More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1216 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1216  cytochrome b561  100 
 
 		 183 aa  370  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000559854  normal  0.299312 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1316  cytochrome B561  75.96 
 
 		 183 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171547  normal  0.725201 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2703  cytochrome B561  68.68 
 
 		 183 aa  265  2e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.100012  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1248  cytochrome B561  69.23 
 
 		 183 aa  264  5e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00191634  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3056  cytochrome B561  67.03 
 
 		 183 aa  263  8e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000111673  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1322  cytochrome B561  67.58 
 
 		 183 aa  263  8e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00114864  normal  0.0249294 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3042  cytochrome B561  67.58 
 
 		 183 aa  263  8.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000618987  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3199  cytochrome B561  67.03 
 
 		 183 aa  263  1e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000519809  normal  0.560519 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1178  cytochrome B561  69.23 
 
 		 183 aa  263  1e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000103692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1177  cytochrome B561  68.68 
 
 		 183 aa  263  1e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000321845  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3371  cytochrome B561  68.68 
 
 		 183 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2129  cytochrome B561  65.17 
 
 		 198 aa  227  7e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000482046  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2876  cytochrome B561  63.19 
 
 		 185 aa  227  8e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.379711  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1120  cytochrome B561  58.24 
 
 		 184 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000137011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0418  cytochrome B561  57.71 
 
 		 196 aa  203  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2889  cytochrome B561  48.9 
 
 		 183 aa  201  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0592122  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0483  cytochrome B561  52.22 
 
 		 183 aa  194  6e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000195  cytochrome b561  51.98 
 
 		 179 aa  193  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000187144  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5031  cytochrome B561  52.78 
 
 		 183 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416621  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4982  cytochrome B561  51.67 
 
 		 183 aa  191  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0472  putative cytochrome b561  53.37 
 
 		 181 aa  191  4e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.73245e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05925  cytochrome b561  51.98 
 
 		 179 aa  191  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4855  cytochrome B561  51.67 
 
 		 183 aa  191  5e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745808  normal  0.0891705 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05500  hypothetical protein  52.84 
 
 		 189 aa  189  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1738  hypothetical protein  47.46 
 
 		 186 aa  189  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0392514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0522  hypothetical protein  51.7 
 
 		 189 aa  188  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.336315  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2517  cytochrome B561  48.31 
 
 		 184 aa  187  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2791  cytochrome B561  51.14 
 
 		 182 aa  185  4e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1888  cytochrome B561  48.07 
 
 		 184 aa  182  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.743741  hitchhiker  0.000498058 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5285  cytochrome B561  50.28 
 
 		 183 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621373  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1042  cytochrome B561  54.55 
 
 		 175 aa  181  7e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1610  cytochrome B561  48.88 
 
 		 184 aa  180  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.726643  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1180  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  50.28 
 
 		 188 aa  179  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.901054  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1436  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  50.28 
 
 		 188 aa  179  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.887549  normal  0.160518 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1179  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  50.28 
 
 		 188 aa  179  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2271  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  50.28 
 
 		 188 aa  179  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2543  cytochrome B561  50.28 
 
 		 188 aa  179  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.210551  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03240  cytochrome b561  50.85 
 
 		 184 aa  178  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0781  cytochrome B561  48.04 
 
 		 183 aa  178  2.9999999999999997e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.231084  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1820  cytochrome b561 family protein  50 
 
 		 184 aa  178  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0593327  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1930  cytochrome B561  50 
 
 		 184 aa  178  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01053  predicted cytochrome b561  49.72 
 
 		 188 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.580116  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2589  cytochrome B561  49.72 
 
 		 188 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.806134  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2223  cytochrome b561 family protein  50 
 
 		 184 aa  178  4.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0039455  hitchhiker  0.00454282 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01061  hypothetical protein  49.72 
 
 		 188 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1225  YceJ  49.15 
 
 		 190 aa  176  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.307715  normal  0.414708 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2073  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  49.15 
 
 		 213 aa  176  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.636056  normal  0.331643 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03827  putative cytochrome b561  48.31 
 
 		 189 aa  171  5e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3599  cytochrome b561 family protein  46.67 
 
 		 189 aa  171  6.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.206371  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2031  YceJ  49.72 
 
