91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_R0041 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0315154 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0024  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 73 bp  119  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  95.52 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0057  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0016  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.228908 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R33  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0033  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0037  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00626142  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0057  tRNA-Arg  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0239971 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0021  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.489181  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.552883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0043  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00102089  hitchhiker  0.00032415 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0049  tRNA-Lys  83.87 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309129  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.751283  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0018  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000528633  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0067  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0020  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0247478  normal  0.430055 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0003  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0015  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0048  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000458542  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0040  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000151754  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0046  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000479411  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0041  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0028  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000461136  normal  0.88573 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>