167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3617 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3617  putative excinuclease, subunit C  100 
 
 		 98 aa  201  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5558  excinuclease ABC subunit C  71.95 
 
 		 90 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2171  excinuclease ABC subunit C  54.32 
 
 		 110 aa  95.5  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000951078 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0876  excinuclease ABC subunit C  52.44 
 
 		 237 aa  94.7  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.644539 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5743  excinuclease ABC subunit C  51.22 
 
 		 289 aa  94.4  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.6194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2472  excinuclease ABC subunit C  56.25 
 
 		 86 aa  91.3  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.897508 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3398  hypothetical protein  50.62 
 
 		 116 aa  91.3  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.711714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2326  excinuclease ABC subunit C  48.78 
 
 		 291 aa  91.3  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.909879 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2461  excinuclease ABC subunit C  48.78 
 
 		 296 aa  90.9  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1115  Excinuclease ABC C subunit domain protein  50.62 
 
 		 109 aa  90.5  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2420  excinuclease ABC subunit C  48.78 
 
 		 285 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.180406 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1804  excinuclease ABC subunit C  48.78 
 
 		 295 aa  89.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2416  excinuclease ABC subunit C  48.78 
 
 		 299 aa  89.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0879  endo/excinuclease domain-containing protein  52.7 
 
 		 165 aa  88.2  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0737  endo/excinuclease domain-containing protein  47.56 
 
 		 298 aa  87.4  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.346537  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2276  endo/excinuclease domain-containing protein  47.56 
 
 		 304 aa  87.4  6e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3008  endo/excinuclease domain-containing protein  47.56 
 
 		 334 aa  87.4  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.975273  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1079  excinuclease ABC, C subunit, N-terminal  47.56 
 
 		 264 aa  87.4  6e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1589  endo/excinuclease domain-containing protein  47.56 
 
 		 322 aa  87.4  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.942614  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1238  endo/excinuclease domain-containing protein  46.34 
 
 		 284 aa  85.5  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1970  Excinuclease ABC C subunit domain protein  48.78 
 
 		 121 aa  82.8  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.712679  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1009  Excinuclease ABC C subunit domain protein  50.6 
 
 		 92 aa  83.2  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.53905  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2278  excinuclease ABC subunit C  52.05 
 
 		 89 aa  77.8  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0732686  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0080  excinuclease ABC subunit C  41.18 
 
 		 117 aa  77  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.76446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2084  Excinuclease ABC C subunit domain protein  46.58 
 
 		 88 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000359134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0452  Excinuclease ABC C subunit domain protein  50 
 
 		 84 aa  76.6  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122957  normal  0.760356 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0137  excinuclease ABC subunit C  45.98 
 
 		 139 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0489368 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4217  excinuclease ABC subunit C  43.53 
 
 		 163 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21070  predicted endonuclease containing a URI domain  44.44 
 
 		 100 aa  76.6  0.0000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3608  GIY-YIG nuclease superfamily protein  47.5 
 
 		 88 aa  75.5  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.942188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0136  excinuclease ABC subunit C  45.98 
 
 		 147 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0675  hypothetical protein  46.25 
 
 		 101 aa  73.9  0.0000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2126  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.29 
 
 		 105 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0446  excinuclease ABC subunit C  47.37 
 
 		 80 aa  73.6  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029981  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1312  Excinuclease ABC C subunit domain protein  54.84 
 
 		 88 aa  73.2  0.000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.12439  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03940  Excinuclease ABC C subunit domain protein  44.16 
 
 		 86 aa  72  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2891  excinuclease ABC subunit C  47.3 
 
 		 94 aa  71.6  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.625064  normal  0.178968 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0141  excinuclease ABC subunit C  43.04 
 
 		 92 aa  72  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0140  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.5 
 
 		 166 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1438  excinuclease ABC subunit C  42.31 
 
 		 86 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0131  excinuclease ABC subunit C  41.24 
 
 		 141 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0778  hypothetical protein  44.16 
 
 		 88 aa  70.9  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.68184  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1525  endonuclease  44.16 
 
 		 89 aa  71.2  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4370  excinuclease ABC subunit C  44.16 
 
 		 84 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1139  Excinuclease ABC C subunit domain protein  46.48 
 
 		 80 aa  70.5  0.000000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.138973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0507  excinuclease ABC subunit C  46.25 
 
 		 117 aa  70.5  0.000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0136  excinuclease ABC subunit C  43.68 
 
 		 140 aa  70.1  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.228252 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0544  excinuclease ABC subunit C  43.04 
 
 		 86 aa  70.1  0.000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3334  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.71 
 
