245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0018 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013595  Sros_1323  Phosphoenolpyruvate carboxylase  45.93 
 
 
879 aa  673  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.133852 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3285  Phosphoenolpyruvate carboxylase  55.53 
 
 
913 aa  865  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0018  phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)  100 
 
 
918 aa  1897  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0134547 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30020  Phosphoenolpyruvate carboxylase  51.16 
 
 
900 aa  858  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4129  Phosphoenolpyruvate carboxylase  45.09 
 
 
892 aa  674  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.54774  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2554  phosphoenolpyruvate carboxylase  46.99 
 
 
875 aa  692  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0748469  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1398  phosphoenolpyruvate carboxylase  81.37 
 
 
917 aa  1531  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0974  Phosphoenolpyruvate carboxylase  60.91 
 
 
955 aa  1101  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  5.78394e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0397  phosphoenolpyruvate carboxylase  44.87 
 
 
915 aa  677  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0401912  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2735  Phosphoenolpyruvate carboxylase  56.02 
 
 
888 aa  843  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0956137  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3940  Phosphoenolpyruvate carboxylase  46.27 
 
 
908 aa  701  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.622429  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2973  Phosphoenolpyruvate carboxylase  63.95 
 
 
927 aa  1137  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2248  Phosphoenolpyruvate carboxylase  54.51 
 
 
891 aa  883  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.182119  hitchhiker  0.000536821 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0701  phosphoenolpyruvate carboxylase  45.43 
 
 
890 aa  687  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0308  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.6 
 
 
931 aa  436  1e-120  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3806  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.13 
 
 
907 aa  417  1e-115  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.589788  normal  0.171928 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0875  Phosphoenolpyruvate carboxylase  32.92 
 
 
947 aa  406  1e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.127499  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0630  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.45 
 
 
939 aa  404  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0739788  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0770  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.7 
 
 
957 aa  402  1e-110  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.815806  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2377  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.31 
 
 
938 aa  397  1e-109  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1521  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.11 
 
 
929 aa  394  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2753  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.74 
 
 
952 aa  391  1e-107  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1696  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.49 
 
 
1017 aa  386  1e-106  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2252  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.16 
 
 
1017 aa  385  1e-105  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0123033 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0304  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.33 
 
 
931 aa  386  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2134  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.15 
 
 
1023 aa  385  1e-105  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0998  Phosphoenolpyruvate carboxylase  30.68 
 
 
938 aa  382  1e-104  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2121  Phosphoenolpyruvate carboxylase  32.09 
 
 
946 aa  382  1e-104  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.180736 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4375  Phosphoenolpyruvate carboxylase  30.5 
 
 
896 aa  381  1e-104  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0553395  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0836  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.08 
 
 
1038 aa  375  1e-102  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4237  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.56 
 
 
929 aa  375  1e-102  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.582668  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1558  Phosphoenolpyruvate carboxylase  32.53 
 
 
929 aa  370  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0614036  unclonable  1.74255e-10 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4721  Phosphoenolpyruvate carboxylase  30.64 
 
 
896 aa  370  1e-101  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1883  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.53 
 
 
929 aa  370  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0396  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.51 
 
 
997 aa  368  1e-100  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.411219  normal  0.654727 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2311  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.31 
 
 
900 aa  367  1e-100  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.900921 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2136  Phosphoenolpyruvate carboxylase  31.61 
 
 
906 aa  369  1e-100  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0399  Phosphoenolpyruvate carboxylase  32.77 
 
 
933 aa  367  1e-100  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.917347  normal  0.991386 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0472  Phosphoenolpyruvate carboxylase  31.03 
 
 
898 aa  365  3e-99  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04694  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.24 
 
 
896 aa  364  4e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.510612  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1147  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.41 
 
 
994 aa  362  2e-98  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20211  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.2 
 
 
994 aa  361  3e-98  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2494  Phosphoenolpyruvate carboxylase  31.37 
 
 
897 aa  359  1e-97  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4238  phosphoenolpyruvate carboxylase  29.83 
 
 
1021 aa  359  2e-97  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22741  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.53 
 
 
1002 aa  358  2e-97  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.114136 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16951  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.61 
 
 
1007 aa  359  2e-97  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2647  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.45 
 
