More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1301 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1251  integrase catalytic subunit  99.69 
 
 
333 aa  658    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.093017 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1280  integrase catalytic subunit  100 
 
 
463 aa  664    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.722165  normal  0.296416 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1301  integrase catalytic subunit  100 
 
 
321 aa  660    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117909 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4152  transposase ISRme5 (copy d)  100 
 
 
321 aa  658    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.29962  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1401  integrase catalytic subunit  61.3 
 
 
323 aa  399  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1424  integrase catalytic subunit  61.18 
 
 
323 aa  396  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2660  integrase catalytic subunit  61.92 
 
 
323 aa  397  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.271661 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2535  integrase catalytic subunit  60.06 
 
 
323 aa  390  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.557756 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0344  Integrase catalytic region  60 
 
 
325 aa  381  1e-105  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000845152  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3709  Integrase catalytic region  60.25 
 
 
325 aa  380  1e-104  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.108327 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0120  hypothetical protein  58.59 
 
 
497 aa  369  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0917  transposase  58.59 
 
 
327 aa  368  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1378  putative integrase  58.59 
 
 
325 aa  368  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00372186  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1782  putative integrase  58.41 
 
 
325 aa  369  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2179  transposase  58.72 
 
 
325 aa  370  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2194  putative transposase  58.41 
 
 
329 aa  369  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2250  putative transposase  58.59 
 
 
333 aa  368  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2493  transposase, putative  58.41 
 
 
325 aa  369  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2728  putative transposase  58.41 
 
 
441 aa  370  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1631  Integrase catalytic region  57.81 
 
 
329 aa  367  1e-100  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2447  integrase catalytic subunit  65.99 
 
 
238 aa  288  9e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0733  transposase, putative  53.02 
 
 
229 aa  222  7e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00518  transposase  59 
 
 
216 aa  215  7e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01280  transposase  59 
 
 
216 aa  215  7e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0995831  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3372  integrase catalytic region  40.97 
 
 
321 aa  208  9e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2917  integrase, catalytic region  38.59 
 
 
321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.437302 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7791  Integrase catalytic region  40.25 
 
 
323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562755  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1273  hypothetical protein  39.27 
 
 
314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0999856 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0224  integrase catalytic subunit  37.13 
 
 
316 aa  195  8.000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1767  integrase catalytic subunit  37.13 
 
 
316 aa  195  8.000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.417793 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1054  integrase catalytic subunit  37.13 
 
 
316 aa  195  9e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.161609  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1353  integrase catalytic subunit  37.13 
 
 
316 aa  195  9e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.4232  normal  0.0729626 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1780  integrase catalytic subunit  37.13 
 
 
316 aa  195  9e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0228632  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2400  integrase catalytic subunit  37.13 
 
 
316 aa  195  9e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.61618  normal  0.0278741 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0554  hypothetical protein  38.82 
 
 
314 aa  195  9e-49  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    unclonable  0.000000000279647 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0021  putative integrase  38.03 
 
 
332 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468061 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0793  putative integrase  38.03 
 
 
343 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.638394 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0952  hypothetical protein  38.02 
 
 
320 aa  192  8e-48  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0308  integrase, catalytic region  37.79 
 
 
316 aa  191  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0481  integrase, catalytic region  37.79 
 
 
316 aa  191  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791017  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1097  integrase, catalytic region  37.79 
 
 
316 aa  191  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.495543  normal  0.303219 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1296  integrase, catalytic region  37.79 
 
 
316 aa  191  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1717  integrase, catalytic region  37.79 
 
 
316 aa  191  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0171721  normal  0.307075 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2225  integrase, catalytic region  37.79 
 
 
316 aa  191  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00213091  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2818  integrase, catalytic region  37.79 
 
 
316 aa  191  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2899  integrase, catalytic region  37.79 
 
 
327 aa  191  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0219368 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2918  integrase, catalytic region  37.79 
 
 
316 aa  190  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.423404 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3258  Integrase catalytic region  34.95 
 
 
330 aa  188  9e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1176  hypothetical protein  39.93 
 
 
284 aa  187  2e-46  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.118975 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2721  Integrase catalytic region  36.01 
 
