137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3067 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3067  hypothetical protein  100 
 
 		 317 aa  620  1e-177  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4046  protein of unknown function DUF534  87.7 
 
 		 317 aa  542  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3723  protein of unknown function DUF534  88.01 
 
 		 317 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0867  hypothetical protein  78.86 
 
 		 317 aa  503  1e-141  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1974  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  80.07 
 
 		 321 aa  477  1e-134  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.350596  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2053  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  79.73 
 
 		 321 aa  474  1e-132  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2867  hypothetical protein  65.62 
 
 		 316 aa  404  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02940  hypothetical protein  61.56 
 
 		 322 aa  374  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002970  ABC transporter substrate-binding protein  60.34 
 
 		 321 aa  363  1e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0619  hypothetical protein  59.79 
 
 		 321 aa  360  1e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0821  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  57.23 
 
 		 319 aa  359  3e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0105624 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2038  hypothetical protein  59.86 
 
 		 324 aa  357  1.9999999999999998e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0401201 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1089  hypothetical protein  52.08 
 
 		 324 aa  338  7e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.623165  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1277  ABC transporter periplasmic protein  54.78 
 
 		 325 aa  338  8e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14390  putative ABC-type transport protein, periplasmic c  54.46 
 
 		 325 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2106  hypothetical protein  56.04 
 
 		 323 aa  332  6e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.363313  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0047  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  53.02 
 
 		 327 aa  330  1e-89  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1750  protein of unknown function DUF534  53.74 
 
 		 322 aa  329  4e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4311  hypothetical protein  54.36 
 
 		 323 aa  329  5.0000000000000004e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1949  hypothetical protein  53.4 
 
 		 322 aa  328  8e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.521982  normal  0.530099 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1315  hypothetical protein  55.1 
 
 		 322 aa  325  6e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.710416  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1949  protein of unknown function DUF534  54.82 
 
 		 323 aa  325  7e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.325569  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1211  hypothetical protein  54.08 
 
 		 323 aa  319  5e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0959108 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3141  hypothetical protein  52.72 
 
 		 344 aa  318  7e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.774643 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1502  protein of unknown function DUF534  52.72 
 
 		 326 aa  312  4.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0497356  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1461  protein of unknown function DUF534  52.72 
 
 		 326 aa  310  2e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.655823  hitchhiker  0.000000785059 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1740  putative signal peptide protein  52.38 
 
 		 329 aa  309  4e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2218  hypothetical protein  52.38 
 
 		 321 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.792913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2831  hypothetical protein  52.38 
 
 		 321 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2842  hypothetical protein  52.38 
 
 		 321 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.838657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0522  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.72 
 
 		 323 aa  305  7e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6161  hypothetical protein  52.72 
 
 		 321 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.432237 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0440  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  52.04 
 
 		 323 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.173038  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0472  hypothetical protein  52.38 
 
 		 321 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.997143 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0687  hypothetical protein  52.38 
 
 		 323 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.695936  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0109  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.38 
 
 		 323 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1479  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.38 
 
 		 323 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0505  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.38 
 
 		 323 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2907  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.38 
 
 		 323 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3140  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  52.04 
 
 		 323 aa  300  2e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.226285  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1435  ABC transporter, substrate-binding protein  49.66 
 
 		 341 aa  292  4e-78  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457922 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1712  hypothetical protein  49.49 
 
 		 343 aa  293  4e-78  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1599  hypothetical protein  49.66 
 
 		 341 aa  291  7e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.164938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2161  protein of unknown function DUF534  43.96 
 
 		 324 aa  280  2e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.321904 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2840  hypothetical protein  44.22 
 
 		 329 aa  278  8e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146979  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0251  protein of unknown function DUF534  42.59 
 
 		 320 aa  273  2.0000000000000002e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00303449  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19990  ABC-type uncharacterized transport system, periplasmic component  45.05 
 
 		 325 aa  273  3e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  9.09791e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2828  protein of unknown function DUF534  43.15 
 
 		 341 aa  271  8.000000000000001e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000067856  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1711  hypothetical protein  49.13 
 
 		 370 aa  265  5.999999999999999e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1434  ABC transporter, substrate-binding protein  47.93 
 
 		 349 aa  260  3e-68  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.681297 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1598  hypothetical protein  47.24 
 
