200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0098 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0098  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 		 107 aa  222  1e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.807182  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0137  excinuclease ABC subunit C  75.95 
 
 		 139 aa  134  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0489368 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0136  excinuclease ABC subunit C  74.68 
 
 		 147 aa  133  8e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0136  excinuclease ABC subunit C  74.68 
 
 		 140 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.228252 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0131  excinuclease ABC subunit C  73.42 
 
 		 141 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4217  excinuclease ABC subunit C  70.89 
 
 		 163 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0145  hypothetical protein  67.9 
 
 		 122 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0115  excinuclease ABC subunit C  64.77 
 
 		 90 aa  125  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0140  Excinuclease ABC C subunit domain protein  62.79 
 
 		 166 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0133  excinuclease ABC subunit C  63.41 
 
 		 119 aa  121  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0136  excinuclease ABC subunit C  64.56 
 
 		 167 aa  121  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0141  excinuclease ABC subunit C  64.56 
 
 		 92 aa  120  7e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4762  excinuclease ABC subunit C  62.2 
 
 		 95 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000128421 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0038  excinuclease ABC subunit C  68.29 
 
 		 97 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4370  excinuclease ABC subunit C  62.82 
 
 		 84 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0145  endonuclease  56.32 
 
 		 106 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2824  excinuclease ABC subunit C  55.13 
 
 		 92 aa  94.7  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1452  excinuclease ABC subunit C  51.9 
 
 		 112 aa  85.5  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00178124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3712  GIY-YIG nuclease superfamily protein  54.12 
 
 		 95 aa  84.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1731  Excinuclease ABC C subunit domain protein  45 
 
 		 91 aa  84.7  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.26715  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3578  GIY-YIG nuclease superfamily protein  54.12 
 
 		 95 aa  84.7  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4013  GIY-YIG nuclease superfamily protein  54.12 
 
 		 95 aa  84.7  4e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0550  Excinuclease ABC C subunit domain protein  50 
 
 		 100 aa  84.3  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3457  GIY-YIG nuclease superfamily protein  45.83 
 
 		 120 aa  83.6  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3459  GIY-YIG nuclease superfamily protein  45.83 
 
 		 120 aa  83.6  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3565  GIY-YIG nuclease superfamily protein  45.83 
 
 		 120 aa  83.6  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3528  GIY-YIG nuclease superfamily protein  45.83 
 
 		 120 aa  83.6  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0675  hypothetical protein  47.19 
 
 		 101 aa  83.6  9e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3638  GIY-YIG nuclease superfamily protein  48.81 
 
 		 100 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03022  hypothetical protein  48.81 
 
 		 100 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0821  GIY-YIG nuclease superfamily protein  46.59 
 
 		 103 aa  82.4  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.594813  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3616  GIY-YIG nuclease superfamily protein  48.81 
 
 		 100 aa  82.8  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3451  GIY-YIG nuclease superfamily protein  48.81 
 
 		 100 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0543  GIY-YIG nuclease superfamily protein  48.81 
 
 		 100 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.792444 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3347  GIY-YIG nuclease superfamily protein  48.81 
 
 		 100 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3600  excinuclease ABC subunit C  48.1 
 
 		 159 aa  82  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4475  GIY-YIG nuclease superfamily protein  48.81 
 
 		 100 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02973  hypothetical protein  48.81 
 
 		 100 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3625  GIY-YIG nuclease superfamily protein  44.79 
 
 		 120 aa  81.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.791399  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3334  Excinuclease ABC C subunit domain protein  48.31 
 
 		 100 aa  82  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.692644  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3453  Excinuclease ABC C subunit domain protein  50.63 
 
 		 100 aa  81.3  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.472079  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1139  Excinuclease ABC C subunit domain protein  50 
 
 		 80 aa  80.5  0.000000000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.138973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3592  GIY-YIG nuclease superfamily protein  46.43 
 
 		 113 aa  79.3  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.394656  normal  0.0895016 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13970  predicted endonuclease containing a URI domain protein  40.21 
 
 		 151 aa  78.2  0.00000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2891  excinuclease ABC subunit C  42.5 
 
 		 94 aa  77.8  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.625064  normal  0.178968 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0448  excinuclease ABC subunit C  46.25 
 
 		 79 aa  78.2  0.00000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1438  excinuclease ABC subunit C  45.78 
 
 		 86 aa  77.4  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0544  excinuclease ABC subunit C  47.5 
 
 		 86 aa  77  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5558  excinuclease ABC subunit C  46.67 
 
