More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0788 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0918  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase B protein  86.9 
 
 		 372 aa  645    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.841841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0859  lytic murein transglycosylase B  97.86 
 
 		 374 aa  718    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0788  lytic murein transglycosylase B  100 
 
 		 374 aa  764    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.297958 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0732  lytic murein transglycosylase B  72.29 
 
 		 408 aa  506  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.351039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2556  lytic murein transglycosylase B  71.69 
 
 		 368 aa  500  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0417  murein transglycosylase domain-containing protein  60.06 
 
 		 474 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2983  murein transglycosylase domain-containing protein  60.06 
 
 		 458 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4169  lytic murein transglycosylase B  60.24 
 
 		 405 aa  419  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.743519  normal  0.778166 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1647  murein transglycosylase domain-containing protein  56.86 
 
 		 456 aa  419  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2561  murein transglycosylase domain-containing protein  60.06 
 
 		 431 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0937  murein transglycosylase domain-containing protein  60.06 
 
 		 431 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2873  lytic murein transglycosylase B  60.06 
 
 		 431 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0861868  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0212  murein transglycosylase domain-containing protein  60.06 
 
 		 433 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2936  lytic murein transglycosylase B  59.76 
 
 		 452 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1015  lytic murein transglycosylase B  57.59 
 
 		 405 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0936  lytic murein transglycosylase B  59.76 
 
 		 406 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2248  lytic murein transglycosylase B  59.76 
 
 		 444 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0577  lytic murein transglycosylase B  59.45 
 
 		 405 aa  411  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.686082  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0932  lytic murein transglycosylase B  59.76 
 
 		 448 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0991  putative murein transglycosylase  53.99 
 
 		 409 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2992  lytic murein transglycosylase B  53.89 
 
 		 392 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.106271  hitchhiker  0.00132596 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0755  lytic murein transglycosylase B  52.66 
 
 		 462 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1056  lytic murein transglycosylase B  60.13 
 
 		 321 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3012  lytic murein transglycosylase B  44.3 
 
 		 354 aa  265  8.999999999999999e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2160  lytic murein transglycosylase B  42.38 
 
 		 361 aa  260  3e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000203112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1242  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase B protein  40.87 
 
 		 366 aa  259  4e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00209703  normal  0.108974 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0509  lytic murein transglycosylase B  42.45 
 
 		 422 aa  259  5.0000000000000005e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2520  lytic murein transglycosylase B  44.03 
 
 		 347 aa  256  5e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.160631  normal  0.119321 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1294  lytic murein transglycosylase B  39.27 
 
 		 417 aa  249  6e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378747 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1216  lytic murein transglycosylase B  40.53 
 
 		 363 aa  246  4e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3149  lytic murein transglycosylase B  41.14 
 
 		 366 aa  246  6.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2383  lytic murein transglycosylase B  46.26 
 
 		 392 aa  240  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.455496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2817  lytic murein transglycosylase B  42.01 
 
 		 357 aa  239  6.999999999999999e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.280732 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2306  lytic murein transglycosylase B  42.01 
 
 		 357 aa  239  6.999999999999999e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.450131  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5017  murein hydrolase B  41.87 
 
 		 371 aa  235  8e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80747  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4968  lytic murein transglycosylase B  41.51 
 
 		 336 aa  233  6e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.763775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2545  lytic murein transglycosylase B  44.21 
 
 		 356 aa  232  6e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336249  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4363  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  41.82 
 
 		 335 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.116504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12080  soluble lytic transglycosylase B  42.09 
 
 		 340 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.254776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3140  murein hydrolase B  41.77 
 
 		 359 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011218 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3033  murein hydrolase B  41.77 
 
 		 359 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.986861  hitchhiker  0.00384978 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2951  murein hydrolase B  41.77 
 
 		 359 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3017  murein hydrolase B  41.77 
 
 		 359 aa  229  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  hitchhiker  0.00000130232 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4823  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  41.82 
 
 		 335 aa  229  8e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08410  lytic murein transglycosylase B  39.48 
 
 		 342 aa  228  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.562186  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1108  soluble lytic transglycosylase B  41.14 
 
 		 336 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.490976  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2982  murein hydrolase B  41.46 
 
 		 359 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000956693 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3399  murein hydrolase B  41.14 
 
 		 361 aa  226  4e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3380  lytic murein transglycosylase B  41.67 
 
 		 363 aa  225  8e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0518683  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2077  lytic murein transglycosylase B  40.53 
 
 		 390 aa  224  1e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0554951 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2099  lytic murein transglycosylase B  39.23 
 
