More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0531 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011831  Cagg_1606  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  68.78 
 
 
456 aa  654  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.132217 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
472 aa  960  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1284  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  83.62 
 
 
482 aa  788  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.323089 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4495  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  62.87 
 
 
469 aa  607  1e-172  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  5.07978e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.47 
 
 
449 aa  351  2e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.09 
 
 
447 aa  347  4e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  40.39 
 
 
445 aa  342  6e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.3464e-13  hitchhiker  3.00152e-20 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40 
 
 
448 aa  339  5e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.30586e-35 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.52 
 
 
448 aa  340  5e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  5.99844e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.14 
 
 
448 aa  338  1e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  7.54849e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.18 
 
 
450 aa  338  1e-91  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.57 
 
 
450 aa  337  4e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.16014e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  41.25 
 
 
455 aa  336  7e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  43.2 
 
 
452 aa  334  2e-90  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.14 
 
 
444 aa  333  3e-90  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.27 
 
 
441 aa  332  1e-89  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.53 
 
 
438 aa  330  4e-89  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  40.09 
 
 
440 aa  329  6e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.47 
 
 
436 aa  329  7e-89  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  41.77 
 
 
466 aa  329  7e-89  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.7 
 
 
446 aa  327  2e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  1.43108e-05  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  42.67 
 
 
458 aa  328  2e-88  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  41.25 
 
 
472 aa  327  3e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.77 
 
 
442 aa  327  4e-88  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  6.0077e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.74 
 
 
440 aa  326  7e-88  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  2.98883e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  40.09 
 
 
440 aa  324  2e-87  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.52 
 
 
444 aa  323  3e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.62 
 
 
440 aa  323  5e-87  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  7.30864e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  39.34 
 
 
504 aa  322  6e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  36.44 
 
 
454 aa  322  1e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.66 
 
 
446 aa  322  1e-86  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  2.58003e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.34 
 
 
453 aa  322  1e-86  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  1.62674e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  36.23 
 
 
454 aa  320  4e-86  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.79 
 
 
442 aa  317  2e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  9.336e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  35.79 
 
 
471 aa  318  2e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.86 
 
 
487 aa  315  1e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  39.01 
 
 
462 aa  315  1e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  42.12 
 
 
432 aa  314  2e-84  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4276  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.6 
 
 
449 aa  313  3e-84  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  35.65 
 
 
454 aa  313  4e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4336  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.6 
 
 
449 aa  313  5e-84  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.412924 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.55 
 
 
470 aa  312  7e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  41.56 
 
 
483 aa  307  3e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  34.42 
 
 
445 aa  306  6e-82  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  37.72 
 
 
439 aa  306  6e-82  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.34 
 
 
469 aa  305  1e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.97 
 
 
486 aa  305  2e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.13 
 
 
469 aa  304  2e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.44 
 
 
430 aa  304  2e-81  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  1.36513e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.2 
 
 
445 aa  304  3e-81  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.46 
 
 
430 aa  301  1e-80  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.45 
 
 
435 aa  298  2e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.51 
 
 
436 aa  298  2e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.33 
 
 
467 aa  296  4e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.9 
 
 
437 aa  296  5e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.19 
 
 
441 aa  295  1e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.19 
 
 
441 aa  295  1e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.19 
 
 
441 aa  295  1e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  39.19 
 
 
441 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  39.19 
 
 
441 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.19 
 
 
441 aa  295  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.19 
 
 
441 aa  295  1e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.19 
 
 
441 aa  295  1e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.19 
 
 
441 aa  295  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.4 
 
 
441 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.4 
 
 
441 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.4 
 
 
441 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.4 
 
 
441 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.15 
 
 
442 aa  293  3e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.39 
 
 
450 aa  293  3e-78  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.03 
 
 
437 aa  293  5e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.63 
 
 
471 aa  292  9e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.19 
 
 
441 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1585  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.44 
 
 
444 aa  290  4e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.678841  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.99 
 
 
430 aa  289  6e-77  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2303  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.15 
 
 
467 aa  288  2e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.941264  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2811  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.63 
 
 
441 aa  287  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.21 
 
 
433 aa  287  3e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1444  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.65 
 
 
443 aa  286  5e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.6 
 
 
470 aa  285  1e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3331  hypothetical protein  38.06 
 
 
479 aa  285  1e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.66 
 
 
472 aa  284  3e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0538  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.45 
 
 
472 aa  283  5e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.45 
 
 
472 aa  282  8e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4072  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.23 
 
 
481 aa  282  1e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.53 
 
 
444 aa  281  2e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2966  2-alkenal reductase  39.18 
 
 
446 aa  281  2e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  2.12158e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37650  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.31 
 
 
440 aa  280  3e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.77 
 
 
463 aa  280  3e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4019  conserved hypothetical protein TIGR01125  39.19 
 
 
443 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3451  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.02 
 
 
476 aa  280  5e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0499  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.02 
 
 
476 aa  280  5e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.717124  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  34.9 
 
 
435 aa  280  5e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1834  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.3 
 
 
473 aa  280  5e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044841  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.79 
 
 
480 aa  280  5e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4016  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.64 
 
 
443 aa  279  7e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.588155  hitchhiker  0.00937866 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0543  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.23 
 
 
472 aa  279  8e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3800  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.23 
 
 
472 aa  279  8e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.32 
 
 
437 aa  278  1e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  35.74 
 
 
437 aa  278  1e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>