38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_6797 on replicon NC_013731
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 458 aa  934    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  40.72 
 
 		 689 aa  323  5e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  40.55 
 
 		 661 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  41.94 
 
 		 710 aa  313  3.9999999999999997e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  38.93 
 
 		 446 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  38.93 
 
 		 462 aa  298  2e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  37.36 
 
 		 494 aa  297  3e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  38.71 
 
 		 662 aa  295  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  37.27 
 
 		 476 aa  295  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  38.5 
 
 		 501 aa  295  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  37.26 
 
 		 598 aa  291  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  38.28 
 
 		 674 aa  290  5.0000000000000004e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  37.83 
 
 		 498 aa  288  1e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  37.59 
 
 		 498 aa  288  2e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  37.42 
 
 		 708 aa  287  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  37.04 
 
 		 482 aa  287  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  36.34 
 
 		 482 aa  286  5.999999999999999e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  36.34 
 
 		 482 aa  286  5.999999999999999e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  36.46 
 
 		 499 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  35.89 
 
 		 437 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  36.3 
 
 		 492 aa  280  5e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  37.13 
 
 		 692 aa  278  1e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  35.97 
 
 		 680 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  35.29 
 
 		 703 aa  265  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  35.57 
 
 		 703 aa  262  8e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  35.57 
 
 		 703 aa  261  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  35.57 
 
 		 665 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  34.93 
 
 		 478 aa  256  6e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  34.18 
 
 		 471 aa  248  1e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  34.42 
 
 		 693 aa  239  5.999999999999999e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  33.41 
 
 		 472 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  34.1 
 
 		 670 aa  229  8e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  33.33 
 
 		 724 aa  226  6e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  31.81 
 
 		 490 aa  201  3e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  30.17 
 
 		 471 aa  186  5e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  30.26 
 
 		 473 aa  186  8e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS06177  hypothetical protein  36.99 
 
 		 116 aa  53.5  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0779  carbohydrate-selective porin OprB  20.85 
 
 		 467 aa  43.5  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000860096  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>