167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1009 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1009  Excinuclease ABC C subunit domain protein  100 
 
 		 92 aa  184  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.53905  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3608  GIY-YIG nuclease superfamily protein  62.03 
 
 		 88 aa  99.4  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.942188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02157  GIY-YIG nuclease superfamily protein  54.22 
 
 		 101 aa  97.1  8e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.433469  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5558  excinuclease ABC subunit C  54.67 
 
 		 90 aa  87.8  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3617  putative excinuclease, subunit C  50.6 
 
 		 98 aa  83.2  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0452  Excinuclease ABC C subunit domain protein  50 
 
 		 84 aa  82  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122957  normal  0.760356 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0446  excinuclease ABC subunit C  50.65 
 
 		 80 aa  81.6  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029981  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2171  excinuclease ABC subunit C  48.65 
 
 		 110 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000951078 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2472  excinuclease ABC subunit C  45.21 
 
 		 86 aa  77.8  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.897508 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3398  hypothetical protein  48.05 
 
 		 116 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.711714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1115  Excinuclease ABC C subunit domain protein  49.33 
 
 		 109 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0879  endo/excinuclease domain-containing protein  46.91 
 
 		 165 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2919  endonuclease  37.65 
 
 		 106 aa  73.2  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21070  predicted endonuclease containing a URI domain  46.15 
 
 		 100 aa  72  0.000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1970  Excinuclease ABC C subunit domain protein  45.78 
 
 		 121 aa  71.2  0.000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.712679  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0778  hypothetical protein  41.77 
 
 		 88 aa  70.5  0.000000000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.68184  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03940  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.71 
 
 		 86 aa  68.2  0.00000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2420  excinuclease ABC subunit C  47.3 
 
 		 285 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.180406 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1804  excinuclease ABC subunit C  47.3 
 
 		 295 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2416  excinuclease ABC subunit C  47.3 
 
 		 299 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1238  endo/excinuclease domain-containing protein  47.3 
 
 		 284 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1525  endonuclease  39.29 
 
 		 89 aa  66.2  0.0000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2326  excinuclease ABC subunit C  48.61 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.909879 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2461  excinuclease ABC subunit C  48.61 
 
 		 296 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0737  endo/excinuclease domain-containing protein  45.95 
 
 		 298 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.346537  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5743  excinuclease ABC subunit C  47.22 
 
 		 289 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.6194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2276  endo/excinuclease domain-containing protein  45.95 
 
 		 304 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3008  endo/excinuclease domain-containing protein  45.95 
 
 		 334 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.975273  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1079  excinuclease ABC, C subunit, N-terminal  47.83 
 
 		 264 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1589  endo/excinuclease domain-containing protein  45.95 
 
 		 322 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.942614  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0141  excinuclease ABC subunit C  39.08 
 
 		 92 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2126  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.43 
 
 		 105 aa  64.3  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2943  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.71 
 
 		 103 aa  64.3  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0080  excinuclease ABC subunit C  38.55 
 
 		 117 aa  64.7  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.76446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2851  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.71 
 
 		 103 aa  64.3  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2636  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40 
 
 		 77 aa  63.5  0.0000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.303825  normal  0.812434 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2759  excinuclease ABC subunit C  41.56 
 
 		 103 aa  62.8  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00570056  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2084  Excinuclease ABC C subunit domain protein  35.44 
 
 		 88 aa  63.5  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000359134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4762  excinuclease ABC subunit C  35.44 
 
 		 95 aa  62.4  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000128421 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1603  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.5 
 
 		 88 aa  62.4  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000181458  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0131  excinuclease ABC subunit C  38.82 
 
 		 141 aa  62.4  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0675  hypothetical protein  41.77 
 
 		 101 aa  62.8  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0140  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.08 
 
 		 166 aa  62  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0876  excinuclease ABC subunit C  45.83 
 
 		 237 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.644539 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1952  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.8 
 
 		 130 aa  61.6  0.000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2891  excinuclease ABC subunit C  42.5 
 
 		 94 aa  61.6  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.625064  normal  0.178968 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2194  excinuclease ABC subunit C  43.75 
 
 		 96 aa  61.2  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0126  hypothetical protein  33.77 
 
 		 82 aa  60.8  0.000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1608  Excinuclease ABC C subunit domain protein  43.53 
 