 
330 aa  187  2e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.562875  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0053  integrase catalytic subunit  36.16 
 
 
319 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.142705  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3839  hypothetical protein  36.16 
 
 
319 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.247548  normal  0.0595051 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3743  hypothetical protein  36.16 
 
 
319 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1814  integrase catalytic subunit  36.16 
 
 
319 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0485004  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1668  Integrase catalytic region  36.01 
 
 
330 aa  187  3e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412192  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0692  Integrase catalytic region  36.01 
 
 
330 aa  187  3e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.229145  normal  0.133209 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0366  integrase, catalytic region  39.43 
 
 
329 aa  186  4e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1293  integrase, catalytic region  39.43 
 
 
329 aa  186  5e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.345302  normal  0.407109 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2422  Integrase catalytic region  34.65 
 
 
330 aa  186  6e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2291  Integrase catalytic region  34.65 
 
 
348 aa  185  9e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.152349 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1875  Integrase catalytic region  34.65 
 
 
355 aa  185  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0702445 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25530  Integrase, catalytic domain-containing protein  42.01 
 
 
265 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0176  transposase, putative  36.36 
 
 
320 aa  184  3e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0481  integrase catalytic region  34.89 
 
 
463 aa  183  3e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1371  Fis family transcriptional regulator  56.8 
 
 
179 aa  178  9e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0199142  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5037  Integrase catalytic region  42.8 
 
 
274 aa  178  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5447  Integrase catalytic region  36.4 
 
 
277 aa  166  4e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.681137  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4022  Integrase catalytic region  37.04 
 
 
330 aa  165  9e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.500717  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7134  Integrase catalytic core  39.47 
 
 
303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2850  integrase, catalytic region  37.67 
 
 
329 aa  142  7e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0838  integrase, catalytic region  37.84 
 
 
286 aa  142  9e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204021  hitchhiker  0.00436144 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0529  integrase, catalytic core  37.78 
 
 
259 aa  140  3.9999999999999997e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0122  integrase, catalytic region  35.47 
 
 
221 aa  133  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3474  hypothetical protein  36.73 
 
 
206 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.180544 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2664  transcriptional regulator, putative  33.86 
 
 
284 aa  125  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3105  hypothetical protein  37.25 
 
 
290 aa  125  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1424  transcriptional regulator, putative  32.76 
 
 
288 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2626  transcriptional regulator, putative  32.19 
 
 
336 aa  119  7e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2665  transcriptional regulator, putative  31.8 
 
 
289 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1603  transcriptional regulator, putative  30.96 
 
 
302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2732  transcriptional regulator, putative  31.38 
 
 
289 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2839  transcriptional regulator, putative  31.38 
 
 
289 aa  117  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1128  integrase catalytic subunit  34.55 
 
 
280 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8690  putative integrase  44.9 
 
 
157 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1222  transcriptional regulator, putative  29.06 
 
 
293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3201  transcriptional regulator, putative  30.24 
 
 
288 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1420  transcriptional regulator, putative  30.3 
 
 
289 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1426  transcriptional regulator, putative  30.3 
 
 
289 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1454  transcriptional regulator, putative  30.3 
 
 
289 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0697104  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2928  transcriptional regulator, putative  30.3 
 
 
289 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2906  transcriptional regulator, putative  31.17 
 
 
288 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1327  transcriptional regulator, putative  29.74 
 
 
289 aa  112  9e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1116  transcriptional regulator, putative  33.06 
 
 
272 aa  107  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2557  integrase, catalytic region  40 
 
 
188 aa  104  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.805017  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1515  integrase catalytic region  36.69 
 
 
178 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.60322  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2980  hypothetical protein  32.29 
 
 
274 aa  97.4  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.653613  normal  0.40333 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00517  transposase  56.76 
 
 
115 aa  97.1  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3549  integrase catalytic region  33.53 
 
 
216 aa  94  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.032093 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6859  integrase catalytic region  28.57 
 
 
316 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0984063  normal  0.439407 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1518  hypothetical protein  45.74 
 
 
101 aa  89.4  7e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>