 
1024 aa  358  2e-97  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.261414  normal  0.0910712 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3469  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.45 
 
 
1024 aa  358  2e-97  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2572  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.5 
 
 
1001 aa  357  5e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.374778 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1822  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.65 
 
 
926 aa  356  1e-96  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.389962  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1933  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.56 
 
 
995 aa  355  2e-96  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0561  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.7 
 
 
932 aa  355  2e-96  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00597332 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1138  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.25 
 
 
926 aa  354  3e-96  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.118011  normal  0.338902 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2167  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.46 
 
 
1002 aa  354  5e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.524225  normal  0.617309 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2220  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.94 
 
 
1018 aa  354  5e-96  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0767995 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2358  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.84 
 
 
985 aa  352  2e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0606223  normal  0.223721 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17661  phosphoenolpyruvate carboxylase  29.58 
 
 
989 aa  351  3e-95  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1661  Phosphoenolpyruvate carboxylase  32.15 
 
 
938 aa  351  4e-95  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17621  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.43 
 
 
989 aa  350  5e-95  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3689  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.86 
 
 
900 aa  349  1e-94  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3592  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.1 
 
 
933 aa  348  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1667  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.31 
 
 
989 aa  348  4e-94  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17821  phosphoenolpyruvate carboxylase  30 
 
 
989 aa  347  5e-94  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3135  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.47 
 
 
929 aa  346  1e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.365231  normal  0.570221 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2691  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.83 
 
 
929 aa  346  1e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0614  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.54 
 
 
954 aa  346  1e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2291  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.6 
 
 
883 aa  345  2e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1436  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.58 
 
 
920 aa  345  2e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0318  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.95 
 
 
926 aa  344  5e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.56738  normal  0.211574 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0763  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.55 
 
 
950 aa  343  6e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.09332e-07 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1041  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.83 
 
 
930 aa  343  9e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2522  Phosphoenolpyruvate carboxylase  31.23 
 
 
898 aa  343  9e-93  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.314131  normal  0.688456 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0261  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.1 
 
 
882 aa  343  1e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.132478  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1819  Phosphoenolpyruvate carboxylase  31.15 
 
 
923 aa  340  6e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.218615 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1972  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.16 
 
 
936 aa  338  4e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2278  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.76 
 
 
928 aa  337  8e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.307465  normal  0.35007 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2233  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.76 
 
 
949 aa  336  9e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.380618  normal  0.0228414 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0200  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.96 
 
 
878 aa  335  3e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.611049  normal  0.122744 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4447  Phosphoenolpyruvate carboxylase  31.33 
 
 
945 aa  335  3e-90  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0994  Phosphoenolpyruvate carboxylase  30.4 
 
 
892 aa  334  5e-90  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43848  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1759  phosphoenolpyruvate carboxylase  32 
 
 
918 aa  334  5e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3412  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.51 
 
 
994 aa  334  5e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0707  Phosphoenolpyruvate carboxylase  29.26 
 
 
884 aa  333  8e-90  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1068  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.26 
 
 
1075 aa  333  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2180  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.02 
 
 
1030 aa  333  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.235371  hitchhiker  0.000906218 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2000  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.59 
 
 
951 aa  333  1e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.277994  decreased coverage  0.000144828 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1451  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.81 
 
 
878 aa  331  3e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.4068  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2750  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.4 
 
 
1009 aa  330  7e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251385  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1468  Phosphoenolpyruvate carboxylase  30.36 
 
 
898 aa  330  8e-89  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16690  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.7 
 
 
878 aa  329  1e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07300  Phosphoenolpyruvate carboxylase  30.49 
 
 
942 aa  330  1e-88  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1069  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.91 
 
 
876 aa  330  1e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0757254 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2691  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.19 
 
 
937 aa  329  2e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2928  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.82 
 
 
928 aa  328  3e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.410794  normal  0.863251 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2376  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.12 
 
 
949 aa  327  4e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1640  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.09 
 
 
883 aa  327  5e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00188681  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3091  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.24 
 
 
982 aa  327  7e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.723203  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1876  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.76 
 
 
933 aa  327  7e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.209652 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0883  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.09 
 
 
972 aa  327  7e-88  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.3209  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0871  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.35 
 
 
1088 aa  327  9e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>