96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3201 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3201  transcriptional regulator, putative  100 
 
 
288 aa  597  1e-170  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1424  transcriptional regulator, putative  81.94 
 
 
288 aa  496  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2906  transcriptional regulator, putative  81.94 
 
 
288 aa  494  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2664  transcriptional regulator, putative  71.18 
 
 
284 aa  426  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1454  transcriptional regulator, putative  72.14 
 
 
289 aa  421  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0697104  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1327  transcriptional regulator, putative  73.43 
 
 
289 aa  421  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2928  transcriptional regulator, putative  72.14 
 
 
289 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1420  transcriptional regulator, putative  71.79 
 
 
289 aa  418  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1426  transcriptional regulator, putative  72.14 
 
 
289 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2626  transcriptional regulator, putative  69.52 
 
 
336 aa  411  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2732  transcriptional regulator, putative  68.86 
 
 
289 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2839  transcriptional regulator, putative  71.53 
 
 
289 aa  408  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2665  transcriptional regulator, putative  71.53 
 
 
289 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1603  transcriptional regulator, putative  67.71 
 
 
302 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1222  transcriptional regulator, putative  70.57 
 
 
293 aa  403  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1116  transcriptional regulator, putative  52.65 
 
 
272 aa  288  8e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1683  hypothetical protein  43.97 
 
 
275 aa  185  8e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3105  hypothetical protein  42.4 
 
 
290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1782  putative integrase  38.43 
 
 
325 aa  137  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2250  putative transposase  38.43 
 
 
333 aa  137  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2493  transposase, putative  38.43 
 
 
325 aa  137  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0120  hypothetical protein  38.84 
 
 
497 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0917  transposase  38.43 
 
 
327 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1378  putative integrase  38.43 
 
 
325 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00372186  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2179  transposase  38.43 
 
 
325 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2194  putative transposase  38.43 
 
 
329 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2728  putative transposase  38.43 
 
 
441 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0344  Integrase catalytic region  36.36 
 
 
325 aa  125  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000845152  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3709  Integrase catalytic region  36.36 
 
 
325 aa  125  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.108327 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1631  Integrase catalytic region  32.58 
 
 
329 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1371  Fis family transcriptional regulator  46.81 
 
 
179 aa  110  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0199142  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1301  integrase catalytic subunit  30.24 
 
 
321 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117909 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4152  transposase ISRme5 (copy d)  30.24 
 
 
321 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.29962  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1280  integrase catalytic subunit  30.86 
 
 
463 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.722165  normal  0.296416 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1251  integrase catalytic subunit  30.24 
 
 
333 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.093017 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1401  integrase catalytic subunit  30.71 
 
 
323 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2660  integrase catalytic subunit  32.03 
 
 
323 aa  99  8e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.271661 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1424  integrase catalytic subunit  30.29 
 
 
323 aa  97.8  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2535  integrase catalytic subunit  30.3 
 
 
323 aa  96.7  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.557756 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2917  integrase, catalytic region  41.41 
 
 
321 aa  96.3  5e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.437302 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3474  hypothetical protein  41.26 
 
 
206 aa  95.9  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.180544 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00518  transposase  30.4 
 
 
216 aa  95.5  9e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01280  transposase  30.4 
 
 
216 aa  95.5  9e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0995831  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3743  hypothetical protein  41.26 
 
 
319 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1814  integrase catalytic subunit  41.26 
 
 
319 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0485004  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3839  hypothetical protein  41.26 
 
 
319 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.247548  normal  0.0595051 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0053  integrase catalytic subunit  41.26 
 
 
319 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.142705  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_002978  WD0176  transposase, putative  27.68 
 
 
320 aa  92  9e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0366  integrase, catalytic region  28.12 
 
 
329 aa  90.9  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2899  integrase, catalytic region  28.12 
 
 
327 aa  90.5  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0219368 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1293  integrase, catalytic region  28.12 
 
 
329 aa  90.5  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.345302  normal  0.407109 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2918  integrase, catalytic region  28.12 
 
