132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3132 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3132  rhodanese domain-containing protein  100 
 
 
281 aa  557  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3338  rhodanese domain-containing protein  100 
 
 
281 aa  557  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.337326 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0743  rhodanese domain-containing protein  70.22 
 
 
277 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.792862 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2238  Rhodanese domain protein  63.08 
 
 
276 aa  330  2e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50226  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6096  Rhodanese domain protein  62.01 
 
 
276 aa  329  4e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6163  rhodanese domain-containing protein  62.37 
 
 
276 aa  322  5e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4664  hypothetical protein  61.8 
 
 
272 aa  314  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.168617  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4195  Rhodanese domain protein  59.49 
 
 
276 aa  312  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3650  rhodanese domain-containing protein  59.78 
 
 
273 aa  311  5.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.867375 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1474  rhodanese domain-containing protein  60.45 
 
 
276 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0999735 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4735  Rhodanese domain protein  59.78 
 
 
276 aa  308  5e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0299  Rhodanese domain protein  59.63 
 
 
272 aa  308  5e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.248369 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1752  Rhodanese domain protein  60.45 
 
 
276 aa  308  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.708462  normal  0.834811 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1890  Rhodanese domain protein  59.41 
 
 
276 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147742  normal  0.557536 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2390  Rhodanese domain protein  59.63 
 
 
271 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2725  Rhodanese domain protein  58.89 
 
 
271 aa  294  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2539  hypothetical protein  57.45 
 
 
275 aa  276  4e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4887  hypothetical protein  45.55 
 
 
297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1204  hypothetical protein  57.24 
 
 
152 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0392083  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3864  chromate resistance regulator  56.16 
 
 
152 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03923  hypothetical protein  52.87 
 
 
182 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0504923 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5589  hypothetical protein  53.42 
 
 
157 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5953  hypothetical protein  53.42 
 
 
157 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.241213 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6454  hypothetical protein  52.74 
 
 
157 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0054  hypothetical protein  59.26 
 
 
205 aa  158  8e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1562  hypothetical protein  59.26 
 
 
205 aa  158  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1209  hypothetical protein  59.26 
 
 
205 aa  158  8e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0065  ChrB protein  59.26 
 
 
205 aa  158  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0065  hypothetical protein  59.26 
 
 
205 aa  158  8e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1492  hypothetical protein  59.26 
 
 
142 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0082  ChrB protein  59.26 
 
 
142 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5141  ChrB protein  55.71 
 
 
143 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.549445  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2153  hypothetical protein  52.78 
 
 
150 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.594217  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3380  helix-turn-helix domain-containing protein  51.41 
 
 
288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2823  transcriptional regulator, AraC family  55.88 
 
 
285 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6199  hypothetical protein  52.94 
 
 
140 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00558934 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2525  hypothetical protein  53.42 
 
 
156 aa  149  5e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.368998 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2046  transcriptional regulator, AraC family  49.3 
 
 
287 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.344929  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3379  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  47.89 
 
 
285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5156  hypothetical protein  58.54 
 
 
128 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5223  chromate resistance regulator  48.95 
 
 
155 aa  133  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.327811 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0357  hypothetical protein  45.59 
 
 
144 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.721844  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1349  Chromate resistance exported protein  38.24 
 
 
146 aa  101  1e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1533  putative chromate resistance protein  43.88 
 
 
141 aa  89.4  6e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4254  hypothetical protein  43.48 
 
 
143 aa  89  8e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4366  chromate resistance exported protein  39.39 
 
 
312 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.883925  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0097  hypothetical protein  37.59 
 
 
139 aa  83.2  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  unclonable  0.00000827491 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1213  chromate resistance protein ChrB  40 
 
 
325 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0085  chrB protein  40 
 
 
331 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0069  chromate resistance protein ChrB  40 
 
 
325 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1496  chromate resistance protein ChrB  40 
 
 
303 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0068  chrB protein  40 
 
 
303 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1564  chromate resistance exported protein  40 
 
 
273 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0056  chromate resistance protein ChrB  39.35 
 
