138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3875 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3875  transport-associated  100 
 
 		 214 aa  431  1e-120  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.835805  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0632  transport-associated  65.02 
 
 		 218 aa  267  1e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0408  transport-associated  67.91 
 
 		 224 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0273  transport-associated  64.53 
 
 		 221 aa  252  3e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0416  transport-associated  66.84 
 
 		 224 aa  250  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0628  transport-associated  66.3 
 
 		 215 aa  247  8e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0393  transport-associated  68.97 
 
 		 222 aa  236  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0231244 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1637  transport-associated  61.2 
 
 		 229 aa  223  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0588013 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3764  hypothetical protein  56.02 
 
 		 227 aa  207  9e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.831681  normal  0.0879223 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1064  transport-associated protein  54.03 
 
 		 243 aa  202  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21469 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3442  transport-associated  49.48 
 
 		 219 aa  182  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.933167  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4816  transport-associated  52.97 
 
 		 258 aa  178  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2285  transport-associated  49.22 
 
 		 194 aa  167  8e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.590876 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3428  transport-associated  45.3 
 
 		 284 aa  157  9e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.179471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0500  transport-associated protein  42.93 
 
 		 222 aa  155  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.476678 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0125  transport-associated  48.15 
 
 		 267 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3575  transport-associated protein  40.91 
 
 		 220 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.913691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3146  transporter, putative  46.84 
 
 		 266 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2799  transporter, putative  45.88 
 
 		 266 aa  150  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00116321  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0039  phospholipid-binding domain-containing protein  45.88 
 
 		 266 aa  150  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0218  transport-associated  48.45 
 
 		 265 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.011843 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0022  putative phospholipid-binding protein  45.88 
 
 		 266 aa  150  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0386174  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3817  putative phospholipid-binding protein  45.88 
 
 		 266 aa  150  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.262069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3898  putative phospholipid-binding protein  45.88 
 
 		 266 aa  150  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1744  putative phospholipid-binding protein  46.32 
 
 		 256 aa  149  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3178  putative phospholipid-binding protein  46.32 
 
 		 256 aa  149  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0204  transport-associated  47.83 
 
 		 265 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0273  transport-associated  46.58 
 
 		 266 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0122562 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3462  transport-associated  41.15 
 
 		 272 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3263  transport-associated protein  37.44 
 
 		 272 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.369629  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3393  periplasmic or secreted lipoprotein  45.96 
 
 		 265 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2814  transport-associated  46.58 
 
 		 266 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0292  transport-associated  46.58 
 
 		 266 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0199  transport-associated protein  48.37 
 
 		 265 aa  144  9e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.89233  unclonable  0.00000000000748386 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2206  transport-associated protein  47.59 
 
 		 195 aa  143  2e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0036  transport-associated  38.22 
 
 		 216 aa  142  5e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0240953  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0407  transport-associated  45.81 
 
 		 265 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4311  periplasmic phospholipid binding protein  45.23 
 
 		 264 aa  138  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3264  putative signal peptide protein  41.33 
 
 		 271 aa  135  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3134  transport-associated  40.62 
 
 		 272 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0032  transport-associated  40.53 
 
 		 216 aa  128  7.000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000573132  hitchhiker  0.000000102595 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0106  hypothetical protein  48.37 
 
 		 190 aa  124  9e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.277757  normal  0.0163837 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4422  lipoprotein, putative  43.14 
 
 		 192 aa  122  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.303803  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0194  transport-associated protein  48.82 
 
 		 195 aa  122  4e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.491972  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4116  transport-associated protein  43.14 
 
 		 192 aa  121  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0353  periplasmic or secreted lipoprotein  46.3 
 
 		 200 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0930  transport-associated  38.54 
 
 		 192 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4526  transport-associated  38.42 
 
 		 192 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1322  transport-associated protein  38.42 
 
 		 192 aa  118  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4402  transport-associated  37.89 
 
