More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3379 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3379  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 285 aa  594  1e-169  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2046  transcriptional regulator, AraC family  62.77 
 
 		 287 aa  387  1e-106  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.344929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3380  helix-turn-helix domain-containing protein  63.35 
 
 		 288 aa  385  1e-106  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2823  transcriptional regulator, AraC family  61.79 
 
 		 285 aa  373  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2153  hypothetical protein  56.25 
 
 		 150 aa  181  2e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.594217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1204  hypothetical protein  53.02 
 
 		 152 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0392083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2525  hypothetical protein  53.02 
 
 		 156 aa  170  3e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.368998 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0054  hypothetical protein  54.01 
 
 		 205 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1562  hypothetical protein  54.01 
 
 		 205 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1209  hypothetical protein  54.01 
 
 		 205 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0065  ChrB protein  54.01 
 
 		 205 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0065  hypothetical protein  54.01 
 
 		 205 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1492  hypothetical protein  54.01 
 
 		 142 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4887  hypothetical protein  47.71 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3864  chromate resistance regulator  52.35 
 
 		 152 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0082  ChrB protein  54.01 
 
 		 142 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5589  hypothetical protein  51.01 
 
 		 157 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5953  hypothetical protein  51.01 
 
 		 157 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.241213 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6454  hypothetical protein  51.01 
 
 		 157 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5141  ChrB protein  51.82 
 
 		 143 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.549445  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03923  hypothetical protein  50.34 
 
 		 182 aa  157  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0504923 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6199  hypothetical protein  51.45 
 
 		 140 aa  156  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00558934 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3132  rhodanese domain-containing protein  47.89 
 
 		 281 aa  140  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3338  rhodanese domain-containing protein  47.89 
 
 		 281 aa  140  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.337326 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1474  rhodanese domain-containing protein  42.86 
 
 		 276 aa  140  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0999735 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0743  rhodanese domain-containing protein  46.48 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792862 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5223  chromate resistance regulator  45.95 
 
 		 155 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.327811 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1752  Rhodanese domain protein  42.86 
 
 		 276 aa  139  7e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.708462  normal  0.834811 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1890  Rhodanese domain protein  43.45 
 
 		 276 aa  137  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147742  normal  0.557536 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4195  Rhodanese domain protein  42.21 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4735  Rhodanese domain protein  43.45 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2390  Rhodanese domain protein  40.85 
 
 		 271 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6163  rhodanese domain-containing protein  43.75 
 
 		 276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2725  Rhodanese domain protein  41.55 
 
 		 271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2539  hypothetical protein  44.83 
 
 		 275 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4664  hypothetical protein  42.96 
 
 		 272 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.168617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5156  hypothetical protein  47.66 
 
 		 128 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0299  Rhodanese domain protein  38 
 
 		 272 aa  130  3e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.248369 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2238  Rhodanese domain protein  42.36 
 
 		 276 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50226  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6096  Rhodanese domain protein  41.67 
 
 		 276 aa  129  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3650  rhodanese domain-containing protein  41.96 
 
 		 273 aa  128  9.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.867375 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0357  hypothetical protein  45.39 
 
 		 144 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.721844  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1349  Chromate resistance exported protein  43.7 
 
 		 146 aa  115  6e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0097  hypothetical protein  35.56 
 
 		 139 aa  96.3  5e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000827491 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2675  ChrB protein  35.25 
 
 		 333 aa  91.3  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4254  hypothetical protein  34.06 
 
 		 143 aa  87.8  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0769  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 		 266 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4366  chromate resistance exported protein  33.85 
 
 		 312 aa  86.7  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.883925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2022  transcriptional regulator, AraC family  36.57 
 
 		 282 aa  86.3  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0521834 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5158  hypothetical protein  32.59 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3383  hypothetical protein  33.33 
 
 		 313 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431478  hitchhiker  0.00234809 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2199  transcriptional regulator, AraC family  38.84 
 
 		 264 aa  84.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.379945  hitchhiker  0.00764507 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2446  chromate resistance exported protein  33.59 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2524  ChrB protein  32.35 
 
 		 328 aa  84.7  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.555029 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1151  helix-turn-helix domain-containing protein  39.25 
 
 		 265 aa  83.2  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2805  ChrB protein  30 
 
 		 363 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1533  putative chromate resistance protein  33.57 
 
 		 141 aa  80.1  0.00000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2248  hypothetical protein  31.3 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0295306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3192  chromate resistance exported protein  33.58 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5138  chromate resistance exported protein  32.84 
 
 		 332 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.374777  normal  0.563482 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3405  two component AraC family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 253 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.100445  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3199  chromate resistance exported protein  33.33 
 
 		 325 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0654  transcriptional regulator, AraC family  32.74 
 
 		 264 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0490278 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0056  chromate resistance protein ChrB  31.11 
 
 		 325 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1213  chromate resistance protein ChrB  31.11 
 
 		 325 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0085  chrB protein  31.11 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0069  chromate resistance protein ChrB  31.11 
 
 		 325 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1564  chromate resistance exported protein  31.11 
 
 		 273 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1496  chromate resistance protein ChrB  31.11 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0068  chrB protein  31.11 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0074  chromate resistance protein ChrB  31.34 
 
 		 273 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2765  transcriptional regulator, AraC family  30.17 
 
 		 270 aa  72  0.000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0588178  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3573  putative chromate resistance signal peptide protein  33.58 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.771292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3250  putative chromate resistance signal peptide protein  33.58 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 301 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5054  chromate resistance exported protein  31.85 
 
 		 325 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.234955  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 409 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 409 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6456  putative chromate resistance signal peptide protein  32.14 
 
 		 320 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.968357 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  38.1 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 515 aa  70.1  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6203  putative chromate resistance signal peptide protein  30.6 
 
 		 324 aa  69.7  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.941608  normal  0.0314221 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5591  putative chromate resistance signal peptide protein  32.86 
 
 		 320 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5955  putative chromate resistance signal peptide protein  32.86 
 
 		 320 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0687386 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 513 aa  69.7  0.00000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 318 aa  69.3  0.00000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 409 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 519 aa  69.3  0.00000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  34.17 
 
 		 537 aa  69.3  0.00000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0554  chromate resistance signal peptide protein  31.11 
 
 		 323 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0496701 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 185 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2858  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 270 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141433  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3866  chromate resistance regulator  31.34 
 
 		 335 aa  68.2  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 411 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3907  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 271 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.869248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2672  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 270 aa  67.4  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1522  chromate resistance signal peptide protein  30.6 
 
 		 324 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320502  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4950  transcriptional regulator, AraC family  29.93 
 
 		 271 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03387  hypothetical protein  29.93 
 
 		 271 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5603  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 409 aa  67  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>