 
325 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0074  chromate resistance protein ChrB  40 
 
 
273 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3192  chromate resistance exported protein  37.41 
 
 
309 aa  80.5  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2524  ChrB protein  33.57 
 
 
328 aa  79.7  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.555029 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2805  ChrB protein  31.74 
 
 
363 aa  79  0.00000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3383  hypothetical protein  33.12 
 
 
313 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431478  hitchhiker  0.00234809 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3199  chromate resistance exported protein  41.3 
 
 
325 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2446  chromate resistance exported protein  34.59 
 
 
316 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5158  hypothetical protein  37.7 
 
 
313 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5054  chromate resistance exported protein  40.58 
 
 
325 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.234955  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2675  ChrB protein  37.06 
 
 
333 aa  75.9  0.0000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3866  chromate resistance regulator  37.82 
 
 
335 aa  73.9  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1802  putative chromate resistance protein  39.01 
 
 
320 aa  73.9  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2248  hypothetical protein  37.41 
 
 
306 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0295306  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3250  putative chromate resistance signal peptide protein  36.54 
 
 
320 aa  72  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3573  putative chromate resistance signal peptide protein  36.54 
 
 
320 aa  72  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.771292  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0554  chromate resistance signal peptide protein  35.33 
 
 
323 aa  69.7  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0496701 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1207  putative chromate resistance protein  39.02 
 
 
320 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.609429  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6203  putative chromate resistance signal peptide protein  30.08 
 
 
324 aa  67  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.941608  normal  0.0314221 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5138  chromate resistance exported protein  35.71 
 
 
332 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.374777  normal  0.563482 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1522  chromate resistance signal peptide protein  34.18 
 
 
324 aa  65.9  0.0000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320502  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5591  putative chromate resistance signal peptide protein  36.11 
 
 
320 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5955  putative chromate resistance signal peptide protein  36.11 
 
 
320 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0687386 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0082  Chromate resistance exported protein  38.46 
 
 
323 aa  63.9  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.908609 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2449  hypothetical protein  58 
 
 
93 aa  62.8  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.941698  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6456  putative chromate resistance signal peptide protein  35.42 
 
 
320 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.968357 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6200  rhodanese-like protein  35.78 
 
 
113 aa  59.7  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00527926 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2246  rhodanese domain-containing protein  35.92 
 
 
107 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00449361  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1227  hypothetical protein  33.14 
 
 
216 aa  54.3  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.833302 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2911  rhodanese domain-containing protein  40.22 
 
 
140 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0093  rhodanese domain-containing protein  39.02 
 
 
106 aa  54.7  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  unclonable  0.00000890078 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2773  rhodanese domain-containing protein  40.22 
 
 
140 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2242  rhodanese-like protein  40.22 
 
 
140 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.98062  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2856  rhodanese domain-containing protein  40.22 
 
 
140 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1317  rhodanese-like domain-containing protein  35.29 
 
 
103 aa  53.5  0.000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5758  manganese and iron superoxide dismutase  36.13 
 
 
308 aa  53.5  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.48784  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2867  rhodanese domain-containing protein  40.22 
 
 
140 aa  53.1  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.758649 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2448  rhodanese-like protein  34.45 
 
 
123 aa  52.4  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.38806  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6185  rhodanese-like protein  38.04 
 
 
140 aa  51.6  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2502  manganese and iron superoxide dismutase  39.33 
 
 
305 aa  52  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00543  rhodanese domain protein  32.65 
 
 
141 aa  52  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0354  hypothetical protein  37.23 
 
 
151 aa  49.7  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.842496  normal  0.122714 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2676  Rhodanese domain protein  36.27 
 
 
106 aa  49.3  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2657  rhodanese-like protein  34.95 
 
 
125 aa  48.5  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4316  beta-lactamase domain protein  30.7 
 
 
397 aa  48.1  0.0001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.558515  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2864  Rhodanese domain-containing protein  35.96 
 
 
143 aa  47.8  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0447  rhodanese domain-containing protein  39.13 
 
 
140 aa  47.8  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.185748  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>