91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1570 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1570  17 kDa surface antigen  100 
 
 
163 aa  324  3e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  4.17711e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2695  17 kDa surface antigen  68.9 
 
 
160 aa  219  9e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  2.3242e-06  normal  0.114925 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1890  17 kDa surface antigen  70.3 
 
 
158 aa  218  3e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.219648  hitchhiker  1.08744e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1652  17 kDa surface antigen  69.51 
 
 
156 aa  215  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.72178e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1727  17 kDa surface antigen  68.9 
 
 
156 aa  214  5e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.63697e-07  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2622  hypothetical protein  69.51 
 
 
156 aa  213  7e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2528  17 kDa surface antigen  68.29 
 
 
158 aa  209  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000371225  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1757  17 kDa surface antigen  72.97 
 
 
147 aa  206  8e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  7.3012e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2468  17 kDa surface antigen  66.46 
 
 
156 aa  203  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.41658e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2223  17 kDa surface antigen  70.12 
 
 
156 aa  196  1e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  6.54513e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2052  hypothetical protein  66.67 
 
 
155 aa  196  2e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  2.76746e-05  normal  0.361668 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2461  17 kDa surface antigen  68.29 
 
 
156 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  8.26442e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1883  17 kDa surface antigen  68.29 
 
 
156 aa  185  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.19533e-08  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2581  17 kDa surface antigen  68.29 
 
 
156 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.85697e-08  normal  0.0842318 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2250  17 kDa surface antigen  69.48 
 
 
164 aa  183  7e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  4.54882e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1838  17 kDa surface antigen  56.1 
 
 
164 aa  181  4e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  5.36943e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0595  hypothetical protein  54.74 
 
 
160 aa  127  5e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003952  outer membrane lipoprotein  46.84 
 
 
158 aa  121  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0034992  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01571  hypothetical protein  47.68 
 
 
158 aa  117  7e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2213  hypothetical protein  37.21 
 
 
179 aa  58.2  5e-08  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1233  hypothetical protein  37.21 
 
 
179 aa  58.2  5e-08  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2491  hypothetical protein  37.21 
 
 
179 aa  58.2  5e-08  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  7.5989e-05 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1232  hypothetical protein  37.21 
 
 
179 aa  58.2  5e-08  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0260587  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01106  hypothetical protein  37.21 
 
 
179 aa  58.2  5e-08  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2537  17 kDa surface antigen  37.21 
 
 
179 aa  58.2  5e-08  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.014281  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01114  hypothetical protein  37.21 
 
 
179 aa  58.2  5e-08  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2016  hypothetical protein  37.21 
 
 
179 aa  57.8  6e-08  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000246184 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1326  hypothetical protein  37.21 
 
 
179 aa  57  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  6.89224e-06 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1311  hypothetical protein  37.21 
 
 
179 aa  57  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60311e-08 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1973  hypothetical protein  37.21 
 
 
179 aa  57  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.126955  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2157  hypothetical protein  37.21 
 
 
179 aa  57  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  1.3622e-05 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1927  hypothetical protein  34.07 
 
 
178 aa  57  1e-07  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.339305  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1288  hypothetical protein  37.21 
 
 
179 aa  57  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1625  hypothetical protein  36.43 
 
 
175 aa  56.6  1e-07  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.813311  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1490  hypothetical protein  36.43 
 
 
179 aa  55.8  2e-07  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00309897 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3687  17 kDa surface antigen  33.82 
 
 
175 aa  55.5  3e-07  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.108599  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0470  17 kDa surface antigen  34.84 
 
 
150 aa  55.1  4e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  2.15158e-05  normal  0.945637 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1640  hypothetical protein  46.67 
 
 
179 aa  50.4  1e-05  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0746149  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2791  hypothetical protein  45 
 
 
179 aa  48.9  3e-05  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1151  17 kDa surface antigen  30.52 
 
 
154 aa  48.5  4e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.965272  normal  0.0962172 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1542  outer membrane lipoprotein pcp  34.91 
 
 
155 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.318649  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1729  outer membrane lipoprotein pcp  34.91 
 
 
155 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0331047  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1555  outer membrane lipoprotein pcp  34.91 
 
 
155 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.949838 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1988  17 kDa surface antigen  34.91 
 