 		 90 aa  76.6  0.00000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0879  endo/excinuclease domain-containing protein  49.37 
 
 		 165 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0597  GIY-YIG nuclease superfamily protein  49.37 
 
 		 99 aa  76.3  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0018  Excinuclease ABC C subunit domain protein  46.34 
 
 		 93 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2278  excinuclease ABC subunit C  45.98 
 
 		 89 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0732686  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1103  excinuclease ABC subunit C  39.53 
 
 		 87 aa  75.5  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2919  endonuclease  46.25 
 
 		 106 aa  75.9  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05350  hypothetical protein  40.43 
 
 		 104 aa  76.3  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1073  Excinuclease ABC C subunit domain protein  50 
 
 		 90 aa  74.3  0.0000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0081744 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2327  excinuclease ABC subunit C  45 
 
 		 99 aa  74.3  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.418538  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0507  excinuclease ABC subunit C  45.78 
 
 		 117 aa  73.9  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4401  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  37.36 
 
 		 95 aa  73.6  0.0000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0126  hypothetical protein  45.57 
 
 		 82 aa  73.2  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5743  excinuclease ABC subunit C  49.35 
 
 		 289 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.6194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1697  GIY-YIG domain-containing protein  42.68 
 
 		 97 aa  72.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00497401  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2636  Excinuclease ABC C subunit domain protein  47.37 
 
 		 77 aa  73.2  0.000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.303825  normal  0.812434 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2943  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.24 
 
 		 103 aa  72.4  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2851  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.24 
 
 		 103 aa  72.4  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1431  GIY-YIG domain-containing protein  42.68 
 
 		 96 aa  72.8  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00206814  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1525  endonuclease  40 
 
 		 89 aa  72.4  0.000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2420  excinuclease ABC subunit C  48.05 
 
 		 285 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.180406 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0606  hypothetical protein  47.62 
 
 		 94 aa  71.6  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.383877  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0019  Excinuclease ABC C subunit domain protein  45.12 
 
 		 93 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2326  excinuclease ABC subunit C  47.44 
 
 		 291 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.909879 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1238  endo/excinuclease domain-containing protein  47.44 
 
 		 284 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1804  excinuclease ABC subunit C  48.05 
 
 		 295 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2461  excinuclease ABC subunit C  48.05 
 
 		 296 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2416  excinuclease ABC subunit C  48.05 
 
 		 299 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2759  excinuclease ABC subunit C  39.24 
 
 		 103 aa  70.9  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00570056  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0876  excinuclease ABC subunit C  46.75 
 
 		 237 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.644539 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2428  hypothetical protein  41.67 
 
 		 83 aa  70.9  0.000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0737  endo/excinuclease domain-containing protein  47.44 
 
 		 298 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.346537  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02607  hypothetical URI domain endonuclease  47.06 
 
 		 118 aa  70.5  0.000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2276  endo/excinuclease domain-containing protein  47.44 
 
 		 304 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3008  endo/excinuclease domain-containing protein  47.44 
 
 		 334 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.975273  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1079  excinuclease ABC, C subunit, N-terminal  47.44 
 
 		 264 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1589  endo/excinuclease domain-containing protein  47.44 
 
 		 322 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.942614  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1952  Excinuclease ABC C subunit domain protein  44.74 
 
 		 130 aa  70.1  0.000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1435  excinuclease ABC subunit C  42.86 
 
 		 88 aa  69.7  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0778  hypothetical protein  40.48 
 
 		 88 aa  68.9  0.00000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.68184  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1603  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.68 
 
 		 88 aa  68.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000181458  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0522  excinuclease ABC subunit C  44.3 
 
 		 82 aa  69.3  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.199527  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0509  excinuclease ABC subunit C  44.3 
 
 		 82 aa  69.3  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.107949  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3752  Excinuclease ABC C subunit domain protein  43.42 
 
 		 84 aa  68.6  0.00000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2084  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.57 
 
 		 88 aa  68.6  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000359134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03940  Excinuclease ABC C subunit domain protein  43.04 
 
 		 86 aa  67.4  0.00000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3553  GIY-YIG nuclease superfamily protein  41.03 
 
 		 93 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.158193 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2257  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.03 
 
 		 91 aa  65.9  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.879636  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000538  excinuclease ABC C subunit  37.63 
 
 		 106 aa  65.5  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.559483  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3617  putative excinuclease, subunit C  38.37 
 
 		 98 aa  65.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3608  GIY-YIG nuclease superfamily protein  36.14 
 
 		 88 aa  65.1  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.942188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2126  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.59 
 
 		 105 aa  64.3  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>