125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1951 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1951  cobalt transport protein CbiM  100 
 
 
211 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70301  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3436  cobalt transport protein CbiM  59.6 
 
 
203 aa  201  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.790482  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1959  cobalt transport protein CbiM  55.84 
 
 
208 aa  200  1e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3140  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  58.38 
 
 
430 aa  185  3e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00188953  normal  0.574819 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2022  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  52.76 
 
 
197 aa  184  1e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  9.20884e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3139  cobalt transport protein CbiM  55.72 
 
 
204 aa  182  3e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3500  cobalt transport protein CbiM  53.77 
 
 
211 aa  182  4e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1190  cobalt transport protein CbiM  55.84 
 
 
204 aa  179  4e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  4.65772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3138  cobalt transport protein CbiM  54.5 
 
 
208 aa  177  7e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0756  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  52.26 
 
 
204 aa  172  5e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.535261  normal  0.785347 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1321  cobalt transport protein CbiM  50.72 
 
 
211 aa  169  3e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1365  cobalt transport protein CbiM  50.72 
 
 
211 aa  169  3e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2093  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  51.78 
 
 
201 aa  162  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00179951  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3207  cobalt transport protein CbiM  50 
 
 
205 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.268984  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1936  cobalt transport protein CbiM  57.5 
 
 
204 aa  150  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.219318 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1346  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  45.92 
 
 
198 aa  142  3e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0137458  unclonable  1.05881e-06 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1133  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  44.16 
 
 
198 aa  138  7e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.540876 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1471  cobalt transport protein CbiM  53.5 
 
 
207 aa  136  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.699456  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3947  cobalt transport protein CbiM  52.02 
 
 
205 aa  135  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0171  cobalt transport protein CbiM  40.61 
 
 
194 aa  122  4e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0543  cobalt transport protein CbiM  39.8 
 
 
193 aa  119  4e-26  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0557  cobalt transport protein CbiM  37.06 
 
 
195 aa  113  2e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.583466  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2474  cobalt transport protein CbiM  36.82 
 
 
201 aa  111  1e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2782  cobalt transport protein CbiM  34.43 
 
 
214 aa  92.4  4e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.104857  decreased coverage  0.00186647 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1044  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  34.12 
 
 
246 aa  86.3  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.116161 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4360  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  34.47 
 
 
328 aa  84.3  1e-15  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2184  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.73 
 
 
241 aa  82  5e-15  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00256059 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0273  cobalt transport protein CbiM  36.84 
 
 
231 aa  79.7  3e-14  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.163023  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0174  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.49 
 
 
326 aa  79  4e-14  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.801433  normal  0.632766 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2131  cobalt transport protein CbiM  33.65 
 
 
197 aa  79  5e-14  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0743  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.05 
 
 
241 aa  75.9  4e-13  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0772  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.05 
 
 
241 aa  75.5  6e-13  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0519153  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0298  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.33 
 
 
213 aa  74.7  9e-13  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.306858  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2567  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.09 
 
 
216 aa  73.9  2e-12  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.29234  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1803  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  29.25 
 
 
352 aa  72  5e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000373388  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1739  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.27 
 
 
204 aa  72  6e-12  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.749284  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1755  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.52 
 
 
306 aa  72  7e-12  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.379762  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0062  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.92 
 
 
213 aa  70.1  2e-11  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000311798  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1351  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.38 
 
 
233 aa  66.2  3e-10  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.309906  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2752  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.33 
 
 
354 aa  66.2  3e-10  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4293  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  39.39 
 
 
230 aa  65.5  5e-10  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1480  cobalt transport protein CbiM  29.67 
 
 
213 aa  65.5  5e-10  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1279  cobalamin biosynthesis protein CbiM, putative  32.37 
 
 
343 aa  64.3  1e-09  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0499926  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1780  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.94 
 
 
307 aa  63.5  2e-09  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.347196  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2352  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.84 
 
 
310 aa  63.9  2e-09  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.235435  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1148  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.12 
 
 
218 aa  63.9  2e-09  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00870535  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4182  cobalt transport protein CbiM  32.6 
 
 
251 aa  63.2  3e-09  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2291  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.77 
 
 
235 aa  63.2  3e-09  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.372139 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1085  hypothetical protein  30.7 
 
 
231 aa  63.2  3e-09  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0512  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.97 
 
 
343 aa  62  6e-09  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.21192 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1327  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.11 
 
 
229 aa  62  6e-09  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.871033  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2134  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.33 
 
 
261 aa  61.6  8e-09  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3808  cobalt transport protein CbiM  31.28 
 
