More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_0030 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_0030  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  100 
 
 
359 aa  747    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00062453  normal  0.73393 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  88.55 
 
 
905 aa  682    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2705  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  72.14 
 
 
355 aa  539  9.999999999999999e-153  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.223751 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  51.69 
 
 
893 aa  368  1e-100  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  51.13 
 
 
900 aa  367  1e-100  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1831  NADH dehydrogenase I chain G  49.3 
 
 
363 aa  365  1e-100  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  51.46 
 
 
893 aa  364  1e-99  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  47.86 
 
 
899 aa  356  3.9999999999999996e-97  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  48.04 
 
 
898 aa  355  8.999999999999999e-97  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1029  NADH dehydrogenase I chain G  47.81 
 
 
358 aa  352  8e-96  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0845  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  47.87 
 
 
376 aa  345  1e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  50.45 
 
 
886 aa  342  7e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1856  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  47.83 
 
 
351 aa  336  5e-91  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.32 
 
 
893 aa  335  9e-91  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1544  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  46.38 
 
 
374 aa  332  6e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.97 
 
 
917 aa  330  3e-89  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0785  NADH dehydrogenase I chain G  47.25 
 
 
353 aa  321  9.999999999999999e-87  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.41 
 
 
900 aa  313  1.9999999999999998e-84  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3520  formate dehydrogenase, alpha subunit  46.26 
 
 
904 aa  311  1e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4024  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.06 
 
 
966 aa  292  6e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.62 
 
 
952 aa  291  9e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4238  molybdopterin oxidoreductase  41.64 
 
 
828 aa  291  1e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3349  NADH dehydrogenase I, G subunit, putative  42.69 
 
 
828 aa  291  2e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.407234  normal  0.217544 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.29 
 
 
984 aa  289  6e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.63 
 
 
967 aa  288  1e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3710  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  41.44 
 
 
977 aa  288  1e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.749683  normal  0.699855 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2249  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.31 
 
 
903 aa  288  1e-76  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.580662  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0907  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.27 
 
 
983 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.979482  decreased coverage  0.00925571 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4998  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.96 
 
 
953 aa  287  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217845  hitchhiker  0.000835215 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  42 
 
 
984 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  42 
 
 
984 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  42 
 
 
984 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  42 
 
 
984 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  42 
 
 
984 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  42 
 
 
984 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0552  formate dehydrogenase, alpha subunit  41 
 
 
983 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1031  formate dehydrogenase, alpha subunit  41 
 
 
983 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52357  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0619  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.88 
 
 
956 aa  286  5e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.961077  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  41 
 
 
983 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.656443 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  42 
 
 
984 aa  285  7e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  41 
 
 
983 aa  285  7e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4144  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.27 
 
 
983 aa  285  8e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110494  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00220  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.59 
 
 
906 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0797991 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  41 
 
 
983 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3023  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.06 
 
 
982 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0162015  normal  0.0152175 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4004  molybdopterin oxidoreductase  40.4 
 
 
821 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.08061e-23 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4914  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.89 
 
 
950 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.263268 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0964  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  40.78 
 
 
982 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.133867  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.22 
 
 
944 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3920  molybdopterin oxidoreductase  40.11 
 
 
821 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.403816  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3019  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.5 
 
 
957 aa  281  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0727  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.66 
 
 
979 aa  281  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0216931  normal  0.398444 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1861  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.78 
 
 
978 aa  281  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0334  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding protein  41.53 
 
 
826 aa  279  5e-74  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3132  molybdopterin oxidoreductase  39.83 
 
 
815 aa  279  7e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4113  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.4 
 
 
901 aa  278  8e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163208  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4869  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.08 
 
 
950 aa  278  2e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0187329 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3552  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.48 
 
 
960 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0344  NADH dehydrogenase I, G subunit, putative  39.2 
 
 
826 aa  276  4e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0555  formate dehydrogenase subunit alpha  40.93 
 
 
957 aa  276  5e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185124  normal  0.358497 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1809  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.48 
 
 
960 aa  275  6e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550904  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.39 
 
 
949 aa  275  7e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2185  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.19 
 
 
960 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.602321  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2750  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.11 
 
 
969 aa  274  2.0000000000000002e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0453604 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2383  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.11 
 
 
959 aa  274  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1391  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.84 
 
 
947 aa  273  3e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2897  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.87 
 
 
959 aa  273  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4406  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.54 
 
 
950 aa  273  3e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1708  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.86 
 
 
959 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2274  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.74 
 
 
956 aa  270  2e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.217783 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0031  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.96 
 
 
1000 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4097  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.23 
 
 
959 aa  269  5.9999999999999995e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.01 
 
 
951 aa  269  7e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3656  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.23 
 
 
948 aa  267  2e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.480327 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2741  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.17 
 
 
960 aa  266  4e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.313061 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3089  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.13 
 
 
959 aa  266  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440267  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3777  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  44.33 
 
 
310 aa  265  8e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000710786  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3636  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.9 
 
 
959 aa  264  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.234983 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0805  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.46 
 
 
948 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.624345  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4645  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.44 
 
 
948 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2853  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.17 
 
 
960 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.771386 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0839  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.44 
 
 
946 aa  263  2e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.331727  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0735  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.37 
 
 
952 aa  264  2e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3925  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.34 
 
 
959 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287134  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2856  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.39 
 
 
959 aa  263  4.999999999999999e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1080  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  37.9 
 
 
960 aa  262  6e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2576  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.11 
 
 
925 aa  262  6.999999999999999e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.02 
 
 
948 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25280  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.03 
 
 
911 aa  261  1e-68  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0556633 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0623  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.02 
 
 
948 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.816724  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1282  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.51 
 
 
933 aa  259  4e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.402771 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0808  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.17 
 
 
879 aa  259  4e-68  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0915  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.36 
 
 
920 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1473  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.62 
 
 
947 aa  258  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0442327  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2558  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.03 
 
 
973 aa  257  2e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.779669  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3504  ferredoxin  44.22 
 
 
312 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1309  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  37.61 
 
 
788 aa  253  2.0000000000000002e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1538  molybdopterin oxidoreductase  39.39 
 
 
879 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3639  molybdopterin oxidoreductase  37.1 
 
 
843 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.424964  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2513  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.61 
 
 
927 aa  252  7e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0190469  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>