91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3871 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_4262  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  93.65 
 
 
362 aa  650  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233788 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3871  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  100 
 
 
362 aa  693  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.323432  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2720  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  56.68 
 
 
368 aa  366  1e-100  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.210642 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0793  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  58.68 
 
 
383 aa  363  3e-99  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.649128  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5922  Uroporphyrinogen-III synthase-like protein  56.91 
 
 
389 aa  359  5e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0915623  normal  0.0919141 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0840  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  58.82 
 
 
381 aa  357  2e-97  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  1.57223e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2178  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  57.22 
 
 
391 aa  355  8e-97  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000567169  hitchhiker  5.62153e-06 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2410  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  55.47 
 
 
390 aa  353  2e-96  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  1.87789e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3043  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  58.17 
 
 
376 aa  350  3e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.178966  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10264  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  51.5 
 
 
381 aa  327  1e-88  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.122536 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0253  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  53.68 
 
 
382 aa  326  3e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.518626 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1377  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  53.97 
 
 
378 aa  325  7e-88  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.855752  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1494  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  53.3 
 
 
383 aa  325  9e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.074261 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0263  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  53.41 
 
 
382 aa  324  2e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.169391  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0273  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  53.41 
 
 
382 aa  324  2e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.92823  normal  0.27348 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0380  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  53.68 
 
 
380 aa  313  4e-84  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00848915 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3505  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  51.64 
 
 
377 aa  311  1e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0781681  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0301  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  52.59 
 
 
380 aa  306  4e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1325  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  52.63 
 
 
387 aa  303  2e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.112832  normal  0.21583 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00840  uroporphyrinogen-III synthase  48.76 
 
 
377 aa  301  1e-80  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0880377  normal  0.206146 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6178  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  50.27 
 
 
391 aa  298  1e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.677803  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0354  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  51.51 
 
 
372 aa  287  2e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2796  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  49.04 
 
 
381 aa  269  6e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0507836  decreased coverage  0.000543328 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1813  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  48.89 
 
 
394 aa  267  2e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0320621  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2282  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  45.03 
 
 
419 aa  248  8e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  2.32035e-05  hitchhiker  0.00399846 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1742  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  47.43 
 
 
435 aa  245  1e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.849504 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1775  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  46.54 
 
 
369 aa  228  2e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.488954  normal  0.025641 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1256  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  41.94 
 
 
387 aa  225  1e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1303  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  41.67 
 
 
387 aa  219  4e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.92794e-08 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2199  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  35.07 
 
 
372 aa  206  6e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.116124  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2640  uroporphyrinogen-III synthase  32.31 
 
 
264 aa  114  2e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1526  uroporphyrinogen-III synthase  30.89 
 
 
266 aa  111  2e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  6.0174e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0052  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.82 
 
 
261 aa  101  2e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.853888  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2288  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.7 
 
 
291 aa  96.3  8e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.130767  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2335  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.03 
 
 
271 aa  88.6  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1707  uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.24 
 
 
281 aa  85.5  1e-15  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.752477 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0672  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.2 
 
 
284 aa  70.1  6e-11  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00947107 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1109  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.8 
 
 
284 aa  67.8  2e-10  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4165  uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.82 
 
 
280 aa  66.2  7e-10  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2963  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.96 
 
 
269 aa  63.5  5e-09  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1341  Uroporphyrinogen-III synthase  26.5 
 
 
266 aa  63.5  6e-09  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5710  putative uroporphyrinogen-III synthase  29.27 
 
 
277 aa  62.8  9e-09  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3062  uroporphyrinogen-III methylase  30.67 
 
 
513 aa  59.7  7e-08  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1792  uroporphyrinogen-III synthase  24.12 
 
 
263 aa  59.7  8e-08  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.156972  normal  0.974342 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2393  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.51 
 
 
277 aa  55.5  1e-06  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2837  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  26.35 
 
 
503 aa  53.5  5e-06  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.452302  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4563  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.06 
 
 
281 aa  52.4  1e-05  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20438  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
330 aa  52  2e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2767  uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.95 
 
 
503 aa  51.2  2e-05  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3235  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  28.11 
 
 
513 aa  50.8  3e-05  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0761379  normal  0.140873 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.35 
 
 
231 aa  50.4  4e-05  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1258  uroporphyrin-III C-methyltransferase  35.09 
 
 
508 aa  49.3  9e-05  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323904  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0501  Uroporphyrinogen-III synthase  27.73 
 
 
276 aa  48.1  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.90734e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3677  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.71 
 
 
255 aa  47.8  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2236  uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.08 
 
 
503 aa  47.8  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3549  uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.44 
 
 
266 aa  47.8  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2491  uroporphyrinogen-III synthase  34.65 
 
 
264 aa  47  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.39329  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3374  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.13 
 
 
509 aa  47  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1576  uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.34 
 
 
281 aa  46.6  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.650234 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3485  two component transcriptional regulator  33.04 
 
 
236 aa  46.6  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1028  uroporphyrin-III C-methyltransferase  24.27 
 
 
505 aa  46.6  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1057  uroporphyrin-III C-methyltransferase  24.27 
 
 
505 aa  46.6  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00681167 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  29.03 
 
 
762 aa  45.4  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  8.09247e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2562  uroporphyrinogen-III synthase  26.83 
 
 
272 aa  45.8  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.267194  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0065  uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.82 
 
 
569 aa  45.8  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.255039  normal  0.829091 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1376  uroporphyrinogen III synthase HEM4  36.97 
 
 
258 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.95913  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1977  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrinogen-III synthase  28.95 
 
 
513 aa  44.7  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0017868  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3325  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  22.27 
 
 
512 aa  45.4  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0691  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  32.82 
 
 
554 aa  45.1  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.212228 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0846  uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.82 
 
 
571 aa  44.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.75971  normal  0.92956 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0671  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  32.82 
 
 
554 aa  45.1  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3668  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.43 
 
 
635 aa  45.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3722  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.43 
 
 
635 aa  45.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.940611  normal  0.125775 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0678  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  32.82 
 
 
554 aa  45.1  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4496  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 
245 aa  44.7  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0960  two component transcriptional regulator  32.17 
 
 
236 aa  44.3  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0214647 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.04 
 
 
234 aa  43.9  0.004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.541096  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4844  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.57 
 
 
520 aa  44.3  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.839269  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0589  two component transcriptional regulator  40.28 
 
 
229 aa  43.9  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.588929  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3144  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.9 
 
 
226 aa  44.3  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.549897  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0252  uroporphyrin-III C-methyltransferase  24.62 
 
 
511 aa  43.5  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  33.33 
 
 
219 aa  43.5  0.006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  32.48 
 
 
236 aa  43.5  0.006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 
236 aa  43.5  0.006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4783  two component transcriptional regulator  30.86 
 
 
225 aa  43.5  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000784885  unclonable  9.84925e-09 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0042  response regulator  33.73 
 
 
240 aa  43.1  0.007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.382747  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  33.72 
 
 
252 aa  43.1  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0097  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.4 
 
 
235 aa  43.1  0.007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6645  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.97 
 
 
217 aa  43.1  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.129361 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3593  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.21 
 
 
226 aa  43.1  0.008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.42937e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08590  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  35.48 
 
 
239 aa  42.7  0.01  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.857083 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>