More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4677 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_4356  4-aminobutyrate aminotransferase  87.83 
 
 		 426 aa  739    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00363071 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4026  4-aminobutyrate aminotransferase  87.08 
 
 		 426 aa  724    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.35866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4677  4-aminobutyrate aminotransferase  100 
 
 		 422 aa  855    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.300302  normal  0.0763833 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6300  4-aminobutyrate aminotransferase  78.85 
 
 		 426 aa  652    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.437284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2338  4-aminobutyrate aminotransferase  77.67 
 
 		 422 aa  660    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7694  4-aminobutyrate aminotransferase  77.64 
 
 		 426 aa  633  1e-180  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.788415  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3262  4-aminobutyrate aminotransferase  73.92 
 
 		 425 aa  621  1e-177  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.129895 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0848  4-aminobutyrate aminotransferase  72.08 
 
 		 425 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1978  4-aminobutyrate aminotransferase  66.75 
 
 		 425 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.514602 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4618  4-aminobutyrate aminotransferase  65.63 
 
 		 427 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.914156  normal  0.10828 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4851  4-aminobutyrate aminotransferase  65.31 
 
 		 430 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4711  4-aminobutyrate aminotransferase  64.29 
 
 		 446 aa  565  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3364  4-aminobutyrate aminotransferase  64.29 
 
 		 429 aa  564  1e-160  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.158842 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0280  4-aminobutyrate aminotransferase  64.05 
 
 		 429 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.969383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0834  4-aminobutyrate aminotransferase  66.03 
 
 		 429 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379614 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1618  4-aminobutyrate aminotransferase  66.34 
 
 		 420 aa  561  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.346531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4909  4-aminobutyrate aminotransferase  64.29 
 
 		 427 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3005  4-aminobutyrate aminotransferase  64.05 
 
 		 429 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742708  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4519  4-aminobutyrate aminotransferase  66.03 
 
 		 427 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5241  4-aminobutyrate aminotransferase  64.05 
 
 		 427 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5361  4-aminobutyrate aminotransferase  64.05 
 
 		 429 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3721  4-aminobutyrate aminotransferase  65.45 
 
 		 426 aa  554  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3398  4-aminobutyrate aminotransferase  64.96 
 
 		 426 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2371  4-aminobutyrate aminotransferase  64.03 
 
 		 440 aa  544  1e-153  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0827884  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0029  4-aminobutyrate aminotransferase protein  64.96 
 
 		 426 aa  533  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3864  4-aminobutyrate aminotransferase  62.56 
 
 		 421 aa  533  1e-150  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0494  4-aminobutyrate transaminase  65.95 
 
 		 427 aa  528  1e-149  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.141268  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0396  4-aminobutyrate transaminase  65.95 
 
 		 427 aa  527  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.925328  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1480  4-aminobutyrate aminotransferase  65.95 
 
 		 427 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.285314  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1822  4-aminobutyrate transaminase  65.95 
 
 		 427 aa  527  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2127  4-aminobutyrate transaminase  65.71 
 
 		 427 aa  526  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.815383  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2119  4-aminobutyrate aminotransferase  65.95 
 
 		 427 aa  527  1e-148  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.22947  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0810  4-aminobutyrate transaminase  65.95 
 
 		 427 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.622888  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1910  4-aminobutyrate aminotransferase  61.45 
 
 		 426 aa  526  1e-148  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.692445  normal  0.29202 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4306  4-aminobutyrate aminotransferase  62.98 
 
 		 421 aa  522  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2233  4-aminobutyrate aminotransferase  59.95 
 
 		 421 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4744  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2545  4-aminobutyrate aminotransferase  59.95 
 
 		 421 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.505618  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1784  4-aminobutyrate aminotransferase  60.77 
 
 		 421 aa  509  1e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.988641  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01279  GABA aminotransferase, PLP-dependent  60.83 
 
 		 421 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2344  4-aminobutyrate aminotransferase  60.83 
 
 		 421 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00720647  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1512  4-aminobutyrate transaminase  60.83 
 
 		 421 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2323  4-aminobutyrate transaminase  60.83 
 
 		 421 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5049  4-aminobutyrate aminotransferase  62.68 
 
 		 436 aa  504  9.999999999999999e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.96187  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01290  hypothetical protein  60.83 
 
 		 421 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2259  4-aminobutyrate aminotransferase  61.19 
 
 		 426 aa  505  9.999999999999999e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.418729  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1820  4-aminobutyrate transaminase  60.58 
 
 		 421 aa  504  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.144249 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1417  4-aminobutyrate transaminase  60.1 
 
 		 421 aa  503  1e-141  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1538  4-aminobutyrate transaminase  60.58 
 
 		 421 aa  504  1e-141  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.535334  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2002  4-aminobutyrate aminotransferase  62.01 
 
 		 434 aa  503  1e-141  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000607298 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1944  4-aminobutyrate transaminase  60.1 
 
 		 421 aa  500  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.991898 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0592  4-aminobutyrate aminotransferase  58.13 
 