 
245 aa  61.6  8e-09  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0780  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  29.38 
 
 
348 aa  61.2  1e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.7293e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3892  cobalt transport protein CbiM  31 
 
 
256 aa  60.1  2e-08  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.885543 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0163  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.37 
 
 
310 aa  60.1  2e-08  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.118647  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4058  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.05 
 
 
235 aa  60.5  2e-08  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.815174  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1292  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  27.36 
 
 
299 aa  60.5  2e-08  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.46518  normal  0.800906 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1450  cobalt transport protein CbiM  39.47 
 
 
226 aa  59.7  3e-08  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.208192  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5179  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  26.92 
 
 
229 aa  59.7  3e-08  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2441  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.86 
 
 
346 aa  59.3  4e-08  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.365569  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1927  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.79 
 
 
242 aa  58.5  7e-08  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1370  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.97 
 
 
232 aa  58.5  7e-08  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.711039  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0031  cobalt transport protein CbiM  25.23 
 
 
212 aa  58.2  9e-08  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2762  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.44 
 
 
348 aa  58.2  1e-07  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1766  cobalt transport protein CbiM  25.23 
 
 
212 aa  57  2e-07  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.386006  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0192  cobalt transport protein CbiM  36.67 
 
 
230 aa  57  2e-07  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0108763  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3004  cobalt transport protein CbiM  32.56 
 
 
321 aa  56.2  3e-07  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1558  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.88 
 
 
202 aa  55.8  4e-07  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2565  cobalt transport protein CbiM  34.21 
 
 
239 aa  56.2  4e-07  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.779557  normal  0.114693 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2063  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.63 
 
 
232 aa  55.5  5e-07  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0721765  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2109  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.63 
 
 
232 aa  55.5  5e-07  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.494306  normal  0.0409829 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2046  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.63 
 
 
232 aa  55.5  5e-07  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1767  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.12 
 
 
219 aa  55.8  5e-07  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.113369  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1959  cobalt transport protein CbiM  37.17 
 
 
226 aa  55.8  5e-07  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0330  cobalt transport protein CbiM  26.29 
 
 
325 aa  55.1  7e-07  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0882  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  40.35 
 
 
421 aa  55.1  8e-07  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1243  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.73 
 
 
233 aa  54.3  1e-06  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  3.23865e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0790  cobalt transport protein CbiM  28.3 
 
 
225 aa  53.9  2e-06  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2769  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.48 
 
 
342 aa  53.5  2e-06  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0146  cobalt transport protein CbiM  29 
 
 
221 aa  53.9  2e-06  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0185688  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11090  cobalt transport protein CbiM  30.6 
 
 
339 aa  53.9  2e-06  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  3.40042e-06  normal  0.0123253 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0391  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.73 
 
 
202 aa  53.5  2e-06  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.026574  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0531  cobalt transport protein CbiM  33.97 
 
 
230 aa  53.9  2e-06  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0681  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  26.17 
 
 
333 aa  53.9  2e-06  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2002  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  26.67 
 
 
355 aa  53.1  3e-06  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.38373e-24 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2621  cobalt transport protein CbiM  30.39 
 
 
214 aa  53.1  3e-06  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.78373  normal  0.0472515 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1182  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.31 
 
 
331 aa  53.1  3e-06  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00505251  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1200  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.48 
 
 
347 aa  52.8  4e-06  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.028093  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1057  cobalt transport protein CbiM  38.05 
 
 
330 aa  52.4  4e-06  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1702  cobalamin biosynthesis protein CbiM  28.31 
 
 
231 aa  52.4  5e-06  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.254913  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1637  cobalt transport protein CbiM  33.33 
 
 
242 aa  52.4  5e-06  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  hitchhiker  0.000771093 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1402  cobalt transport protein CbiM  28.5 
 
 
212 aa  52.4  5e-06  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1863  cobalt transport protein CbiM  31.14 
 
 
352 aa  51.6  9e-06  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.292788  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2225  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.82 
 
 
359 aa  51.2  1e-05  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000325574  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2305  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.17 
 
 
210 aa  50.1  2e-05  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.707195 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0725  cobalt transport protein CbiM  28.72 
 
 
225 aa  50.4  2e-05  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.145999 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0472  cobalt transport protein CbiM  31.03 
 
 
225 aa  50.4  2e-05  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0137  cobalt transport protein CbiM  23.72 
 
 
212 aa  50.8  2e-05  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0440058 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1793  cobalt transport protein CbiM  28.7 
 
 
218 aa  50.8  2e-05  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  1.28429e-09  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>