 		 349 aa  258  1e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.108913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2856  protein of unknown function DUF534  44.04 
 
 		 337 aa  257  1e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0325  hypothetical protein  41.45 
 
 		 337 aa  252  7e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000093059  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4553  protein of unknown function DUF534  42.56 
 
 		 329 aa  246  3e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1473  protein of unknown function DUF534  44.41 
 
 		 335 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2584  protein of unknown function DUF534  40.62 
 
 		 322 aa  237  2e-61  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.78214e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0657  protein of unknown function DUF534  44.76 
 
 		 330 aa  228  1e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.342868  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03810  ABC-type uncharacterized transport system, periplasmic component  43.29 
 
 		 336 aa  226  4e-58  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0736  protein of unknown function DUF534  38.15 
 
 		 332 aa  225  9e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000204583 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0723  protein of unknown function DUF534  37.81 
 
 		 332 aa  224  2e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000763859  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0210  hypothetical protein  38.56 
 
 		 320 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0129991  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0249  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  36.69 
 
 		 584 aa  219  5e-56  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2494  hypothetical protein  41.23 
 
 		 340 aa  217  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2227  hypothetical protein  37.06 
 
 		 338 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00471107  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1569  hypothetical protein  44.3 
 
 		 270 aa  212  7.999999999999999e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0747  protein of unknown function DUF534  39.01 
 
 		 319 aa  211  1e-53  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  2.99763e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1155  ABC transporter substrate-binding protein  36.81 
 
 		 333 aa  209  4e-53  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000138162  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1189  hypothetical protein  35.59 
 
 		 334 aa  206  5e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00418408  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2364  protein of unknown function DUF534  39.18 
 
 		 328 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000124724  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1098  hypothetical protein  36.36 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0026  hypothetical protein  33.22 
 
 		 328 aa  191  2e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.35198  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4371  hypothetical protein  37.09 
 
 		 331 aa  187  2e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2365  protein of unknown function DUF534  36.36 
 
 		 331 aa  186  4e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00100062  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2078  protein of unknown function/lipoprotein, putative  31.99 
 
 		 320 aa  186  5e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000317435  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0511  protein of unknown function DUF534  31.71 
 
 		 329 aa  185  1.0000000000000001e-45  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1817  hypothetical protein  33.69 
 
 		 331 aa  180  2e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00011469  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0258  ABC-type uncharacterized transport system, periplasmic component  31.62 
 
 		 347 aa  176  5e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000182856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2646  protein of unknown function DUF534  35.96 
 
 		 329 aa  172  5.999999999999999e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1947  protein of unknown function DUF534  33.45 
 
 		 327 aa  170  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.734312  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0079  ABC-type uncharacterized transport system, periplasmic component  32.31 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0035536  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0267  ABC-type uncharacterized transport system, periplasmic component  32.87 
 
 		 359 aa  162  7e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0239321  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0205  protein of unknown function DUF534  32.39 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1505  hypothetical protein  31.33 
 
 		 640 aa  146  5e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1116  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  29.43 
 
 		 344 aa  146  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1113  hypothetical protein  29.79 
 
 		 344 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0994451  normal  0.363021 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1112  ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.49 
 
 		 352 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1230  hypothetical protein  28.12 
 
 		 320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2289  hypothetical protein  27.94 
 
 		 320 aa  132  9e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1117  hypothetical protein  31.49 
 
 		 355 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1746  hypothetical protein  26.75 
 
 		 324 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.227035 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0074  protein of unknown function DUF534  30.72 
 
 		 322 aa  125  9e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0042  protein of unknown function DUF534  29.19 
 
 		 322 aa  123  5e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.920382  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2859  protein of unknown function DUF534  31.27 
 
 		 384 aa  112  8.000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3978  hypothetical protein  28.78 
 
 		 328 aa  109  6e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.890464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1052  hypothetical protein  27.97 
 
 		 354 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0655813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6424  hypothetical protein  29.51 
 
 		 329 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.680283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6721  hypothetical protein  26.74 
 
 		 324 aa  103  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0708  protein of unknown function DUF534  23.58 
 
 		 315 aa  100  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6911  hypothetical protein  26.55 
 
 		 329 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7008  hypothetical protein  27.74 
 
 		 328 aa  95.9  8e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>