 		 432 aa  499  1e-140  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3106  4-aminobutyrate aminotransferase  58.37 
 
 		 429 aa  497  1e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1335  4-aminobutyrate aminotransferase  58.85 
 
 		 429 aa  496  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4229  4-aminobutyrate aminotransferase  60.33 
 
 		 428 aa  495  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.94603  normal  0.717078 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1218  4-aminobutyrate aminotransferase  58.37 
 
 		 429 aa  497  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1867  4-aminobutyrate aminotransferase  58.98 
 
 		 421 aa  493  9.999999999999999e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2630  4-aminobutyrate aminotransferase  59.31 
 
 		 430 aa  492  9.999999999999999e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1021  4-aminobutyrate aminotransferase  57.28 
 
 		 426 aa  485  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3904  4-aminobutyrate aminotransferase  57.28 
 
 		 426 aa  486  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.888156 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4414  4-aminobutyrate aminotransferase  61.69 
 
 		 426 aa  486  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.877124 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02518  4-aminobutyrate aminotransferase  57.04 
 
 		 426 aa  483  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0214  4-aminobutyrate aminotransferase  57.07 
 
 		 425 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0174674 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0238  4-aminobutyrate aminotransferase  57.07 
 
 		 425 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1044  4-aminobutyrate aminotransferase  57.04 
 
 		 426 aa  483  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2782  4-aminobutyrate aminotransferase  57.04 
 
 		 426 aa  483  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.480055 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2797  4-aminobutyrate aminotransferase  57.04 
 
 		 426 aa  483  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4695  4-aminobutyrate aminotransferase  57.86 
 
 		 430 aa  483  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02482  hypothetical protein  57.04 
 
 		 426 aa  483  1e-135  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0229  4-aminobutyrate aminotransferase  57.07 
 
 		 425 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2942  4-aminobutyrate aminotransferase  56.8 
 
 		 426 aa  482  1e-135  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4664  4-aminobutyrate aminotransferase  59.33 
 
 		 428 aa  479  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4998  4-aminobutyrate aminotransferase  57.31 
 
 		 425 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.554548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3070  4-aminobutyrate aminotransferase  59.47 
 
 		 433 aa  478  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0281034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0344  4-aminobutyrate aminotransferase  58.25 
 
 		 426 aa  478  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03450  4-aminobutyrate aminotransferase  58.5 
 
 		 426 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.22305e-16 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1889  4-aminobutyrate aminotransferase  61.07 
 
 		 435 aa  476  1e-133  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148357  normal  0.0202633 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4167  4-aminobutyrate aminotransferase  57.98 
 
 		 434 aa  477  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.130001  normal  0.207789 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0188  4-aminobutyrate aminotransferase  57.55 
 
 		 425 aa  472  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2912  4-aminobutyrate aminotransferase  56.9 
 
 		 430 aa  474  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3928  (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase  56.74 
 
 		 427 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0232  4-aminobutyrate aminotransferase  57.77 
 
 		 440 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3862  4-aminobutyrate aminotransferase  58.5 
 
 		 427 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.612157 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2972  4-aminobutyrate aminotransferase  54.63 
 
 		 427 aa  465  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.109466  normal  0.025416 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2937  4-aminobutyrate aminotransferase  54.76 
 
 		 427 aa  465  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.735836  normal  0.115833 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0301  4-aminobutyrate aminotransferase  57.42 
 
 		 426 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2905  4-aminobutyrate aminotransferase  54.87 
 
 		 427 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0090  4-aminobutyrate aminotransferase  57.66 
 
 		 426 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3172  4-aminobutyrate aminotransferase  59.17 
 
 		 426 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2989  4-aminobutyrate aminotransferase  54.87 
 
 		 427 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0883038 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0047  4-aminobutyrate aminotransferase  58 
 
 		 425 aa  462  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2602  4-aminobutyrate aminotransferase  59 
 
 		 433 aa  462  1e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.317433  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0429  4-aminobutyrate aminotransferase  56.82 
 
 		 433 aa  461  1e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.286831  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2567  4-aminobutyrate aminotransferase  57.11 
 
 		 424 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.78639  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46670  4-aminobutyrate transaminase  56.22 
 
 		 426 aa  452  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4211  4-aminobutyrate aminotransferase  58.39 
 
 		 425 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.225868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3137  4-aminobutyrate aminotransferase  57.11 
 
 		 424 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.213623 
 
 
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NC_008345  Sfri_3003  4-aminobutyrate aminotransferase  55.93 
 
 		 424 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.48796  n/a   
 
 
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NC_009524  PsycPRwf_1532  4-aminobutyrate aminotransferase  54.22 
 
 		 419 aa  454  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007204  Psyc_0809  4-aminobutyrate aminotransferase  54.37 
 
 		 419 aa  449  1e-125  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.615332  normal  0.0671712 
 
 
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NC_011365  Gdia_2341  4-aminobutyrate aminotransferase  57.42 
 
 		 423 aa  448  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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