 		 100 aa  70.1  0.000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.692644  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1073  Excinuclease ABC C subunit domain protein  44 
 
 		 90 aa  69.7  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0081744 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2194  excinuclease ABC subunit C  48.1 
 
 		 96 aa  70.1  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0550  Excinuclease ABC C subunit domain protein  43.59 
 
 		 100 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2636  Excinuclease ABC C subunit domain protein  47.14 
 
 		 77 aa  69.3  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.303825  normal  0.812434 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13970  predicted endonuclease containing a URI domain protein  40.23 
 
 		 151 aa  69.3  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1200  URI-like endonuclease  44.87 
 
 		 90 aa  69.3  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.221848  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3578  GIY-YIG nuclease superfamily protein  49.33 
 
 		 95 aa  68.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3712  GIY-YIG nuclease superfamily protein  49.33 
 
 		 95 aa  68.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4013  GIY-YIG nuclease superfamily protein  49.33 
 
 		 95 aa  68.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3752  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.5 
 
 		 84 aa  68.6  0.00000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1603  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.79 
 
 		 88 aa  68.6  0.00000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000181458  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0606  hypothetical protein  37.65 
 
 		 94 aa  68.6  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.383877  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3638  GIY-YIG nuclease superfamily protein  43.59 
 
 		 100 aa  68.2  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03022  hypothetical protein  43.59 
 
 		 100 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4475  GIY-YIG nuclease superfamily protein  43.59 
 
 		 100 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2011  endonuclease  43.55 
 
 		 98 aa  67.8  0.00000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000274341  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3616  GIY-YIG nuclease superfamily protein  43.59 
 
 		 100 aa  68.2  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02973  hypothetical protein  43.59 
 
 		 100 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3451  GIY-YIG nuclease superfamily protein  43.59 
 
 		 100 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0136  excinuclease ABC subunit C  37.65 
 
 		 167 aa  67.8  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0543  GIY-YIG nuclease superfamily protein  43.59 
 
 		 100 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.792444 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3347  GIY-YIG nuclease superfamily protein  43.59 
 
 		 100 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3453  Excinuclease ABC C subunit domain protein  50 
 
 		 100 aa  67.8  0.00000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.472079  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0597  GIY-YIG nuclease superfamily protein  46.05 
 
 		 99 aa  67.8  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1952  Excinuclease ABC C subunit domain protein  45.07 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0821  GIY-YIG nuclease superfamily protein  46.05 
 
 		 103 aa  67.8  0.00000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.594813  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0145  hypothetical protein  41.38 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0974  O-methyltransferase  41.56 
 
 		 330 aa  67.4  0.00000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0397708  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1867  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.74 
 
 		 80 aa  67  0.00000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000216284  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0126  hypothetical protein  45.07 
 
 		 82 aa  66.2  0.0000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0247  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.5 
 
 		 127 aa  66.2  0.0000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0133  excinuclease ABC subunit C  35.92 
 
 		 119 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02157  GIY-YIG nuclease superfamily protein  43.06 
 
 		 101 aa  65.5  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.433469  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0098  excinuclease ABC subunit C  38.37 
 
 		 107 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.807182  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3625  GIY-YIG nuclease superfamily protein  41.03 
 
 		 120 aa  65.5  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.791399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0115  excinuclease ABC subunit C  37.97 
 
 		 90 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1697  GIY-YIG domain-containing protein  39.47 
 
 		 97 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00497401  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1431  GIY-YIG domain-containing protein  39.47 
 
 		 96 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00206814  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0145  endonuclease  36.36 
 
 		 106 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1435  excinuclease ABC subunit C  38.46 
 
 		 88 aa  65.5  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3528  GIY-YIG nuclease superfamily protein  41.03 
 
 		 120 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3565  GIY-YIG nuclease superfamily protein  41.03 
 
 		 120 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3457  GIY-YIG nuclease superfamily protein  41.03 
 
 		 120 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0038  excinuclease ABC subunit C  42.67 
 
 		 97 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3459  GIY-YIG nuclease superfamily protein  41.03 
 
 		 120 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2257  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.79 
 
 		 91 aa  64.3  0.0000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.879636  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0682  excinuclease ABC subunit C  41.56 
 
 		 96 aa  63.9  0.0000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000227073  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0800  O-methyltransferase  36.46 
 
 		 338 aa  63.5  0.0000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000866383  hitchhiker  1.55907e-17 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02607  hypothetical URI domain endonuclease  42.5 
 
 		 118 aa  63.2  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4401  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  38.75 
 
 		 95 aa  63.2  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4762  excinuclease ABC subunit C  37.35 
 
 		 95 aa  63.2  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000128421 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>