96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1116 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_1116  transcriptional regulator, putative  100 
 
 
272 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1424  transcriptional regulator, putative  55.22 
 
 
288 aa  288  7e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3201  transcriptional regulator, putative  52.65 
 
 
288 aa  288  8e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1420  transcriptional regulator, putative  57.44 
 
 
289 aa  285  4e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1426  transcriptional regulator, putative  57.44 
 
 
289 aa  285  5e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2928  transcriptional regulator, putative  57.44 
 
 
289 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1454  transcriptional regulator, putative  57.44 
 
 
289 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0697104  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2665  transcriptional regulator, putative  56.11 
 
 
289 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2732  transcriptional regulator, putative  56.11 
 
 
289 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2839  transcriptional regulator, putative  56.11 
 
 
289 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1603  transcriptional regulator, putative  54.83 
 
 
302 aa  281  6.000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1327  transcriptional regulator, putative  55.51 
 
 
289 aa  275  6e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2664  transcriptional regulator, putative  56.4 
 
 
284 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2626  transcriptional regulator, putative  54.81 
 
 
336 aa  268  5e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2906  transcriptional regulator, putative  52.63 
 
 
288 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1222  transcriptional regulator, putative  52.61 
 
 
293 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1683  hypothetical protein  44.74 
 
 
275 aa  180  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3105  hypothetical protein  45.38 
 
 
290 aa  176  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0120  hypothetical protein  36.44 
 
 
497 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0917  transposase  36.44 
 
 
327 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1378  putative integrase  36.44 
 
 
325 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00372186  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1782  putative integrase  36.44 
 
 
325 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2179  transposase  36.44 
 
 
325 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2194  putative transposase  36.44 
 
 
329 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2250  putative transposase  36.44 
 
 
333 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2493  transposase, putative  36.44 
 
 
325 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2728  putative transposase  36.44 
 
 
441 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1631  Integrase catalytic region  35.15 
 
 
329 aa  112  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1371  Fis family transcriptional regulator  56.14 
 
 
179 aa  109  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0199142  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0344  Integrase catalytic region  34.75 
 
 
325 aa  107  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000845152  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3709  Integrase catalytic region  34.75 
 
 
325 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.108327 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1280  integrase catalytic subunit  33.06 
 
 
463 aa  95.5  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.722165  normal  0.296416 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1251  integrase catalytic subunit  33.06 
 
 
333 aa  94.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.093017 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1301  integrase catalytic subunit  33.06 
 
 
321 aa  94.7  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117909 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4152  transposase ISRme5 (copy d)  33.06 
 
 
321 aa  94.7  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.29962  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2660  integrase catalytic subunit  33.61 
 
 
323 aa  93.2  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.271661 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00518  transposase  34.48 
 
 
216 aa  92.4  6e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01280  transposase  34.48 
 
 
216 aa  92.4  6e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0995831  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1424  integrase catalytic subunit  32.35 
 
 
323 aa  89.4  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3474  hypothetical protein  46.49 
 
 
206 aa  87.4  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.180544 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1401  integrase catalytic subunit  33.19 
 
 
323 aa  87.8  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3839  hypothetical protein  46.49 
 
 
319 aa  86.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.247548  normal  0.0595051 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3743  hypothetical protein  46.49 
 
 
319 aa  86.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1814  integrase catalytic subunit  46.49 
 
 
319 aa  86.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0485004  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0053  integrase catalytic subunit  46.49 
 
 
319 aa  86.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.142705  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2535  integrase catalytic subunit  31.51 
 
 
323 aa  85.1  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.557756 
 
 
-
 
NC_002978  WD0176  transposase, putative  39.53 
 
 
320 aa  83.2  0.000000000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0554  hypothetical protein  37.98 
 
 
314 aa  80.9  0.00000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    unclonable  0.000000000279647 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2917  integrase, catalytic region  37.98 
 
 
321 aa  77.8  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.437302 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1515  integrase catalytic region  42.61 
 
 
178 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.60322  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2557  integrase, catalytic region  40 
 
 
188 aa  76.3  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.805017  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0952  hypothetical protein  36.43 
 