 		 91 aa  60.8  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.143422  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0136  excinuclease ABC subunit C  37.8 
 
 		 147 aa  60.8  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0030  GIY-YIG nuclease superfamily protein  34.57 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0247  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.36 
 
 		 127 aa  60.5  0.000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0033  GIY-YIG nuclease superfamily protein  35.8 
 
 		 96 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0034  GIY-YIG nuclease superfamily protein  35.8 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0031  GIY-YIG nuclease superfamily protein  35.8 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0031  GIY-YIG nuclease superfamily protein  35.8 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0032  GIY-YIG nuclease superfamily protein  35.8 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0981  excinuclease ABC subunit C  38.16 
 
 		 137 aa  59.7  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.16466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0544  excinuclease ABC subunit C  37.8 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4217  excinuclease ABC subunit C  35.96 
 
 		 163 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1435  excinuclease ABC subunit C  35.62 
 
 		 88 aa  59.7  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0040  GIY-YIG nuclease superfamily protein  35.8 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0019  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.25 
 
 		 93 aa  60.1  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0145  hypothetical protein  37.8 
 
 		 122 aa  58.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1648  excinuclease ABC subunit C  34.18 
 
 		 117 aa  59.3  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.732413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3752  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.25 
 
 		 84 aa  58.9  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0040  GIY-YIG nuclease superfamily protein  38.36 
 
 		 87 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.573766  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5276  GIY-YIG nuclease superfamily protein  38.36 
 
 		 87 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0136  excinuclease ABC subunit C  35.96 
 
 		 167 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0030  GIY-YIG nuclease superfamily protein  35 
 
 		 96 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4370  excinuclease ABC subunit C  38.75 
 
 		 84 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0115  excinuclease ABC subunit C  31.11 
 
 		 90 aa  58.5  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0509  excinuclease ABC subunit C  35.14 
 
 		 82 aa  58.5  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.107949  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0522  excinuclease ABC subunit C  35.14 
 
 		 82 aa  58.5  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.199527  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0133  excinuclease ABC subunit C  37.8 
 
 		 119 aa  58.5  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1438  excinuclease ABC subunit C  33.33 
 
 		 86 aa  58.2  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0137  excinuclease ABC subunit C  36.47 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0489368 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13970  predicted endonuclease containing a URI domain protein  34.62 
 
 		 151 aa  58.2  0.00000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4162  Excinuclease ABC C subunit domain protein  32.47 
 
 		 97 aa  57.4  0.00000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1139  Excinuclease ABC C subunit domain protein  33.33 
 
 		 80 aa  57.4  0.00000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.138973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0136  excinuclease ABC subunit C  36.78 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.228252 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0550  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.54 
 
 		 100 aa  57  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0018  Excinuclease ABC C subunit domain protein  35 
 
 		 93 aa  56.2  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4244  GIY-YIG nuclease superfamily protein  37.04 
 
 		 94 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0044  GIY-YIG nuclease superfamily protein  38.89 
 
 		 86 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03022  hypothetical protein  40.54 
 
 		 100 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4401  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  33.78 
 
 		 95 aa  55.5  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0543  GIY-YIG nuclease superfamily protein  40.54 
 
 		 100 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.792444 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3055  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.36 
 
 		 103 aa  55.5  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3616  GIY-YIG nuclease superfamily protein  40.54 
 
 		 100 aa  55.8  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02973  hypothetical protein  40.54 
 
 		 100 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3763  excinuclease ABC subunit C  34.18 
 
 		 101 aa  55.5  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153845  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2278  excinuclease ABC subunit C  33.78 
 
 		 89 aa  55.5  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0732686  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1011  GIY-YIG nuclease superfamily protein  37.04 
 
 		 113 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4475  GIY-YIG nuclease superfamily protein  40.54 
 
 		 100 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2257  Excinuclease ABC C subunit domain protein  32.56 
 
 		 91 aa  55.5  0.0000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.879636  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3347  GIY-YIG nuclease superfamily protein  40.54 
 
 		 100 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3638  GIY-YIG nuclease superfamily protein  40.54 
 
 		 100 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3451  GIY-YIG nuclease superfamily protein  40.54 
 
 		 100 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0606  hypothetical protein  30 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.383877  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>