 		 192 aa  171  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1571  cytochrome B561  48.02 
 
 		 192 aa  170  9e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.896883 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2215  hypothetical protein  49.15 
 
 		 190 aa  170  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.511005 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1269  hypothetical protein  49.72 
 
 		 190 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1254  hypothetical protein  48.59 
 
 		 192 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.73358 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2822  cytochrome B561  48.88 
 
 		 184 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.79842  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1313  cytochrome B561  49.72 
 
 		 184 aa  160  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.169075  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0456  cytochrome B561  44.89 
 
 		 182 aa  157  8e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5072  cytochrome b561, putative  44.32 
 
 		 184 aa  155  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0949  cytochrome b561  43.96 
 
 		 181 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000303039  normal  0.493253 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3682  cytochrome B561  38.8 
 
 		 188 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.388705  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1404  cytochrome B561  38.2 
 
 		 179 aa  111  6e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.610566  normal  0.317054 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2553  cytochrome B561  32.95 
 
 		 193 aa  109  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.411403 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2963  cytochrome B561  31.82 
 
 		 193 aa  108  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1538  hypothetical protein  34.78 
 
 		 182 aa  107  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1445  hypothetical protein  34.78 
 
 		 182 aa  107  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  32.39 
 
 		 195 aa  105  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1020  cytochrome B561  32.58 
 
 		 191 aa  102  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000282036 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  35.84 
 
 		 182 aa  102  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1617  hypothetical protein  38.42 
 
 		 176 aa  99.8  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2570  cytochrome B561  31.35 
 
 		 197 aa  98.2  6e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0459  cytochrome B561  36.22 
 
 		 189 aa  97.8  7e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1906  cytochrome b561 family protein  34.46 
 
 		 183 aa  97.4  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0980  putative cytochrome b561  30.86 
 
 		 177 aa  96.3  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1612  hypothetical protein  37.29 
 
 		 176 aa  96.7  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2549  cytochrome B561  35.09 
 
 		 182 aa  95.9  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481387  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2731  cytochrome B561  36.26 
 
 		 188 aa  95.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.578795  normal  0.080966 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2495  putative cytochrome B561  33.33 
 
 		 188 aa  95.1  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.943457 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02672  cytochrome b561, putative  32.63 
 
 		 188 aa  94.4  7e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0967  cytochrome B561  33.87 
 
 		 181 aa  92  5e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4593  cytochrome b561  33.87 
 
 		 182 aa  91.3  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2064  putative cytochrome b-561 membrane protein  32.96 
 
 		 184 aa  90.1  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.913396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52380  cytochrome b561  33.33 
 
 		 182 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.583912 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4003  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  34.68 
 
 		 185 aa  89.4  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.288533  normal  0.223807 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4185  cytochrome B561  33.71 
 
 		 189 aa  89.4  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1056  cytochrome B561  29.09 
 
 		 181 aa  89.4  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.52465  normal  0.404456 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5858  cytochrome B561  32.95 
 
 		 184 aa  89  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3044  cytochrome B561  32.97 
 
 		 190 aa  87.4  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1861  cytochrome B561  33.15 
 
 		 178 aa  87  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.846018  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2671  cytochrome B561  30.34 
 
 		 186 aa  87  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2465  putative cytochrome b561  31.61 
 
 		 188 aa  86.7  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.104825 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0072  cytochrome B561  30.54 
 
 		 196 aa  85.9  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  30.11 
 
 		 186 aa  85.9  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  30.64 
 
 		 186 aa  85.9  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_002978  WD1169  cytochrome b561, putative  30.49 
 
 		 173 aa  85.5  4e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.840411  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0201  putative cytochrome b-561 protein  31.52 
 
 		 222 aa  85.1  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0923  cytochrome B561  34.46 
 
 		 196 aa  85.5  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.651214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1714  cytochrome B561  31.02 
 
 		 182 aa  85.1  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00452879  normal  0.140891 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3152  cytochrome B561  33.15 
 
 		 197 aa  85.1  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159258  normal  0.591352 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1004  cytochrome B561  35.03 
 
 		 177 aa  83.2  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1554  cytochrome B561  35.03 
 
 		 183 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>