 
155 aa  47  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.636223  hitchhiker  0.00129397 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1833  outer membrane lipoprotein SlyB  34.91 
 
 
155 aa  47  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.520508  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01601  hypothetical protein  34.91 
 
 
155 aa  47  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1898  outer membrane lipoprotein pcp  34.91 
 
 
155 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.470796  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2353  outer membrane lipoprotein SlyB  34.91 
 
 
155 aa  47  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00612536  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1558  outer membrane lipoprotein SlyB  34.91 
 
 
155 aa  47  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1615  outer membrane lipoprotein pcp  34.91 
 
 
155 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.397211 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1807  17 kDa surface antigen  35.85 
 
 
155 aa  46.6  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55882  hitchhiker  0.000926812 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1717  outer membrane lipoprotein SlyB  34.91 
 
 
155 aa  47  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.535204  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1851  outer membrane lipoprotein SlyB  34.91 
 
 
155 aa  47  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000135134  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1999  17 kDa surface antigen  34.91 
 
 
155 aa  47  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  5.432e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01611  outer membrane lipoprotein  34.91 
 
 
155 aa  47  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2485  hypothetical protein  41.67 
 
 
179 aa  46.2  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1705  hypothetical protein  41.67 
 
 
179 aa  45.4  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2866  hypothetical protein  41.67 
 
 
179 aa  45.4  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1597  hypothetical protein  41.67 
 
 
179 aa  45.4  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0188562  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1300  17 kDa surface antigen  32.81 
 
 
155 aa  45.4  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.843728  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2792  putative outer membrane lipoprotein transmembrane  30.32 
 
 
155 aa  44.7  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00797712  normal  0.981386 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1411  surface antigen family protein  38.46 
 
 
218 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.895937  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4999  hypothetical protein  34.07 
 
 
168 aa  43.9  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.232644 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4325  hypothetical protein  31.33 
 
 
154 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.138091  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0511  hypothetical protein  37.18 
 
 
208 aa  43.5  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0957  SlyB protein  38.46 
 
 
218 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1607  surface antigen family protein  38.46 
 
 
218 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.962323  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2673  surface antigen family protein  38.46 
 
 
218 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.110868  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2558  outer membrane lipoprotein Pcp  32.14 
 
 
155 aa  43.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000494181  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1877  17 kDa surface antigen  32.14 
 
 
155 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  8.17006e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1769  outer membrane lipoprotein Pcp  32.14 
 
 
155 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000141648  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0228  hypothetical protein  38.46 
 
 
218 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.557986  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0265  surface antigen family protein  38.46 
 
 
218 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2531  surface antigen family protein  38.46 
 
 
218 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1609  hypothetical protein  41.67 
 
 
179 aa  43.1  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.443793  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2381  17 kDa surface antigen  37.5 
 
 
155 aa  42.7  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00375113  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4617  hypothetical protein  32.16 
 
 
182 aa  42.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00650185  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2665  17 kDa surface antigen  37.5 
 
 
155 aa  43.1  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000160562  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50740  hypothetical protein  31.25 
 
 
154 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00688218 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5451  17 kDa surface antigen  41.33 
 
 
206 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.349423  normal  0.317102 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0164  17 kDa surface antigen  32.04 
 
 
177 aa  42.4  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.201617  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003797  putative outer membrane lipoprotein Pcp  32.86 
 
 
159 aa  42.4  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4902  17 kDa surface antigen  40.79 
 
 
204 aa  42.4  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.336046 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4284  17 kDa surface antigen  30.97 
 
 
154 aa  42  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2871  17 kDa surface antigen-like protein  30.07 
 
 
155 aa  42  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000441534  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1131  17 kDa surface antigen  30.97 
 
 
154 aa  42  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.40399  normal  0.0112028 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2215  17 kDa surface antigen  31.36 
 
 
163 aa  41.2  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.443445  hitchhiker  0.000529238 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5234  17 kDa surface antigen  60 
 
 
215 aa  41.2  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5625  17 kDa surface antigen  60 
 
 
215 aa  41.2  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.220709  normal  0.0159802 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4605  17 kDa surface antigen  60 
 
 
216 aa  41.2  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.109506  hitchhiker  0.000338876 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0066  outer membrane lipoprotein  60 
 
 
216 aa  41.2  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.647379  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>