptor  34.76 
 
 
797 aa  101  8e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0886  TonB-dependent receptor  34.9 
 
 
806 aa  100  9e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.0016588  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2426  TonB-dependent receptor plug  31.14 
 
 
804 aa  100  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.812429  normal  0.91606 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03469  Outer membrane protein  22.46 
 
 
760 aa  100  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  33 
 
 
803 aa  100  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  34.3 
 
 
767 aa  99.8  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3901  TonB-dependent receptor, plug  34.92 
 
 
797 aa  99.8  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4332  TonB-dependent receptor  32.11 
 
 
779 aa  100  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1502  TonB-dependent receptor, plug  34.21 
 
 
801 aa  100  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1633  TonB-dependent receptor, plug  23.46 
 
 
906 aa  100  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.257863  normal  0.346647 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  32.45 
 
 
809 aa  99.8  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  34.69 
 
 
776 aa  98.6  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2319  TonB-dependent receptor  31.55 
 
 
765 aa  98.6  5e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000203975  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  37.67 
 
 
761 aa  98.2  6e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  33.67 
 
 
800 aa  97.8  7e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  33.67 
 
 
800 aa  97.8  7e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  35.87 
 
 
731 aa  97.8  8e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  33.05 
 
 
790 aa  97.8  8e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  42.86 
 
 
730 aa  97.4  9e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1977  TonB-dependent receptor  36.52 
 
 
769 aa  97.1  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  35.47 
 
 
790 aa  97.1  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  34.8 
 
 
778 aa  97.4  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  34.6 
 
 
778 aa  97.1  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  31.34 
 
 
780 aa  96.7  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  34.54 
 
 
783 aa  96.3  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2998  helix-turn-helix, AraC type  32.23 
 
 
797 aa  95.9  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000224907 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  41.96 
 
 
803 aa  95.5  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1688  TonB-dependent receptor  34.62 
 
 
774 aa  95.5  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0155  TonB-dependent receptor  36.14 
 
 
774 aa  94.7  7e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214646  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2405  TonB-dependent receptor, plug  32.18 
 
 
786 aa  94.4  8e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0816065  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3471  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 
788 aa  94.4  9e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.104245  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  35.6 
 
 
753 aa  94.4  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  38.41 
 
 
751 aa  94  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  38.26 
 
 
687 aa  94  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  37.57 
 
 
780 aa  93.6  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3453  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 
856 aa  93.6  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0426513  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1810  TonB-dependent receptor  35.35 
 
 
770 aa  93.6  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1115  TonB-dependent receptor, plug  34.33 
 
 
839 aa  93.2  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.339476  normal  0.267741 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4276  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 
798 aa  92.4  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  31.72 
 
 
734 aa  92.8  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  32.11 
 
 
787 aa  92.4  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2383  TonB-dependent receptor  32.2 
 
 
926 aa  92.4  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  31.92 
 
 
764 aa  92  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3243  TonB-dependent receptor  33.62 
 
 
785 aa  92  5e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.738407 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  32.51 
 
 
786 aa  91.7  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>