More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0782 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
66 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  84.62 
 
 
92 aa  120  6e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  84.38 
 
 
67 aa  117  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.81 
 
 
67 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.81 
 
 
67 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  84.62 
 
 
67 aa  114  6e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  84.62 
 
 
67 aa  114  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  76.92 
 
 
66 aa  113  8.999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  75.38 
 
 
66 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 
66 aa  109  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 
66 aa  108  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  80.3 
 
 
67 aa  107  8.000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  77.27 
 
 
67 aa  105  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  74.24 
 
 
67 aa  103  6e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  78.79 
 
 
67 aa  103  7e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  78.12 
 
 
68 aa  103  9e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  77.27 
 
 
67 aa  103  1e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.63 
 
 
67 aa  102  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  74.24 
 
 
67 aa  102  1e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 
66 aa  102  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  74.24 
 
 
66 aa  102  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  74.24 
 
 
67 aa  101  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.19 
 
 
65 aa  101  3e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0892  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 
68 aa  101  3e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  72.73 
 
 
67 aa  101  4e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 
67 aa  101  4e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  74.6 
 
 
66 aa  99.4  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.44 
 
 
66 aa  99.4  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  75 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1492  cold-shock protein DNA-binding  74.6 
 
 
66 aa  99  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000192979  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  74.24 
 
 
67 aa  99  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1463  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.6 
 
 
66 aa  99  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.302037  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  73.85 
 
 
67 aa  98.6  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.85 
 
 
67 aa  98.6  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.13 
 
 
65 aa  97.8  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0972  CSD family cold shock protein  73.02 
 
 
77 aa  97.8  4e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  73.44 
 
 
68 aa  98.2  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 
67 aa  98.2  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 
67 aa  97.4  5e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.7 
 
 
66 aa  97.4  6e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 
66 aa  97.4  6e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 
66 aa  97.4  6e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.7 
 
 
67 aa  97.1  7e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  69.7 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  72.73 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4077  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.742445 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 
66 aa  96.7  9e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 
67 aa  96.3  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  68.75 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 
67 aa  96.7  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  68.75 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  68.75 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  68.75 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  68.75 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  68.75 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  68.75 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  68.75 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
67 aa  96.3  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.7 
 
 
67 aa  96.3  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  68.75 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.67 
 
 
65 aa  95.9  2e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
67 aa  95.9  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  72.73 
 
 
67 aa  95.1  3e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 
94 aa  95.1  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  72.13 
 
 
65 aa  95.1  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  68.25 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  68.25 
 
 
66 aa  94.7  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  68.25 
 
 
66 aa  94.7  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  68.25 
 
 
66 aa  94.7  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  68.25 
 
 
66 aa  94.7  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  68.25 
 
 
66 aa  94.7  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0555  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
66 aa  94.7  4e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705321  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  68.25 
 
 
66 aa  94.7  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0384  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.21 
 
 
67 aa  94.7  4e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  68.25 
 
 
66 aa  94.7  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3652  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 
67 aa  94.4  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 
67 aa  94.4  4e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  68.25 
 
 
66 aa  94.7  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
67 aa  94.4  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
66 aa  94.4  5e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 
67 aa  94.4  5e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
68 aa  94.4  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  94  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
67 aa  94  6e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
67 aa  93.6  8e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
67 aa  93.6  8e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 
67 aa  93.6  8e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
68 aa  92.8  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
65 aa  92.8  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
68 aa  92.8  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2295  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.7 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.904352  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2334  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.7 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.213577  normal  0.0207687 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2342  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.7 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.432439 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>