 		 365 aa  225  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.342273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2708  murein hydrolase B  40.9 
 
 		 364 aa  224  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102119  hitchhiker  0.00940641 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0977  murein hydrolase B  41.72 
 
 		 361 aa  224  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57730  murein hydrolase B  43.08 
 
 		 367 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0988  lytic murein transglycosylase B  40.3 
 
 		 361 aa  223  6e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.232611  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2985  murein hydrolase B  40.3 
 
 		 361 aa  223  6e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.26128  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3176  murein hydrolase B  40.3 
 
 		 361 aa  223  6e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.417908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2837  murein hydrolase B  40.3 
 
 		 361 aa  222  7e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.359796  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4680  lytic murein transglycosylase B  41.19 
 
 		 336 aa  222  7e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02551  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  40.3 
 
 		 361 aa  222  8e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.253106  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1011  murein hydrolase B  40.3 
 
 		 361 aa  222  8e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000289241 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02516  hypothetical protein  40.3 
 
 		 361 aa  222  8e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.360268  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1351  murein hydrolase B  40.9 
 
 		 364 aa  222  8e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.720495  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3948  murein hydrolase B  40.3 
 
 		 361 aa  222  8e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.315849  normal  0.782651 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4805  lytic murein transglycosylase B  40.57 
 
 		 348 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.785804  normal  0.425937 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2824  murein hydrolase B  40 
 
 		 361 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0997605  hitchhiker  0.00000822387 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4858  lytic murein transglycosylase B  40.57 
 
 		 336 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.080736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0616  lytic murein transglycosylase B  40.19 
 
 		 336 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.573967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1464  murein hydrolase B  40.6 
 
 		 364 aa  219  7e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3237  murein hydrolase B  40.24 
 
 		 383 aa  218  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3333  murein hydrolase B  40.87 
 
 		 356 aa  216  5e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3339  Zn-finger, DksA/TraR C4 type  38.34 
 
 		 341 aa  212  9e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000917071  normal  0.0196691 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3796  lytic murein transglycosylase B  40 
 
 		 336 aa  212  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0724  lytic murein transglycosylase B  38.34 
 
 		 362 aa  212  1e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3330  murein hydrolase B  38.14 
 
 		 381 aa  211  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1269  lytic murein transglycosylase B  37.08 
 
 		 381 aa  207  2e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.282145  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2709  lytic murein transglycosylase B  42.68 
 
 		 344 aa  207  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.31024  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0174  lytic murein transglycosylase B  39.35 
 
 		 330 aa  201  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.35243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2634  lytic murein transglycosylase B  37.42 
 
 		 329 aa  200  3e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1835  hypothetical protein  36.51 
 
 		 338 aa  199  6e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1838  hypothetical protein  36.51 
 
 		 338 aa  198  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1972  lytic murein transglycosylase B  39.75 
 
 		 341 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3151  lytic murein transglycosylase B  35.91 
 
 		 332 aa  192  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000109427  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3179  murein hydrolase B  39.14 
 
 		 382 aa  191  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2114  murein hydrolase B  37.85 
 
 		 373 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0697  lytic murein transglycosylase B  35.18 
 
 		 337 aa  188  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0681454  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0993  lytic murein transglycosylase B  33.7 
 
 		 354 aa  187  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000510709  normal  0.159999 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2590  lytic murein transglycosylase B  36.21 
 
 		 329 aa  186  5e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.164218  normal  0.320646 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1010  lytic murein transglycosylase B  36.57 
 
 		 327 aa  183  3e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1166  membrane-bound lytic transglycosylase, putative  32.51 
 
 		 354 aa  182  6e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3710  lytic murein transglycosylase B  40 
 
 		 337 aa  182  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000626578  hitchhiker  0.000372275 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0989  lytic murein transglycosylase B  32.88 
 
 		 354 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000275469  normal  0.0108965 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1054  lytic murein transglycosylase B  33.24 
 
 		 354 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000218585  hitchhiker  0.0074183 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3487  lytic murein transglycosylase B  37.14 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153409  hitchhiker  0.0000000197037 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1515  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  34.19 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.843974  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0853  lytic murein transglycosylase B  35.5 
 
 		 336 aa  177  3e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114292  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1547  lytic murein transglycosylase B  39.05 
 
 		 344 aa  177  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1090  lytic murein transglycosylase B  35.69 
 
 		 356 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00257265  hitchhiker  0.00000204091 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2871  lytic murein transglycosylase B  36.06 
 
 		 354 aa  177  4e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000283207  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3319  lytic murein transglycosylase B  36.23 
 
 		 356 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000245768  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>