 
316 aa  89.7  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.423404 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0308  integrase, catalytic region  28.12 
 
 
316 aa  90.1  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2818  integrase, catalytic region  28.12 
 
 
316 aa  90.1  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0481  integrase, catalytic region  28.12 
 
 
316 aa  90.1  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791017  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1097  integrase, catalytic region  28.12 
 
 
316 aa  90.1  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.495543  normal  0.303219 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2225  integrase, catalytic region  28.12 
 
 
316 aa  90.1  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00213091  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1717  integrase, catalytic region  28.12 
 
 
316 aa  90.1  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0171721  normal  0.307075 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1296  integrase, catalytic region  28.12 
 
 
316 aa  90.1  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0224  integrase catalytic subunit  27.16 
 
 
316 aa  87.8  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1054  integrase catalytic subunit  27.16 
 
 
316 aa  87.8  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.161609  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1353  integrase catalytic subunit  27.16 
 
 
316 aa  87.8  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.4232  normal  0.0729626 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2557  integrase, catalytic region  37.14 
 
 
188 aa  87.4  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.805017  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1767  integrase catalytic subunit  27.16 
 
 
316 aa  87.8  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.417793 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1780  integrase catalytic subunit  27.16 
 
 
316 aa  87.8  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0228632  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2400  integrase catalytic subunit  27.16 
 
 
316 aa  87.8  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.61618  normal  0.0278741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25530  Integrase, catalytic domain-containing protein  27.23 
 
 
265 aa  85.9  7e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7134  Integrase catalytic core  27.23 
 
 
303 aa  80.9  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1518  hypothetical protein  42.7 
 
 
101 aa  76.6  0.0000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1515  integrase catalytic region  36.92 
 
 
178 aa  76.3  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.60322  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0952  hypothetical protein  24.44 
 
 
320 aa  76.3  0.0000000000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3372  integrase catalytic region  25 
 
 
321 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1875  Integrase catalytic region  35.11 
 
 
355 aa  73.9  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0702445 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2291  Integrase catalytic region  35.11 
 
 
348 aa  73.9  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.152349 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2980  hypothetical protein  25.55 
 
 
274 aa  73.6  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.653613  normal  0.40333 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3258  Integrase catalytic region  35.11 
 
 
330 aa  73.6  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2721  Integrase catalytic region  35.11 
 
 
330 aa  73.6  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.562875  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2422  Integrase catalytic region  35.11 
 
 
330 aa  73.2  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0481  integrase catalytic region  35.16 
 
 
463 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0692  Integrase catalytic region  35.11 
 
 
330 aa  73.6  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.229145  normal  0.133209 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1668  Integrase catalytic region  35.11 
 
 
330 aa  73.6  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412192  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1176  hypothetical protein  23.93 
 
 
284 aa  73.2  0.000000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.118975 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1273  hypothetical protein  32.62 
 
 
314 aa  72.4  0.000000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0999856 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0554  hypothetical protein  23.83 
 
 
314 aa  72  0.00000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    unclonable  0.000000000279647 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0122  integrase, catalytic region  32.81 
 
 
221 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7791  Integrase catalytic region  24 
 
 
323 aa  62.8  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562755  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5037  Integrase catalytic region  31.75 
 
 
274 aa  62  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8690  putative integrase  30.16 
 
 
157 aa  60.5  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5447  Integrase catalytic region  39.76 
 
 
277 aa  55.5  0.0000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.681137  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0529  integrase, catalytic core  23.37 
 
 
259 aa  55.1  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0838  integrase, catalytic region  22.49 
 
 
286 aa  53.9  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204021  hitchhiker  0.00436144 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2850  integrase, catalytic region  22.49 
 
 
329 aa  53.9  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0793  putative integrase  24.14 
 
 
343 aa  53.1  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.638394 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0021  putative integrase  24.14 
 
 
332 aa  53.5  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468061 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0142  integrase, catalytic region  35.62 
 
 
111 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4022  Integrase catalytic region  22.97 
 
 
330 aa  45.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.500717  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>