32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_25650 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_3493  FG-GAP repeat protein  61.38 
 
 		 767 aa  931    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.832541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25650  FG-GAP repeat protein  100 
 
 		 1082 aa  2124    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.112985  normal  0.313827 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0488  FG-GAP repeat protein  65.37 
 
 		 851 aa  1016    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0343  FG-GAP repeat-containing protein  54.19 
 
 		 803 aa  825    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1100  FG-GAP repeat protein  46.34 
 
 		 1065 aa  345  4e-93  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05360  fibronectin type 3 domain-containing protein  45.33 
 
 		 1880 aa  332  3e-89  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1853  Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  43.18 
 
 		 833 aa  325  3e-87  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0781355  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1678  FG-GAP repeat-containing protein  44.23 
 
 		 618 aa  319  1e-85  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000385209  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0246  carbohydrate-binding family 6 protein  37.03 
 
 		 820 aa  317  9e-85  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0739  cellulosome protein dockerin type I  34.55 
 
 		 676 aa  313  7.999999999999999e-84  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000588173  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3413  FG-GAP repeat protein  45.67 
 
 		 672 aa  312  2e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3891  FG-GAP repeat protein  43.14 
 
 		 662 aa  306  2.0000000000000002e-81  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0201045  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3679  FG-GAP repeat-containing protein  44.47 
 
 		 677 aa  302  2e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00000668501  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2022  cellulose-binding family II  37.59 
 
 		 743 aa  299  2e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.12733 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0215  hypothetical protein  40.27 
 
 		 787 aa  299  2e-79  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.247973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3462  cellulose-binding family II protein  36.45 
 
 		 773 aa  297  7e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0281342  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1650  pseudouridine synthase, Rsu  39.73 
 
 		 914 aa  289  2e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1157  rhamnogalacturonan lyase  37.83 
 
 		 1266 aa  287  7e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.219501  normal  0.380242 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3890  FG-GAP repeat protein  41.85 
 
 		 613 aa  285  3.0000000000000004e-75  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.100975  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0923  cellulose-binding family II  43.07 
 
 		 746 aa  284  6.000000000000001e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0984309 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4222  FG-GAP repeat-containing protein  39.02 
 
 		 616 aa  283  1e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1343  YesW  39.49 
 
 		 658 aa  278  5e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1868  cellulose-binding family II  41.12 
 
 		 744 aa  270  2e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3043  cellulose-binding family II  41.11 
 
 		 774 aa  255  3e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2009  cellulose-binding family II protein  51.82 
 
 		 669 aa  207  7e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.872108  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0417  cellulosome protein dockerin type I  31.19 
 
 		 848 aa  179  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000135998  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2008  putative secreted glycosyl hydrolase  37.97 
 
 		 240 aa  169  2e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02543  rhamnogalacturonan lyase (Eurofung)  27.68 
 
 		 606 aa  112  4.0000000000000004e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.404414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2290  YD repeat protein  27.96 
 
 		 6272 aa  53.9  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0459  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.72 
 
 		 1193 aa  47.8  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.245222  normal  0.621321 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0941  hypothetical protein  28.64 
 
 		 791 aa  48.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.10709 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3599  hypothetical protein  39.51 
 
 		 694 aa  44.7  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.161985  decreased coverage  0.00880556 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>