164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0016 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0058  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.429092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0073  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0767991 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0019  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0014  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0019    93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0026  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327686  normal  0.305565 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0023  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00187779  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0046  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0289454  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0061  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.652795 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0001  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.857987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0067  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.002729  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0026  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.151797  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0065  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000612595  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0001  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.587536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0028  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.242939  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0004  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0165875 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0004  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.40819e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0024  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.578879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0005  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0017  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0205795  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0068  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0493446  normal  0.903824 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0066  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0081  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000262166  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t18  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA19  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.488771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R46  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856686  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R75  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0688488  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0008  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.825941  normal  0.0317691 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0011  tRNA-Gln  85.48 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0070  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.374652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0044  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.275376 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0014  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.474255  normal  0.24378 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0015  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365427  normal  0.400071 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0029  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0055  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5319  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.11036  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0033  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0067  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963096  normal  0.0255259 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0014  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323389  normal  0.291127 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0047  tRNA-Gln  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t18  tRNA-Gln  84.06 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3091  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t54  tRNA-Gln  84.06 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0869713 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt012  tRNA-Gln  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00741063  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0002  tRNA-Gln  87.76 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0047  tRNA-Gln  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00177856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0406  tRNA-Gln  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.426479  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0022  tRNA-Gln  84.06 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.310652  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0012  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61760  tRNA-Gln  84.06 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.486139  hitchhiker  0.00483017 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0018  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0028  tRNA-Gln  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.522399  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0048  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.807187  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60300  tRNA-Gln  84.06 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.18805  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60290  tRNA-Gln  84.06 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.184905  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gln-3  tRNA-Gln  86.54 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.926343  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gln-4  tRNA-Gln  86.54 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0052  tRNA-Gln  83.33 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0093  tRNA-Gln  86.54 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0638  tRNA-Gln  86.54 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00000166232  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>