 		 192 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.148625 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3992  transport-associated  36.63 
 
 		 188 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4102  transport-associated  36.63 
 
 		 188 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4072  transport-associated  36.63 
 
 		 188 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4190  transport-associated  36.63 
 
 		 188 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3687  transport-associated  33.33 
 
 		 188 aa  112  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0258  transport-associated  33.33 
 
 		 188 aa  112  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3883  transport-associated  33.33 
 
 		 188 aa  112  6e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2203  transport-associated  37.76 
 
 		 188 aa  111  7.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.801164  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0297  putative lipoprotein  33.33 
 
 		 188 aa  109  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0249  transport-associated  35.47 
 
 		 189 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0386  transport-associated  32.98 
 
 		 189 aa  105  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3357  putative lipoprotein  33.15 
 
 		 188 aa  105  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3695  transport-associated  34.48 
 
 		 188 aa  105  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.904296  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4687  transport-associated protein  36.72 
 
 		 192 aa  105  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.314355  normal  0.0505791 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57510  putative secreted lipoprotein  38.31 
 
 		 192 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0224  transport-associated  31.76 
 
 		 189 aa  103  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.130883  normal  0.197651 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13110  hypothetical protein  36.84 
 
 		 161 aa  103  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0270  transport-associated  32.57 
 
 		 191 aa  102  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000691335  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0349  transport-associated protein  31.4 
 
 		 189 aa  102  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.118689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4998  putative lipoprotein  37.66 
 
 		 192 aa  101  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.263747  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4254  transport-associated  31.18 
 
 		 189 aa  100  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000113499 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4435  putative transport protein  33.15 
 
 		 202 aa  96.7  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0908  transport-associated  35.58 
 
 		 177 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00888  hypothetical protein  32.67 
 
 		 219 aa  96.3  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0737  hypothetical protein  34.68 
 
 		 195 aa  95.1  8e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.131598  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004504  putative hemolysin  32.8 
 
 		 221 aa  94.7  9e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000407403  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3148  putative lipoprotein  30.73 
 
 		 192 aa  94  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3785  hypothetical protein  35.75 
 
 		 191 aa  94  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00453791  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4339  hypothetical protein  33.69 
 
 		 191 aa  93.6  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.135394 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03017  hypothetical protein  33.97 
 
 		 191 aa  89.4  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0555  transport-associated  33.97 
 
 		 191 aa  89.4  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3622  hypothetical protein  33.97 
 
 		 191 aa  89.4  4e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4469  hypothetical protein  33.97 
 
 		 191 aa  89.4  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02968  hypothetical protein  33.97 
 
 		 191 aa  89.4  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3342  hypothetical protein  33.97 
 
 		 191 aa  89.4  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3632  hypothetical protein  33.97 
 
 		 191 aa  89.4  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3445  hypothetical protein  33.97 
 
 		 191 aa  89.4  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0548  hypothetical protein  33.97 
 
 		 191 aa  89.4  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.496742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3456  hypothetical protein  33.97 
 
 		 191 aa  88.2  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3525  hypothetical protein  33.97 
 
 		 191 aa  88.2  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.950572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3454  hypothetical protein  33.97 
 
 		 191 aa  88.2  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3622  hypothetical protein  33.97 
 
 		 191 aa  88.2  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3562  hypothetical protein  33.97 
 
 		 191 aa  88.2  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0498  transport-associated  32.47 
 
 		 290 aa  88.6  7e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3063  hypothetical protein  29.95 
 
 		 190 aa  88.2  8e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2920  hypothetical protein  36.97 
 
 		 190 aa  87.8  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2657  putative lipoprotein  30.43 
 
 		 195 aa  87.8  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1123  hypothetical protein  33.97 
 
 		 191 aa  87.8  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0472  hypothetical protein  33.33 
 
 		 191 aa  85.9  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0305  hypothetical protein  33.71 
 
 		 190 aa  86.3  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0106896  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>