 
320 aa  75.5  0.0000000000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1518  hypothetical protein  44.44 
 
 
101 aa  75.1  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1273  hypothetical protein  36.43 
 
 
314 aa  74.3  0.000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0999856 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1668  Integrase catalytic region  41.82 
 
 
330 aa  73.6  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412192  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2291  Integrase catalytic region  41.82 
 
 
348 aa  73.6  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.152349 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2721  Integrase catalytic region  41.82 
 
 
330 aa  73.6  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.562875  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3258  Integrase catalytic region  41.82 
 
 
330 aa  73.6  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1875  Integrase catalytic region  41.82 
 
 
355 aa  73.9  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0702445 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2899  integrase, catalytic region  41.59 
 
 
327 aa  73.6  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0219368 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0692  Integrase catalytic region  41.82 
 
 
330 aa  73.6  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.229145  normal  0.133209 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0481  integrase catalytic region  38.94 
 
 
463 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0481  integrase, catalytic region  41.59 
 
 
316 aa  73.2  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791017  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0366  integrase, catalytic region  41.59 
 
 
329 aa  72.8  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2818  integrase, catalytic region  41.59 
 
 
316 aa  73.2  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1097  integrase, catalytic region  41.59 
 
 
316 aa  73.2  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.495543  normal  0.303219 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1296  integrase, catalytic region  41.59 
 
 
316 aa  73.2  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2225  integrase, catalytic region  41.59 
 
 
316 aa  73.2  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00213091  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0308  integrase, catalytic region  41.59 
 
 
316 aa  73.2  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1717  integrase, catalytic region  41.59 
 
 
316 aa  73.2  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0171721  normal  0.307075 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2918  integrase, catalytic region  41.59 
 
 
316 aa  73.2  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.423404 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1293  integrase, catalytic region  41.59 
 
 
329 aa  72.8  0.000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.345302  normal  0.407109 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1176  hypothetical protein  37.1 
 
 
284 aa  72.4  0.000000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.118975 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2422  Integrase catalytic region  40.91 
 
 
330 aa  72  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7134  Integrase catalytic core  39.17 
 
 
303 aa  71.2  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0224  integrase catalytic subunit  40 
 
 
316 aa  71.2  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1054  integrase catalytic subunit  40 
 
 
316 aa  71.2  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.161609  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1353  integrase catalytic subunit  40 
 
 
316 aa  71.2  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.4232  normal  0.0729626 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1767  integrase catalytic subunit  40 
 
 
316 aa  71.2  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.417793 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2400  integrase catalytic subunit  40 
 
 
316 aa  71.2  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.61618  normal  0.0278741 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1780  integrase catalytic subunit  40 
 
 
316 aa  71.2  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0228632  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3372  integrase catalytic region  38.94 
 
 
321 aa  68.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25530  Integrase, catalytic domain-containing protein  40.91 
 
 
265 aa  68.2  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0122  integrase, catalytic region  36.28 
 
 
221 aa  65.9  0.0000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7791  Integrase catalytic region  25.94 
 
 
323 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562755  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2980  hypothetical protein  30.19 
 
 
274 aa  60.1  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.653613  normal  0.40333 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8690  putative integrase  29.48 
 
 
157 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5447  Integrase catalytic region  41.77 
 
 
277 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.681137  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5037  Integrase catalytic region  31.53 
 
 
274 aa  49.7  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0838  integrase, catalytic region  43.1 
 
 
286 aa  46.2  0.0005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204021  hitchhiker  0.00436144 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0529  integrase, catalytic core  45.45 
 
 
259 aa  46.2  0.0005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2850  integrase, catalytic region  43.1 
 
 
329 aa  46.2  0.0006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0021  putative integrase  30.91 
 
 
332 aa  45.8  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468061 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0793  putative integrase  30.91 
 
 
343 aa  45.4  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.638394 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0142  integrase, catalytic region  43.1 
 
 
111 aa  44.3  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6859  integrase catalytic region  32.26 
 
 
316 aa  42.4  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0984063  normal  0.439407 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>